PDB-6zq4: Crystal structure of Chaetomium thermophilum Glycerol Kinase in c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zq4

タイトル

Crystal structure of Chaetomium thermophilum Glycerol Kinase in complex with substrate in P1 space group

要素

Glycerol kinase-like protein

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

Kinase (キナーゼ) /

Glycerol (グリセリン) /

Metabolism (代謝)

機能・相同性

機能・相同性情報

glycerol kinase /

glycerol kinase activity / glycerol-3-phosphate metabolic process / glycerol catabolic process /

リン酸化 /

ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Chaetomium thermophilum (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.02 Å

データ登録者

Wilk, P. / Wator, E. / Grudnik, P.

資金援助

ポーランド, 2件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2020
タイトル: Structural Characterization of Glycerol Kinase from the Thermophilic Fungus Chaetomium thermophilum .
著者: Wilk, P. / Kuska, K. / Wator, E. / Malecki, P.H. / Wos, K. / Tokarz, P. / Dubin, G. / Grudnik, P.

履歴

登録	2020年7月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zq4.cif.gz	2.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zq4.ent.gz	1.9 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zq4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/6zq4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/6zq4	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6zq5C 6zq6C 6zq7C 6zq8C 2d4wS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6zq6-2 5gn5-1 6j9x-2 3wxj-2 5azj-2 2d4w-d 3wxk-2 6k79-1 3wxl-2 6j9q-1 5azj-1 5gn6-2 5azi-2 3wxk-1 6jae-1 6j9x-1 5gn5-2 6jaf-d 6k79-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glycerol kinase-like protein

B: Glycerol kinase-like protein

C: Glycerol kinase-like protein

D: Glycerol kinase-like protein

E: Glycerol kinase-like protein

F: Glycerol kinase-like protein

G: Glycerol kinase-like protein

H: Glycerol kinase-like protein

ヘテロ分子

458 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Glycerol kinase-like protein

ヘテロ分子

D: Glycerol kinase-like protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, MALS
115 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Glycerol kinase-like protein

ヘテロ分子

C: Glycerol kinase-like protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
115 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Glycerol kinase-like protein

ヘテロ分子

H: Glycerol kinase-like protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
114 kDa, 2 ポリマー
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4

F: Glycerol kinase-like protein

ヘテロ分子

G: Glycerol kinase-like protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
114 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	61.380, 112.820, 179.540
Angle α, β, γ (deg.)	85.770, 90.040, 85.450
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Glycerol kinase-like protein 分子量: 57067.277 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 遺伝子: CTHT_0042250 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SAG9
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1706 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.57 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.125-0.3 M CaCl2; 16-19% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.02→23.01 Å / Num. obs: 307534 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 42.317 Å² / CC_1/2: 0.991 / R_merge(I) obs: 0.219 / R_rim(I) all: 0.237 / Χ²: 0.986 / Net I/σ(I): 4.85 / Num. measured all: 1906807 / Scaling rejects: 4966

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.02-2.07	3.678	1.474	0.74	71895	23391	19548	0.269	1.717	83.6
2.07-2.13	3.849	1.228	0.94	83420	22806	21672	0.356	1.425	95
2.13-2.19	3.85	1.066	1.08	80845	22140	21000	0.419	1.236	94.9
2.19-2.25	4.696	1.094	1.35	96842	21515	20624	0.532	1.22	95.9
2.25-2.33	7.201	1.185	1.71	149059	20792	20700	0.657	1.276	99.6
2.33-2.41	7.152	0.92	2.14	143807	20211	20108	0.737	0.991	99.5
2.41-2.5	7.079	0.744	2.55	137184	19478	19378	0.812	0.802	99.5
2.5-2.6	6.771	0.572	3.12	124959	18710	18455	0.873	0.618	98.6
2.6-2.72	7.004	0.457	3.9	124960	17941	17842	0.913	0.493	99.4
2.72-2.85	6.905	0.388	4.45	117840	17140	17066	0.93	0.419	99.6
2.85-3.01	6.819	0.304	5.5	110430	16346	16195	0.958	0.329	99.1
3.01-3.19	7.339	0.256	7.17	113223	15466	15428	0.97	0.275	99.8
3.19-3.41	7.228	0.218	8.49	105344	14589	14575	0.977	0.234	99.9
3.41-3.68	6.948	0.184	9.96	92977	13429	13381	0.981	0.198	99.6
3.68-4.03	6.787	0.166	10.83	83788	12459	12346	0.985	0.178	99.1
4.03-4.51	7.024	0.152	12.13	78290	11196	11146	0.988	0.164	99.6
4.51-5.21	6.866	0.143	12.39	67738	9914	9866	0.989	0.154	99.5
5.21-6.38	6.645	0.13	11.98	54887	8364	8260	0.989	0.14	98.8
6.38-9.02	7.028	0.115	13.26	45404	6461	6460	0.994	0.123	100
9.02-23.01	6.864	0.109	12.48	23915	3527	3484	0.993	0.117	98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2d4w

