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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ywy | |||||||||||||||
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タイトル | The structure of the mitoribosome from Neurospora crassa with bound tRNA at the P-site | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSLATION (翻訳 (生物学)) / Neurospora crassa (アカパンカビ) / translating Mitoribosomes / tRNA (転移RNA) / mRNA (伝令RNA) / mL108 | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase activity / DNA strand exchange activity / ATPase inhibitor activity / mitochondrial genome maintenance / ribonuclease III activity / negative regulation of ATP-dependent activity / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation ...3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase activity / DNA strand exchange activity / ATPase inhibitor activity / mitochondrial genome maintenance / ribonuclease III activity / negative regulation of ATP-dependent activity / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / superoxide dismutase activity / 転写後修飾 / rRNA processing / large ribosomal subunit / single-stranded DNA binding / double-stranded RNA binding / small ribosomal subunit / transferase activity / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / ミトコンドリア / RNA binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Neurospora crassa (アカパンカビ) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Amunts, A. / Itoh, Y. / Naschberger, A. | |||||||||||||||
資金援助 | スウェーデン, European Union, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Analysis of translating mitoribosome reveals functional characteristics of translation in mitochondria of fungi. 著者: Yuzuru Itoh / Andreas Naschberger / Narges Mortezaei / Johannes M Herrmann / Alexey Amunts / 要旨: Mitoribosomes are specialized protein synthesis machineries in mitochondria. However, how mRNA binds to its dedicated channel, and tRNA moves as the mitoribosomal subunit rotate with respect to each ...Mitoribosomes are specialized protein synthesis machineries in mitochondria. However, how mRNA binds to its dedicated channel, and tRNA moves as the mitoribosomal subunit rotate with respect to each other is not understood. We report models of the translating fungal mitoribosome with mRNA, tRNA and nascent polypeptide, as well as an assembly intermediate. Nicotinamide adenine dinucleotide (NAD) is found in the central protuberance of the large subunit, and the ATPase inhibitory factor 1 (IF) in the small subunit. The models of the active mitoribosome explain how mRNA binds through a dedicated protein platform on the small subunit, tRNA is translocated with the help of the protein mL108, bridging it with L1 stalk on the large subunit, and nascent polypeptide paths through a newly shaped exit tunnel involving a series of structural rearrangements. An assembly intermediate is modeled with the maturation factor Atp25, providing insight into the biogenesis of the mitoribosomal large subunit and translation regulation. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ywy.cif.gz | 9.6 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ywy.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6ywy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/6ywy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/6ywy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
+RNA鎖 , 4種, 4分子 Aaabbee
+60S ribosomal protein ... , 3種, 3分子 BDe
+Related to ribosomal protein ... , 12種, 12分子 CEfKNUVWYaEEOO
+タンパク質 , 44種, 46分子 FGgHLMPQRSX01235678i9bdAABBDDGGHHIIJJ...
+Ribosomal protein ... , 7種, 7分子 IJCCFFLLRRSS
+Mitochondrial ... , 3種, 3分子 ONNXX
+54S ribosomal protein ... , 2種, 2分子 Tc
+L51 S25 CI-B8 domain-containing ... , 2種, 2分子 4j
+Probable ribosomal protein ... , 2種, 2分子 hMM
+37S ribosomal protein ... , 3種, 3分子 UUZZ11
+タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 cc
+非ポリマー , 6種, 304分子
+詳細
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Mitoribosome of Neurospora crassa in the tRNA bound state (P-site). タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#83 / 由来: NATURAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Neurospora crassa (アカパンカビ) / 株: K5-15-23-1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(補正後): 130000 X / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 35 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 3172 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 20 / 利用したフレーム数/画像: 1-20 |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 24601 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.41 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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