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- PDB-6v4r: Crystal structure of a chimeric MR78-like antibody chimera-1 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v4r
タイトルCrystal structure of a chimeric MR78-like antibody chimera-1 Fab
要素
  • Chimera-1 Fab heavy chain
  • Chimera-1 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Marburg Virus / antibody
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.48 Å
データ登録者Bozhanova, N.G. / Crowe, J.E. / Meiler, J.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI117905 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI141661 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21 AI21799 Ebola 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Discovery of Marburg virus neutralizing antibodies from virus-naive human antibody repertoires using large-scale structural predictions.
著者: Bozhanova, N.G. / Sangha, A.K. / Sevy, A.M. / Gilchuk, P. / Huang, K. / Nargi, R.S. / Reidy, J.X. / Trivette, A. / Carnahan, R.H. / Bukreyev, A. / Crowe Jr., J.E. / Meiler, J.
履歴
登録2019年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年12月23日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Chimera-1 Fab heavy chain
L: Chimera-1 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4952
ポリマ－47,4952
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3660 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area18950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.780, 133.780, 91.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: 抗体 Chimera-1 Fab heavy chain


分子量: 23967.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): Expi293F
#2: 抗体 Chimera-1 Fab light chain


分子量: 23527.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): Expi293F
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.39 % / Mosaicity: 0.284 °
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 4.5 M NaCl, 0.1 M HEPES, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.48→57.93 Å / Num. obs: 12393 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 16.6 % / Biso Wilson estimate: 145.12 Å2 / Rpim(I) all: 0.084 / Rrim(I) all: 0.342 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 206074
反射 シェル解像度: 3.48→3.54 Å / 冗長度: 17.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 618 / Rpim(I) all: 0.995 / Rrim(I) all: 4.159 / % possible all: 98.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.563
最高解像度最低解像度
Rotation57.93 Å3.99 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
xia2データスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
PHENIXRosetta-Phenix精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JRP

5jrp


解像度: 3.48→57.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.608
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3273 524 4.2 %RANDOM
Rwork0.2946 ---
obs0.2961 11852 99.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 284.51 Å2 / Biso mean: 172.603 Å2 / Biso min: 107.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.54 Å23.27 Å20 Å2
2--6.54 Å2-0 Å2
3----21.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.48→57.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3259 0 0 0 3259
残基数----430
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0133342
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0360.0172963
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1781.6434556
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.4331.5686940
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.185427
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.54624.091132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg7.52715525
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.47157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2448
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023720
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.02657
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it14.15618.6521717
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other14.16318.651715
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it19.23927.972141
LS精密化 シェル解像度: 3.48→3.57 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.513 27 -
Rwork0.485 863 -
all-890 -
obs--98.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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