2d4w

解像度: 2.02→23.01 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 27.13 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2399	3227	1.05 %
R_work	0.2054	303937	-
obs	0.2058	307164	97.31 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 232.16 Å² / B_iso mean: 57.0019 Å² / B_iso min: 17.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.02→23.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	31206	0	102	1706	33014
B_iso mean	-	-	39.68	48.9	-
残基数	-	-	-	-	4084

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.02-2.05	0.4449	110	0.3766	10366	10476	76
2.05-2.08	0.3935	135	0.3495	12727	12862	95
2.08-2.11	0.3706	139	0.3324	13026	13165	95
2.11-2.15	0.3284	135	0.321	12752	12887	95
2.15-2.19	0.3034	138	0.3149	12976	13114	95
2.19-2.23	0.3427	135	0.3033	12727	12862	95
2.23-2.28	0.3153	144	0.2794	13572	13716	99
2.28-2.32	0.288	142	0.2663	13395	13537	100
2.32-2.38	0.2781	144	0.2544	13573	13717	100
2.38-2.44	0.3004	143	0.2522	13526	13669	100
2.44-2.5	0.2821	143	0.246	13461	13604	99
2.5-2.58	0.3095	143	0.2477	13419	13562	99
2.58-2.66	0.2841	143	0.2321	13477	13620	99
2.66-2.76	0.2474	143	0.221	13529	13672	100
2.76-2.87	0.2184	143	0.2276	13460	13603	99
2.87-3	0.2458	142	0.2203	13410	13552	99
3-3.15	0.2397	145	0.2097	13622	13767	100
3.15-3.35	0.2465	144	0.202	13559	13703	100
3.35-3.61	0.2128	144	0.1836	13583	13727	100
3.61-3.97	0.2021	142	0.1741	13376	13518	99
3.97-4.54	0.1855	144	0.1469	13549	13693	100
4.54-5.71	0.1953	143	0.1541	13490	13633	99
5.71-23.01	0.2099	143	0.1694	13362	13505	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1595	0.2065	-0.2892	0.2978	-0.0304	0.9217	0.049	-0.0106	-0.0246	-0.5522	0.004	0.082	-0.1378	-0.2617	0.0004	0.5444	0.1115	-0.0476	0.3483	0.0385	0.4743	-23.5158	-23.749	-126.9483
2	0.6432	0.6047	-0.1122	0.7198	-0.1039	0.8346	0.1797	-0.058	-0.0133	0.1603	-0.0558	0.3434	-0.2573	-0.3563	0.0009	0.3908	0.0906	0.078	0.4214	0.0608	0.5437	-33.0787	-18.6901	-107.3503
3	0.0689	-0.0147	0.314	1.2582	0.3629	0.5532	0.1094	-0.1272	-0.0801	0.1206	-0.0156	0.1592	0.0026	-0.2144	-0	0.4094	0.01	0.0518	0.3241	0.0771	0.4561	-22.2404	-25.7144	-108.4652
4	0.9077	0.0191	0.3163	0.1497	0.0274	0.5648	0.1426	-0.1625	-0.1098	0.0506	-0.0311	-0.1165	0.0759	0.0087	-0	0.4994	0.008	0.0102	0.2684	0.0478	0.4097	-11.4165	-20.464	-104.5751
5	1.1355	-0.4286	0.2623	1.1409	0.5117	0.3552	-0.0904	-0.0801	-0.0526	-0.4239	0.1094	-0.0003	0.1525	0.0971	-0.0128	0.4541	-0.0627	0.0461	0.2432	0.0047	0.2884	-8.2525	6.077	-118.6013
6	0.4083	-0.1055	0.1923	0.2886	0.0893	0.0475	0.0032	-0.0713	-0.1273	-0.2472	0.141	-0.1816	0.0473	0.1686	0.0001	0.4736	-0.0057	0.0607	0.2578	-0.0055	0.3834	-3.2496	-6.6304	-112.568
7	0.0811	-0.0602	-0.025	0.2393	-0.1285	0.1273	-0.1068	0.0606	-0.1726	-0.3237	0.2805	-0.2999	0.0817	0.0665	0	0.4717	0.0047	0.0776	0.2784	0.0039	0.5027	-4.7423	-17.5122	-120.0706
8	0.1165	0.0892	0.07	0.1852	0.0475	-0.201	0.0668	0.002	-0.3472	-0.1693	0.2019	-0.5439	0.1247	0.0471	0.002	0.4012	0.015	0.081	0.3194	-0.01	0.7763	0.5068	-24.3303	-119.4862
9	0.1555	0.3599	0.254	0.6794	0.5514	0.1786	-0.005	-0.1349	-0.2171	-0.0656	0.0835	-0.0424	-0.1888	0.1144	-0	0.3563	-0.0024	-0.0084	0.3212	0.0272	0.382	-3.0117	6.2785	-105.8154
10	0.9138	-0.4517	-1.0272	0.9251	1.0187	0.6126	0.1094	0.3064	0.1854	-0.6235	-0.2687	0.0927	-0.2165	-0.1707	-0.1087	0.4408	0.0509	-0.1179	0.3644	-0.0677	0.3625	-29.4055	0.4138	-40.5457
