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Yorodumi- PDB-6zq8: Crystal structure of Chaetomium thermophilum Glycerol Kinase in P... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6zq8 | |||||||||
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Title | Crystal structure of Chaetomium thermophilum Glycerol Kinase in P3221 space group | |||||||||
Components | Glycerol kinase-like protein | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / Kinase / Glycerol / Metabolism | |||||||||
Function / homology | Function and homology information glycerol kinase / glycerol kinase activity / glycerol-3-phosphate metabolic process / glycerol catabolic process / phosphorylation / ATP binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Chaetomium thermophilum (fungus) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.38 Å | |||||||||
Authors | Wilk, P. / Wator, E. / Malecki, P. / Tokarz, P. / Grudnik, P. | |||||||||
Funding support | Poland, 2items
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Citation | Journal: Int J Mol Sci / Year: 2020 Title: Structural Characterization of Glycerol Kinase from the Thermophilic Fungus Chaetomium thermophilum . Authors: Wilk, P. / Kuska, K. / Wator, E. / Malecki, P.H. / Wos, K. / Tokarz, P. / Dubin, G. / Grudnik, P. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6zq8.cif.gz | 572.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6zq8.ent.gz | 481.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6zq8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/6zq8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/6zq8 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6zq4C 6zq5C 6zq6C 6zq7C 2d4wS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 57067.277 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (fungus) Gene: CTHT_0042250 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: G0SAG9 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.83 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.125-0.3 M CaCl2; 16-19% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, DESY / Beamline: P11 / Wavelength: 1.033 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 27, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.033 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.38→47.04 Å / Num. obs: 46200 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 19.242 % / Biso Wilson estimate: 66.893 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rrim(I) all: 0.127 / Χ2: 1.077 / Net I/σ(I): 17.95 / Num. measured all: 888970 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2d4w Resolution: 2.38→47.04 Å / SU ML: 0.4 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 32.55 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 222.54 Å2 / Biso mean: 88.2821 Å2 / Biso min: 36.25 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.38→47.04 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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