PDB-4ekw: Crystal structure of the NavAb voltage-gated sodium channel (wild...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ekw

タイトル

Crystal structure of the NavAb voltage-gated sodium channel (wild-type, 3.2 A)

要素

Ion transport protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / voltage-gated ion channel / tetrameric ion channel superfamily / voltage-gated sodium channel / membrane

機能・相同性

機能・相同性情報

voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated sodium channel activity / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arcobacter butzleri (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.21 Å

データ登録者

Payandeh, J. / Gamal El-Din, T.M. / Scheuer, T. / Zheng, N. / Catterall, W.A.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of a voltage-gated sodium channel in two potentially inactivated states.
著者: Payandeh, J. / Gamal El-Din, T.M. / Scheuer, T. / Zheng, N. / Catterall, W.A.

履歴

登録	2012年4月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年10月3日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ekw.cif.gz	372.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ekw.ent.gz	310.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ekw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/4ekw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/4ekw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3rvyS 3rvz 3rw0 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4mvm-d 4mvs-d 5kmh-d 4mw8-d 4mvr-d 6keb-d 4mvo-d 4mvz-d 5kmf-d 4mto-d 5kls-d 4mw3-d 3rvz-1 4mtg-d 3rvy-1 4mvu-d 5kmd-d 4mvq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (5) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ion transport protein

B: Ion transport protein

C: Ion transport protein

D: Ion transport protein

ヘテロ分子

139 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ion transport protein

B: Ion transport protein

ヘテロ分子

A: Ion transport protein

B: Ion transport protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
139 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Ion transport protein

D: Ion transport protein

ヘテロ分子

C: Ion transport protein

D: Ion transport protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
138 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	125.856, 125.856, 192.641
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	77
Space group name H-M	P4₂

#1: タンパク質	Ion transport protein 分子量: 33724.734 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arcobacter butzleri (バクテリア) 株: RM4018 / 遺伝子: Abu_1752 / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A8EVM5
#2: 化合物	ChemComp-PX4 / 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / O-(1-O,2-O-ジミリストイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン分子量: 678.940 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₆H₇₃NO₈P / コメント: DMPC, リン脂質*YM
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 78.25 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.75 詳細: CHAPSO:DMPC BICELLES, 2 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M NA-CITRATE, 28% GLUCOSE, NICOTINIC ACID, pH 4.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月15日

放射

モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.496
1	1	K, H, -L	2	0.504

反射

解像度: 3.21→50 Å / Num. all: 44951 / Num. obs: 44951 / % possible obs: 96.44 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.086

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
3.2-3.26	2.9	0.676	1.05	1	99.4
3.26-3.31	3	0.492	1.48	1	99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHENIX		モデル構築
REFMAC	5.6.0117	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 3RVY

3rvy

解像度: 3.21→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.82 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.822 / SU B: 35.53 / SU ML: 0.278 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.32168	2397	5.1 %	RANDOM
R_work	0.3079	-	-	-
all	0.30861	44951	-	-
obs	0.30861	44951	96.44 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 102.725 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	53.81 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	53.81 Å²	0 Å²
3-	-	-	-107.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.21→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7138	0	77	3	7218

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.02	7410
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.382	1.979	10076
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.699	5	864
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.968	21.489	282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.899	15	1111
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.323	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	1201
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	5312

