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万見
- PDB-6uwm: Single particle cryo-EM structure of KvAP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uwm
タイトルSingle particle cryo-EM structure of KvAP
要素Voltage-gated potassium channel
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / voltage-gated potassium channel / non-domain-swapped
機能・相同性monoatomic ion channel complex / potassium channel activity / Ion transport domain / Ion transport protein / identical protein binding / 細胞膜 / Voltage-gated potassium channel
機能・相同性情報
生物種Aeropyrum pernix (アエロピュルム・ペルニクス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.9 Å
データ登録者Tao, X. / MacKinnon, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM43949 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Cryo-EM structure of the KvAP channel reveals a non-domain-swapped voltage sensor topology.
著者: Xiao Tao / Roderick MacKinnon /
要旨: Conductance in voltage-gated ion channels is regulated by membrane voltage through structural domains known as voltage sensors. A single structural class of voltage sensor domain exists, but two ...Conductance in voltage-gated ion channels is regulated by membrane voltage through structural domains known as voltage sensors. A single structural class of voltage sensor domain exists, but two different modes of voltage sensor attachment to the pore occur in nature: domain-swapped and non-domain-swapped. Since the more thoroughly studied Kv1-7, Nav and Cav channels have domain-swapped voltage sensors, much less is known about non-domain-swapped voltage-gated ion channels. In this paper, using cryo-EM, we show that KvAP from has non-domain-swapped voltage sensors as well as other unusual features. The new structure, together with previous functional data, suggests that KvAP and the Shaker channel, to which KvAP is most often compared, probably undergo rather different voltage-dependent conformational changes when they open.
履歴
登録2019年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-20924
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-20924
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Voltage-gated potassium channel
C: Voltage-gated potassium channel
B: Voltage-gated potassium channel
D: Voltage-gated potassium channel


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,5974
ポリマ－126,5974
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area6840 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area51610 Å2

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要素

#1: タンパク質
Voltage-gated potassium channel / / KvAP


分子量: 31649.207 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 25-295 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aeropyrum pernix (アエロピュルム・ペルニクス)
遺伝子: APE_0955 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9YDF8

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来詳細
1KvAP-6E1 Fab complexCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2KvAPCOMPLEXall1RECOMBINANTKvAP tetramer
36E1 FabCOMPLEX1NATURAL
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.2 MDaNO
220.13 MDaNO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Aeropyrum pernix (アエロピュルム・ペルニクス)56636
23unidentified (未定義)32644
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / プラスミド: pET28a
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMpotassium chlorideKCl1
220 mMTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタンC4H11NO31
30.5 mMDigitoninジギトニンC56H92O291
試料濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: KvAP in complex with 6E1 Fab
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K / 詳細: Blot for 4 seconds before plunging.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 29000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 75 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 8000
画像スキャン動画フレーム数/画像: 50 / 利用したフレーム数/画像: 1-50

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Gautomatchv0.56_sm61_cu8.0粒子像選択
2SerialEM画像取得
4Gctf1.06CTF補正
7UCSF Chimera1.13.1モデルフィッティング
8Coot0.8.9.2モデルフィッティング
10PHENIX1.16モデル精密化
11cryoSPARC2.9.0初期オイラー角割当
12FREALIGN9.11最終オイラー角割当
13RELION3.0.8分類
14FREALIGN9.11３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 1800000
対称性点対称性: C4 (4回回転対称)
3次元再構成解像度: 5.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 67000 / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
11ORS

1ors

11ORS1PDBexperimental model
21ORQ

1orq

11ORQ2PDBexperimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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