11	0.661	0.2394	-0.391	0.9486	0.6173	0.7422	0.0279	-0.1325	0.052	0.0155	-0.3877	0.7919	-0.0722	-0.4334	-0.3265	0.241	0.0224	-0.0426	0.4276	-0.2312	0.6454	-41.7314	5.0934	-23.0279
12	0.5569	0.2331	-0.19	1.348	0.744	0.8704	-0.0026	-0.0795	0.0124	0.1142	-0.0756	0.0467	0.1924	0.0716	-0	0.2486	-0.0096	-0.0144	0.2553	-0.0442	0.2808	-23.2051	0.6911	-23.7199
13	0.4057	-0.2633	0.1146	1.3624	-0.1694	0.2232	-0.0668	0.0314	-0.0629	-0.5376	0.124	-0.0215	0.0944	0.1715	0.0166	0.4023	-0.0902	0.0561	0.3039	-0.0759	0.3307	-14.7067	30.2652	-30.0521
14	0.2943	-0.0461	-0.3168	0.47	0.4497	0.4448	0.0315	-0.0396	-0.027	-0.0445	0.0262	-0.235	-0.0954	0.2157	-0	0.2787	-0.0479	0.0135	0.2746	-0.0563	0.3169	-11.7685	17.6751	-22.7565
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11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 161 through 287 )	B	161 - 287
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 288 through 383 )	B	288 - 383
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 384 through 446 )	B	384 - 446
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 447 through 489 )	B	447 - 489
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 490 through 524 )	B	490 - 524
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 525 through 559 )	B	525 - 559
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 560 through 583 )	B	560 - 583
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 65 through 173 )	C	65 - 173
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 174 through 212 )	C	174 - 212
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 213 through 372 )	C	213 - 372
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 373 through 424 )	C	373 - 424
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 425 through 473 )	C	425 - 473
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 474 through 511 )	C	474 - 511
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 512 through 583 )	C	512 - 583
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 65 through 173 )	D	65 - 173
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 174 through 340 )	D	174 - 340
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 341 through 489 )	D	341 - 489
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 490 through 583 )	D	490 - 583
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'E' and (resid 65 through 146 )	E	65 - 146
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'E' and (resid 147 through 340 )	E	147 - 340
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'E' and (resid 341 through 489 )	E	341 - 489
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'E' and (resid 490 through 583 )	E	490 - 583
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'F' and (resid 65 through 173 )	F	65 - 173
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'F' and (resid 174 through 212 )	F	174 - 212
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'F' and (resid 213 through 310 )	F	213 - 310
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'F' and (resid 311 through 383 )	F	311 - 383
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'F' and (resid 384 through 446 )	F	384 - 446
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'F' and (resid 447 through 489 )	F	447 - 489
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'F' and (resid 490 through 524 )	F	490 - 524
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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