PDB-6ss6: Structure of arginase-2 in complex with the inhibitory human anti...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ss6

タイトル

Structure of arginase-2 in complex with the inhibitory human antigen-binding fragment Fab C0020187

要素

Arginase-2, mitochondrialアルギナーゼ
Fab C0020187 heavy chain (IgG1)
Fab C0020187 light chain (IgG1)

キーワード

PROTEIN BINDING (タンパク質) / arginase-2 inhibitor / IgG /

antigen-binding fragment

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of chemokine (C-C motif) ligand 4 production / negative regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of defense response to bacterium / negative regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / negative regulation of type 2 immune response / negative regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / negative regulation of interleukin-13 production / regulation of interleukin-1 beta production /

尿素回路 / arginine catabolic process to ornithine ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.25 Å

データ登録者

Burschowsky, D. / Addyman, A. / Fiedler, S. / Groves, M. / Haynes, S. / Seewooruthun, C. / Carr, M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Extensive sequence and structural evolution of Arginase 2 inhibitory antibodies enabled by an unbiased approach to affinity maturation.
著者: Chan, D.T.Y. / Jenkinson, L. / Haynes, S.W. / Austin, M. / Diamandakis, A. / Burschowsky, D. / Seewooruthun, C. / Addyman, A. / Fiedler, S. / Ryman, S. / Whitehouse, J. / Slater, L.H. / ...

履歴

登録	2019年9月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年6月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2020年8月5日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ss6.cif.gz	821.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ss6.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ss6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/6ss6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/6ss6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ss5SC 4hzeS 6srv 6srx 6ss0 6ss2 6ss4 6tul S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6xwx-d 6mmb-d 9905 6k15-d 21107 4g1f-d 6nuw-d 6v8o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Arginase-2, mitochondrial

BBB: Arginase-2, mitochondrial

CCC: Arginase-2, mitochondrial

HHH: Fab C0020187 heavy chain (IgG1)

III: Fab C0020187 heavy chain (IgG1)

JJJ: Fab C0020187 heavy chain (IgG1)

LLL: Fab C0020187 light chain (IgG1)

MMM: Fab C0020187 light chain (IgG1)

NNN: Fab C0020187 light chain (IgG1)

ヘテロ分子

259 kDa, 9 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	138.126, 138.126, 551.307
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	Chains A B
2	2	Chains A C
3	3	Chains B C
4	4	Chains H I
5	5	Chains H J
6	6	Chains I J
7	7	Chains L M
8	8	Chains L N
9	9	Chains M N

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9

#1: タンパク質	Arginase-2, mitochondrial / アルギナーゼ / Arginase II / Kidney-type arginase / Non-hepatic arginase / Type II arginase 分子量: 37808.594 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARG2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P78540, アルギナーゼ
#2: 抗体	Fab C0020187 heavy chain (IgG1) 分子量: 24479.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Amino acids are numbered according to the Kabat numbering scheme. 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pEU1.3 fab / 細胞株 (発現宿主): CHO 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) Variant (発現宿主): ExpiCHO
#3: 抗体	Fab C0020187 light chain (IgG1) 分子量: 23064.469 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Amino acids are numbered according to the Kabat numbering scheme. Residue 10 would not be present in the Kabat scheme, but due to problems with non-continuous numbering in L-peptides, we ...詳細: Amino acids are numbered according to the Kabat numbering scheme. Residue 10 would not be present in the Kabat scheme, but due to problems with non-continuous numbering in L-peptides, we included it. Therefore, residues 2-10 should be read as 1-9, per Kabat. 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pEU1.3 fab / 細胞株 (発現宿主): CHO 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) Variant (発現宿主): ExpiCHO
#4: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.51 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2 M (NH4)2SO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.25→48.78 Å / Num. obs: 50453 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.4 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.78 / Net I/σ(I): 4.2
反射シェル	解像度: 3.25→3.36 Å / 冗長度: 9.9 % / R_merge(I) obs: 8.48 / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 4555 / CC_1/2: 0.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4HZE,6SS5

4hze

6ss5

解像度: 3.25→48.755 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.888 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.825 / SU B: 66.427 / SU ML: 0.949 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.711 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3606	2549	5.066 %
R_work	0.3003	-	-
all	0.303	-	-
obs	-	50320	99.901 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 99.097 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.897 Å²	-2.448 Å²	0 Å²
2-	-	-4.897 Å²	0 Å²
3-	-	-	15.886 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.25→48.755 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16814	0	141	0	16955

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	17342
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	15678
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.463	1.637	23611
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.17	1.569	36533
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.723	5	2234
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.811	22.544	735
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.106	15	2706
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.707	15	81
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	2291
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	19344
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	3425
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	4076
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.219	0.2	16777
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	8271
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	9039
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.204	0.2	526
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.137	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.312	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.315	0.2	258
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.318	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.602	10.787	8963
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.601	10.787	8962
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.82	16.17	11188
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.82	16.17	11189
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.675	10.899	8376
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.673	10.842	8269
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.507	16.309	12423
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.519	16.224	12262
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	15.185	201.765	70418
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	15.185	201.765	70419
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.166	0.05	9303
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.186	0.05	9279
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.181	0.05	9154
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.173	0.05	6038
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.193	0.05	5779
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.189	0.05	5693
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.146	0.05	5875
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.225	0.05	5275
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.226	0.05	5291

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
3.25-3.334	0.462	164	0.453	3463	0.453	3629	0.43	0.457	99.9449	0.459
3.334-3.425	0.453	179	0.425	3364	0.426	3543	0.482	0.512	100	0.428
3.425-3.524	0.371	149	0.42	3284	0.418	3433	0.384	0.347	100	0.42
3.524-3.632	0.432	161	0.4	3198	0.401	3359	0.419	0.468	100	0.397
3.632-3.75	0.42	152	0.362	3085	0.365	3237	0.551	0.565	100	0.355
3.75-3.881	0.366	157	0.337	2975	0.339	3132	0.628	0.656	100	0.326
3.881-4.026	0.365	161	0.306	2887	0.309	3049	0.683	0.703	99.9672	0.291
4.026-4.19	0.329	150	0.287	2807	0.289	2957	0.712	0.763	100	0.268
4.19-4.374	0.314	135	0.256	2675	0.258	2810	0.832	0.857	100	0.235
4.374-4.586	0.305	148	0.236	2568	0.24	2716	0.864	0.88	100	0.211
4.586-4.832	0.258	144	0.235	2437	0.237	2582	0.898	0.898	99.9613	0.208
4.832-5.122	0.311	132	0.245	2333	0.249	2465	0.867	0.891	100	0.217
5.122-5.471	0.303	124	0.272	2210	0.274	2334	0.871	0.873	100	0.242
5.471-5.903	0.395	120	0.276	2049	0.283	2169	0.82	0.866	100	0.246
5.903-6.457	0.401	123	0.264	1906	0.273	2029	0.842	0.877	100	0.232
6.457-7.203	0.325	97	0.257	1757	0.261	1854	0.874	0.88	100	0.228
7.203-8.288	0.35	67	0.238	1583	0.242	1650	0.866	0.905	100	0.218
8.288-10.078	0.348	84	0.245	1363	0.251	1447	0.885	0.935	100	0.238
10.078-13.957	0.355	59	0.274	1108	0.278	1167	0.89	0.932	100	0.268
13.957-48.755	0.526	43	0.423	719	0.429	762	0.842	0.864	100	0.399

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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