LS精密化シェル

解像度: 3.206→3.289 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.243	176	-
R_work	0.227	3321	-
obs	-	-	96.23 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2161	-0.4631	-1.9486	0.3387	0.912	3.3358	-0.0047	-0.0087	-0.3749	0.0372	-0.123	-0.2089	0.0308	0.0372	0.1277	0.7721	0.2259	0.1066	0.8455	-0.0976	1.1958	32.1017	38.3668	61.5445
2	0.1066	-0.0095	-0.0291	2.1514	0.0599	3.568	0.1168	0.1672	-0.1379	-0.1867	-0.1688	0.1594	-0.0695	-0.0631	0.052	0.3099	0.0561	0.1142	0.7032	-0.0576	1.143	19.5618	62.5316	65.1412
3	4.6981	4.218	-2.3906	6.6901	-6.3878	7.5889	0.1598	-0.0059	0.0999	-0.1801	-0.0097	-0.1161	0.598	-0.1514	-0.1501	0.6531	-0.0299	-0.0135	0.6892	-0.1474	1.2535	10.6072	71.3772	73.842
4	0.8201	0.4732	-2.9326	3.8167	1.4401	13.4178	0.1577	0.1455	0.2295	-0.1668	0.7447	-0.3011	-0.6484	0.2451	-0.9023	0.3021	0.043	0.077	0.8512	0.0023	1.2291	4.8565	76.4977	67.0676
5	1.4354	-0.4319	-2.5411	4.0803	5.7667	13.751	0.0258	0.0291	-0.5303	-0.2561	0.0568	0.2379	-0.0426	0.4148	-0.0826	0.5423	0.0124	-0.1784	0.7421	0.0012	1.2574	-29.012	35.9182	61.008
6	4.0896	1.0102	-1.2217	1.9375	-1.4491	1.4434	-0.0473	0.5289	0.0061	-0.0873	0.1249	0.3275	0.0945	-0.4276	-0.0775	0.7118	-0.0766	-0.1385	0.4798	-0.1848	1.1089	-13.6977	35.1963	56.8852
7	0.312	-0.0176	0.6565	1.3191	-0.2837	1.4697	0.0708	0.0732	0.0374	-0.0754	-0.0695	-0.3666	0.0647	0.0714	-0.0013	0.5451	0.2145	0.0579	0.6688	-0.0023	1.2684	13.2364	52.858	75.2797
8	3.578	-3.1456	-2.1109	2.7957	1.8458	1.2561	-0.1305	-0.2066	-0.1676	-0.0483	0.1976	0.2826	0.0211	0.1046	-0.0671	0.9159	-0.2882	-0.0002	0.7171	0.0141	1.3007	11.9008	59.1027	60.2547
9	0.3008	-0.1807	0.5655	1.3834	-1.3628	2.1865	0.1741	-0.0433	0.2627	-0.2485	-0.335	-0.4392	0.7257	0.0942	0.1609	0.8896	-0.2117	-0.1983	0.9483	-0.1497	1.4332	32.4542	85.3752	114.1325
10	0.0708	0.1356	-0.3956	0.5071	-1.2619	3.2652	-0.0866	-0.1004	0.0107	0.1054	-0.0473	-0.1589	-0.081	0.3091	0.1339	0.5567	0.0075	-0.2237	0.7915	-0.1359	1.3479	18.2128	63.8224	118.0449
11	0.6785	-1.0212	0.537	1.5832	-1.0329	3.1423	-0.038	-0.1859	-0.0658	0.0554	0.2013	0.222	0.2583	-0.3595	-0.1633	0.6064	-0.069	-0.055	0.546	-0.0314	1.1899	10.028	52.8727	99.1689
12	1.8275	-0.7877	-0.5818	3.9009	-0.2269	0.264	-0.1554	-0.2185	-0.0488	0.2723	0.247	-0.0366	0.0516	-0.0066	-0.0915	0.5402	-0.0689	0.0303	0.6034	0.0782	1.1597	3.0172	48.5188	106.697
13	1.9671	-1.5373	-0.747	1.6945	0.5689	0.2884	0.0102	-0.2406	0.1215	-0.1158	0.0228	0.3393	-0.044	0.0908	-0.033	0.7806	0.1999	0.0801	0.7882	-0.1117	1.119	-23.2592	94.0033	117.8833
14	1.5174	0.2737	-1.3511	0.2297	-0.8982	3.6211	0.0481	-0.3743	-0.1881	0.0473	0.0968	0.0273	-0.3117	-0.1781	-0.1449	0.6158	-0.1072	-0.0099	0.4618	-0.2019	1.2372	-2.3977	85.0965	112.4988
15	4.1456	3.909	4.485	6.1593	4.5084	4.8895	0.1623	-0.3186	-0.0032	0.706	-0.011	-1.2838	0.2127	-0.3606	-0.1513	0.833	-0.051	0.1292	0.5262	-0.0866	1.0693	9.4009	72.2758	99.3869
16	1.3578	-1.2224	1.0985	1.1388	-0.9836	0.8911	-0.0636	-0.2343	-0.0959	0.0532	0.0887	0.058	-0.067	-0.2111	-0.0251	0.6102	-0.3	-0.0272	0.7394	-0.0236	1.256	13.6361	67.5415	109.5248

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1001 - 1094
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	1095 - 1159
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	1160 - 1181
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	1182 - 1219
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1001 - 1049
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1050 - 1137
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1138 - 1193
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	1194 - 1219
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	1001 - 1104
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	1105 - 1150
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	1151 - 1184
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	1185 - 1213
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	1001 - 1080
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	1081 - 1155
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	1156 - 1187
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	1188 - 1217

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)