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- PDB-6rzy: Plasmodium falciparum PFA0660w Hsp40 co-chaperone J-domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rzy
タイトルPlasmodium falciparum PFA0660w Hsp40 co-chaperone J-domain
要素Heat shock protein 40, type IIHeat shock response
キーワードCHAPERONE (シャペロン) / Malaria Exported co-chaperone Intra-erythrocytic
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of HSF1-mediated heat shock response / MAPK6/MAPK4 signaling / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / host cell cytosol / chaperone cofactor-dependent protein refolding / unfolded protein binding / response to heat / protein-folding chaperone binding / membrane => GO:0016020 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
HSP40/DnaJ peptide-binding / Chaperone DnaJ, C-terminal / DnaJ C terminal domain / Nt-dnaJ domain signature. / DnaJ domain, conserved site / DnaJ domain / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Heat shock protein 40, type II
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.379 Å
データ登録者Vakonakis, I. / Day, J.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/N009274/1 英国
引用ジャーナル: Faseb J. / 年: 2019
タイトル: ThePlasmodium falciparumHsp70-x chaperone assists the heat stress response of the malaria parasite.
著者: Day, J. / Passecker, A. / Beck, H.P. / Vakonakis, I.
履歴
登録2019年6月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heat shock protein 40, type II
B: Heat shock protein 40, type II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3112
ポリマ－16,3112
非ポリマー00
水2,234124
1
A: Heat shock protein 40, type II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,1551
ポリマ－8,1551
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Heat shock protein 40, type II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,1551
ポリマ－8,1551
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)25.828, 54.925, 51.441
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.23, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Heat shock protein 40, type II / Heat shock response


分子量: 8155.302 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_0113700 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8I2E1
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.44 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.12 M mix of ethylene glycols 0.1 M Tris (base)/Bicine 30% w/v PEG MME550 30% w/v PEG 20,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 1.0389 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0389 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.379→54.925 Å / Num. obs: 28692 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 12.73 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 1.379→1.403 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.639 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1444 / CC1/2: 0.495 / Rpim(I) all: 0.427 / Rrim(I) all: 0.772 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RWU

4rwu


解像度: 1.379→37.338 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.75
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2027 1335 4.66 %
Rwork0.1647 --
obs0.1665 28661 97.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.379→37.338 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1140 0 0 124 1264
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081162
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0271556
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.095450
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06160
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006198
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.379-1.42830.32351360.28872774X-RAY DIFFRACTION99
1.4283-1.48550.31400.24122753X-RAY DIFFRACTION100
1.4855-1.55310.2551330.19232798X-RAY DIFFRACTION100
1.5531-1.6350.20021410.15262771X-RAY DIFFRACTION100
1.635-1.73740.24061140.13772820X-RAY DIFFRACTION100
1.7374-1.87160.17471310.13782779X-RAY DIFFRACTION100
1.8716-2.05990.18361200.13572692X-RAY DIFFRACTION99
2.0599-2.3580.18271300.13992408X-RAY DIFFRACTION90
2.358-2.97060.20741450.16722767X-RAY DIFFRACTION99
2.9706-37.35160.18311450.16632764X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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