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- PDB-6v4q: Crystal structure of a MR78-like antibody naive-1 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v4q
タイトルCrystal structure of a MR78-like antibody naive-1 Fab
要素
  • Naive-1 Fab heavy chain
  • Naive-1 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Marburg Virus / antibody (抗体)
機能・相同性2-プロパノール
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.39 Å
データ登録者Bozhanova, N.G. / Crowe, J.E. / Meiler, J.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI117905 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI141661 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21 AI21799 Ebola 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Discovery of Marburg virus neutralizing antibodies from virus-naive human antibody repertoires using large-scale structural predictions.
著者: Bozhanova, N.G. / Sangha, A.K. / Sevy, A.M. / Gilchuk, P. / Huang, K. / Nargi, R.S. / Reidy, J.X. / Trivette, A. / Carnahan, R.H. / Bukreyev, A. / Crowe Jr., J.E. / Meiler, J.
履歴
登録2019年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年12月23日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Naive-1 Fab heavy chain
L: Naive-1 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2018
ポリマ－47,6802
非ポリマー5216
水9,080504
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5070 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area20140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.980, 73.120, 105.160
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 Naive-1 Fab heavy chain


分子量: 24153.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): Expi293F
#2: 抗体 Naive-1 Fab light chain


分子量: 23527.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): Expi293F
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル / 2-プロパノール


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 504 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.32 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1% w/v PEG 8000, 20% v/v 2-Propanol, 0.1 M Tris, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.39→43.78 Å / Num. obs: 99126 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 11.256 Å2 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 16 / Num. measured all: 495046
反射 シェル解像度: 1.39→1.41 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 4511 / Rpim(I) all: 0.245 / Rrim(I) all: 0.4 / % possible all: 92

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.392
最高解像度最低解像度
Rotation43.78 Å1.66 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
xia2データスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1W72

1w72


解像度: 1.39→43.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.052 / ESU R Free: 0.054
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1872 4880 4.9 %RANDOM
Rwork0.1647 ---
obs0.1658 94164 99.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 67.13 Å2 / Biso mean: 15.089 Å2 / Biso min: 8.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.16 Å2-0 Å2
3---0.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.39→43.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3304 0 34 504 3842
Biso mean--24.93 25.99 -
残基数----434
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0133503
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0360.0173111
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9531.6414784
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.4321.577294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4595463
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.40323.49149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.39115556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6381511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2462
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.023926
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0140.02715
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5111.3831765
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5041.3811764
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.292.0722209
LS精密化 シェル解像度: 1.39→1.426 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238 325 -
Rwork0.227 6457 -
all-6782 -
obs--93.17 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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