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Yorodumi- PDB-6zq4: Crystal structure of Chaetomium thermophilum Glycerol Kinase in c... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6zq4 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of Chaetomium thermophilum Glycerol Kinase in complex with substrate in P1 space group | |||||||||
Components | Glycerol kinase-like protein | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / Kinase / Glycerol / Metabolism | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationglycerol-3-phosphate biosynthetic process / glycerol kinase / glycerol kinase activity / glycerol catabolic process / triglyceride metabolic process / mitochondrion / ATP binding Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | Chaetomium thermophilum (fungus) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.02 Å | |||||||||
Authors | Wilk, P. / Wator, E. / Grudnik, P. | |||||||||
| Funding support | Poland, 2items
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Citation | Journal: Int J Mol Sci / Year: 2020Title: Structural Characterization of Glycerol Kinase from the Thermophilic Fungus Chaetomium thermophilum . Authors: Wilk, P. / Kuska, K. / Wator, E. / Malecki, P.H. / Wos, K. / Tokarz, P. / Dubin, G. / Grudnik, P. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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| PDBx/mmCIF format | 6zq4.cif.gz | 2.2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6zq4.ent.gz | 1.9 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6zq4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6zq4_validation.pdf.gz | 531.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6zq4_full_validation.pdf.gz | 615.8 KB | Display | |
| Data in XML | 6zq4_validation.xml.gz | 160.4 KB | Display | |
| Data in CIF | 6zq4_validation.cif.gz | 223.3 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/6zq4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/6zq4 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6zq5C ![]() 6zq6C ![]() 6zq7C ![]() 6zq8C ![]() 2d4wS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 3 | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 57067.277 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (fungus)Gene: CTHT_0042250 / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-PO4 / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.71 Å3/Da / Density % sol: 54.57 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.125-0.3 M CaCl2; 16-19% PEG 3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.2 / Wavelength: 0.9184 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Jan 29, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.02→23.01 Å / Num. obs: 307534 / % possible obs: 97.4 % / Redundancy: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 42.317 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.219 / Rrim(I) all: 0.237 / Χ2: 0.986 / Net I/σ(I): 4.85 / Num. measured all: 1906807 / Scaling rejects: 4966 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 2d4w Resolution: 2.02→23.01 Å / SU ML: 0.33 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.91 / Phase error: 27.13 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 232.16 Å2 / Biso mean: 57.0019 Å2 / Biso min: 17.82 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.02→23.01 Å
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 23
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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