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万見
- PDB-6o3f: Crystal Structure of Lysyl-tRNA Synthetase from Chlamydia trachom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o3f
タイトルCrystal Structure of Lysyl-tRNA Synthetase from Chlamydia trachomatis with complexed with L-lysine and a difluoro cyclohexyl chromone ligand
要素Lysine--tRNA ligase
キーワードLIGASE / SSGCID / KRS / nucleotide binding / Aminoacyl TRNA Ligase Activity / Lysine TRNA Ligase Activity / ATP Binding / Lysyl TRNA Aminoacylation / strain UCH-1/proctitis / strain D/UW-3/Cx / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


lysine-tRNA ligase / lysine-tRNA ligase activity / lysyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Lysyl-tRNA synthetase, class II, C-terminal / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) / tRNA synthetases class II (D, K and N) / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II ...Lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Lysyl-tRNA synthetase, class II, C-terminal / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) / tRNA synthetases class II (D, K and N) / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FYB / LYSINE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Lysine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydia trachomatis serovar L2b
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Lysyl-tRNA Synthetase from Chlamydia trachomatis with complexed with L-lysine and a difluoro cyclohexyl chromone ligand
著者: Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2019年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月11日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine--tRNA ligase
B: Lysine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,16546
ポリマ－121,2192
非ポリマー3,94644
水6,648369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18030 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area39500 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)95.490, 57.280, 138.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.190, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Lysine--tRNA ligase / Lysyl-tRNA synthetase / LysRS


分子量: 60609.441 Da / 分子数: 2 / 断片: ChtrA.00612.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydia trachomatis serovar L2b (strain UCH-1/proctitis) (トラコーマクラミジア)
株: UCH-1/proctitis / 遺伝子: lysS, CTLon_0150 / プラスミド: ChtrA.00612.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B0BAN6, lysine-tRNA ligase

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非ポリマー , 7種, 413分子

#2: 化合物 ChemComp-FYB / ~{N}-[[4,4-bis(fluoranyl)-1-oxidanyl-cyclohexyl]methyl]-6-fluoranyl-4-oxidanylidene-chromene-2-carboxamide


分子量: 355.308 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H16F3NO4
#3: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-LYS / LYSINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N2O2
#7: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 369 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.01 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.47
詳細: ChtrA.00612.a.B1.PW38393 at 25.76 mg/ml was incubated with 3 mM l-lysine, 3 mM DDD01510706, then was mixed 1:1 MorpheusB6opt1(d4): 9.63% (w/v) PEG 8000, 19.27% (v/v) ethylene glycol, 0.03 M ...詳細: ChtrA.00612.a.B1.PW38393 at 25.76 mg/ml was incubated with 3 mM l-lysine, 3 mM DDD01510706, then was mixed 1:1 MorpheusB6opt1(d4): 9.63% (w/v) PEG 8000, 19.27% (v/v) ethylene glycol, 0.03 M each sodium fluoride, sodium bromide, sodium iodide, 0.1 M MOPS/HEPES-Na, pH=7.47. Tray: 305770d4, puck: wyo4-6.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年2月7日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→45.55 Å / Num. obs: 58695 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.782 % / Biso Wilson estimate: 43.037 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rrim(I) all: 0.099 / Χ2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.46 / Num. measured all: 222013 / Scaling rejects: 12
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.4-2.463.8060.622.1716344429742940.7920.72299.9
2.46-2.533.8130.4982.7216098422242220.8390.581100
2.53-2.63.8080.4163.215509408040730.8890.48499.8
2.6-2.683.8080.3773.5315002394439400.9010.4499.9
2.68-2.773.8110.3174.2114769387638750.9280.369100
2.77-2.873.810.265.1414266375137440.9530.30299.8
2.87-2.983.8090.1966.713643358335820.9730.229100
2.98-3.13.80.1667.7813115345834510.9790.19399.8
3.1-3.243.8030.12910.0612607331633150.9870.15100
3.24-3.393.790.09812.8212205322632200.9920.11599.8
3.39-3.583.7820.07516.1611481304030360.9940.08799.9
3.58-3.793.7840.05919.6110802286128550.9960.06999.8
3.79-4.063.780.04922.6910226270827050.9970.05799.9
4.06-4.383.7740.0426.869545253825290.9980.04799.6
4.38-4.83.7620.03629.048761233523290.9980.04299.7
4.8-5.373.7440.03727.47867210721010.9980.04499.7
5.37-6.23.7320.04225.456987187118720.9980.05100
6.2-7.593.6870.03527.825848159015860.9980.04199.7
7.59-10.733.6270.02535.234599127112680.9990.02999.8
10.73-45.553.3510.02137.823397216980.9990.02596.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3A74

3a74


解像度: 2.4→45.55 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.75
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2055 1969 3.36 %RANDOM, 0
Rwork0.1628 ---
obs0.1643 58681 99.83 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 158.88 Å2 / Biso mean: 43.5579 Å2 / Biso min: 7.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→45.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8164 0 232 373 8769
Biso mean--62.66 44.19 -
残基数----1036
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4-2.46010.28841430.226739774120100
2.4601-2.52660.24111250.211940664191100
2.5266-2.60090.28831370.200240154152100
2.6009-2.68480.2581350.199739894124100
2.6848-2.78080.29151240.200440544178100
2.7808-2.89210.27551440.191240464190100
2.8921-3.02370.24781500.1940164166100
3.0237-3.18310.2841370.184940774214100
3.1831-3.38250.18141600.167839994159100
3.3825-3.64350.23271600.162640184178100
3.6435-4.010.1891390.144440614200100
4.01-4.58980.13871560.125840564212100
4.5898-5.78080.16841220.13841344256100
5.7808-45.55860.16191370.15044204434199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.30310.10180.05260.99780.39810.81080.03040.0174-0.0586-0.05660.0079-0.2180.19580.099-0.05480.30780.0364-0.00920.29750.04360.369729.2623-9.977938.2819
20.76960.15910.98420.62960.6191.86010.0917-0.0535-0.0759-0.0454-0.046-0.06450.3215-0.0546-0.06850.38660.00090.00630.24950.03640.279220.4802-17.948430.677
32.69730.20360.21682.548-0.90932.7614-0.06730.25660.2383-0.4061-0.0476-0.00820.047-0.00390.09260.47250.0558-0.03720.30710.00010.233711.4813-4.32242.0214
40.7238-0.1466-0.12420.7483-0.02040.9110.0338-0.0189-0.0106-0.032-0.06050.12310.0202-0.16370.02450.2301-0.0069-0.02180.2432-0.00180.23923.09234.444448.3956
54.04551.61180.26674.69230.00832.63270.03980.0060.14230.2157-0.0892-0.21880.00350.08570.06320.23040.0305-0.06330.2665-0.01780.226328.409217.995368.408
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 116 through 436 )B116 - 436
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 437 through 601 )B437 - 601
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 4 through 167 )A4 - 167
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 168 through 601 )A168 - 601
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 5 through 115 )B5 - 115

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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