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- PDB-6t22: N-terminal domain of EcoKMcrA restriction endonuclease (NEco) in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t22
タイトルN-terminal domain of EcoKMcrA restriction endonuclease (NEco) in complex with T5hmCGA target sequence
要素
  • DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*(5HC)P*GP*AP*TP*GP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*AP*TP*(5HC)P*GP*AP*TP*TP*C)-3')
  • EcoKMcrA modification dependent restriction endonuclease
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / EcoKMcrA / NEco / N-TERMINAL DOMAIN (N末端) / MODIFICATION DEPENDENT RESTRICTION / 5-METHYLCYTOSINE (5-メチルシトシン) / 5MC / 5-HYDROXYMETHYLCYTOSINE (5-ヒドロキシメチルシトシン) / 5HMC / HNH ENDONUCLEASE / BBA-ME NUCLEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA restriction-modification system / methyl-CpG binding / endonuclease activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
HNH endonuclease / HNH endonuclease / HNH nucleases / HNH nuclease
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / Type IV methyl-directed restriction enzyme EcoKMcrA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Slyvka, A. / Zagorskaite, E. / Czapinska, H. / Sasnauskas, G. / Bochtler, M.
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of the EcoKMcrA N-terminal domain (NEco): recognition of modified cytosine bases without flipping.
著者: Slyvka, A. / Zagorskaite, E. / Czapinska, H. / Sasnauskas, G. / Bochtler, M.
履歴
登録2019年10月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EcoKMcrA modification dependent restriction endonuclease
B: EcoKMcrA modification dependent restriction endonuclease
C: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*TP*(5HC)P*GP*AP*TP*TP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*(5HC)P*GP*AP*TP*GP*A)-3')
E: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*TP*(5HC)P*GP*AP*TP*TP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*(5HC)P*GP*AP*TP*GP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0336
ポリマ－47,0336
非ポリマー00
水7,296405
1
A: EcoKMcrA modification dependent restriction endonuclease
C: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*TP*(5HC)P*GP*AP*TP*TP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*(5HC)P*GP*AP*TP*GP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5173
ポリマ－23,5173
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2900 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area9580 Å2
手法PISA
2
B: EcoKMcrA modification dependent restriction endonuclease
E: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*TP*(5HC)P*GP*AP*TP*TP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*(5HC)P*GP*AP*TP*GP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5173
ポリマ－23,5173
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2870 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area9590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.417, 113.417, 156.367
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-323-

HOH

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要素

#1: タンパク質 EcoKMcrA modification dependent restriction endonuclease


分子量: 17368.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: mcrA, rglA, b1159, JW1145 / プラスミド: PET15BM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P24200, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*AP*TP*(5HC)P*GP*AP*TP*TP*C)-3')


分子量: 3025.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*(5HC)P*GP*AP*TP*GP*A)-3')


分子量: 3123.080 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.15 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.8 ul of protein-DNA solution (436:523 uM) was mixed with 2.2 ul of the F1 condition of the PACT premier crystal screen (MDL) (0.2 M Sodium fluoride, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 6.5, 20% PEG ...詳細: 1.8 ul of protein-DNA solution (436:523 uM) was mixed with 2.2 ul of the F1 condition of the PACT premier crystal screen (MDL) (0.2 M Sodium fluoride, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 6.5, 20% PEG 3350) and cryo-protected with an addition of 25% glycerol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9195 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9195 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→33.54 Å / Num. obs: 30298 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 35.8 % / Biso Wilson estimate: 55.6 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rrim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 38.15
反射 シェル解像度: 2.21→2.34 Å / 冗長度: 20.8 % / Rmerge(I) obs: 1.761 / Mean I/σ(I) obs: 1.91 / Num. unique obs: 4597 / CC1/2: 0.734 / Rrim(I) all: 1.802 / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
ARP/wARPモデル構築
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6GHC

6ghc


解像度: 2.21→33.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 8.998 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.163
詳細: HYDROGEN ATOMS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. TLS REFINEMENT HAS BEEN USED. U VALUES : WITH TLS ADDED. THE CLUSTERS OF SOLVENT MOLECULES BETWEEN RESIDUES 46 AND 94 AND NEXT TO ...詳細: HYDROGEN ATOMS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. TLS REFINEMENT HAS BEEN USED. U VALUES : WITH TLS ADDED. THE CLUSTERS OF SOLVENT MOLECULES BETWEEN RESIDUES 46 AND 94 AND NEXT TO RESIDUE 54 OF CHAIN B LIKELY CORRESPOND TO DISORDERED GLYCEROL MOLECULES. THE ELECTRON DENSITY IS NOT DEFINED ENOUGH TO UNAMBIGUOUSLY MODEL THEM.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2034 1534 5.1 %RANDOM
Rwork0.157 ---
obs0.1592 28708 99.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 158.21 Å2 / Biso mean: 53.522 Å2 / Biso min: 35.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.31 Å2-0.16 Å2-0 Å2
2---0.31 Å20 Å2
3---1.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.21→33.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2320 816 0 405 3541
Biso mean---62.95 -
残基数----330
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0133399
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0182758
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.211.5484767
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2941.8326424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2845312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.34120.759145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.5415446
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.7731524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.2431
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023348
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02748
LS精密化 シェル解像度: 2.21→2.26 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 97 -
Rwork0.295 1945 -
obs--92.48 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.50090.78031.01972.36510.19260.76620.09570.2-0.27330.30410.1513-0.09720.04540.1016-0.2470.05090.041-0.03470.0758-0.02660.1086-16.522829.2994-6.4928
21.48610.9116-0.40081.5722-0.47921.20670.27690.08330.01780.3407-0.1465-0.0809-0.00390.0147-0.13040.13040.0036-0.05310.05310.00510.04615.149851.73715.8043
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-5 - 145
2X-RAY DIFFRACTION1C1 - 10
3X-RAY DIFFRACTION1D1 - 10
4X-RAY DIFFRACTION2B-5 - 145
5X-RAY DIFFRACTION2E1 - 10
6X-RAY DIFFRACTION2F1 - 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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