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万見
- PDB-6sf0: Crystal Structure of Ancestral Flavin-containing monooxygenase (F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sf0
タイトルCrystal Structure of Ancestral Flavin-containing monooxygenase (FMO) 2 in the presence of NADP+
要素Ancestral Flavin-containing monooxygenase (FMO) 2
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Flavin / enzyme (酵素) / membrane protein (膜タンパク質) / Ancestral Sequence Reconstruction
機能・相同性フラビンアデニンジヌクレオチド / CYCLOHEXYL-HEXYL-BETA-D-MALTOSIDE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Nicoll, C. / Bailleul, G. / Fiorentini, F. / Mascotti, M.L. / Fraaije, M. / Mattevi, A.
資金援助1件
組織認可番号国
European Commission722390
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Ancestral-sequence reconstruction unveils the structural basis of function in mammalian FMOs.
著者: Nicoll, C.R. / Bailleul, G. / Fiorentini, F. / Mascotti, M.L. / Fraaije, M.W. / Mattevi, A.
履歴
登録2019年7月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Ancestral Flavin-containing monooxygenase (FMO) 2
A: Ancestral Flavin-containing monooxygenase (FMO) 2
C: Ancestral Flavin-containing monooxygenase (FMO) 2
D: Ancestral Flavin-containing monooxygenase (FMO) 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)251,30313
ポリマ－244,6784
非ポリマー6,6249
水73941
1
B: Ancestral Flavin-containing monooxygenase (FMO) 2
D: Ancestral Flavin-containing monooxygenase (FMO) 2
ヘテロ分子


  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: Due to the presence of detergents in solution in order to solubilize the membrane binding protein, we were unable to clarify the oligomerization state of the protein using standard gel filtration.
  • 126 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,9067
ポリマ－122,3392
非ポリマー3,5675
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11420 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area43920 Å2
手法PISA
2
A: Ancestral Flavin-containing monooxygenase (FMO) 2
ヘテロ分子

C: Ancestral Flavin-containing monooxygenase (FMO) 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,3976
ポリマ－122,3392
非ポリマー3,0584
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455x-1/2,y+1/2,z1
Buried area11010 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area43780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.750, 148.678, 139.119
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.08, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Ancestral Flavin-containing monooxygenase (FMO) 2


分子量: 61169.602 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues 119 - 122 have been omitted from the crystal structure because the electron density around these residues is extremely weak.
由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 化合物 ChemComp-MA4 / CYCLOHEXYL-HEXYL-BETA-D-MALTOSIDE / 6-シクロヘキシルヘキシルβ-マルトシド


分子量: 508.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H44O11
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 4000, HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.01→138 Å / Num. obs: 32052 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 3.01→3.34 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.737 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2290 / CC1/2: 0.628 / % possible all: 64.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5nmw

5nmw


解像度: 3.01→138 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 1573 4.9 %RANDOM
Rwork0.21056 ---
obs0.21431 30376 51.64 %-
原子変位パラメータBiso mean: 97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.01→138 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17072 0 428 41 17541

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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