PDB-6s02: Plasmodium falciparum Hsp70-x chaperone nucleotide binding domain...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6s02

タイトル

Plasmodium falciparum Hsp70-x chaperone nucleotide binding domain - ADP bound state

要素

Heat shock protein 70

キーワード

CHAPERONE / Malaria Exported chaperone Intra-erythrocytic ADP

機能・相同性

機能・相同性情報

Regulation of HSF1-mediated heat shock response / mRNA Splicing - Major Pathway / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / Neutrophil degranulation / : / heat shock protein binding / protein folding chaperone / ATP-dependent protein folding chaperone / protein refolding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.87 Å

データ登録者

Vakonakis, I. / Day, J.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Faseb J. / 年: 2019
タイトル: ThePlasmodium falciparumHsp70-x chaperone assists the heat stress response of the malaria parasite.
著者: Day, J. / Passecker, A. / Beck, H.P. / Vakonakis, I.

履歴

登録	2019年6月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2019年12月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
置き換え	2024年11月13日	ID: 7NQT
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Advisory / Structure summary カテゴリ: pdbx_database_PDB_obs_spr / pdbx_entry_details Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6s02.cif.gz	434.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6s02.ent.gz	363.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6s02.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/6s02 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/6s02	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6rzqSC 6rzyC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5f1x-1 4h5v-d 6b1m-2 2qwm-2 4h5n-2 5f2r-2 5evz-2 5aqw-d 3l6q-2 5bpl-d 3kvg-1 3ldp-2 3ldn-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Heat shock protein 70

B: Heat shock protein 70

ヘテロ分子

86.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Heat shock protein 70

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering
43.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Heat shock protein 70

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering
43.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.115, 101.796, 103.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Heat shock protein 70 / Hsp70-x 分子量: 42812.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫) 株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_0831700 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: K7NTP5
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M MES 5% w/v PEG 3,000 30% v/v PEG 200

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.87→72.51 Å / Num. obs: 70498 / % possible obs: 98.78 % / 冗長度: 6.3 % / B_iso Wilson estimate: 30.99 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.068 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 10.33
反射シェル	解像度: 1.87→1.94 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 1.67 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3452 / CC_1/2: 0.582 / R_pim(I) all: 0.72 / R_rim(I) all: 1.82 / % possible all: 94.87

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6RZQ

6rzq

解像度: 1.87→72.51 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.54

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2516	3386	4.87 %
R_work	0.2224	-	-
obs	0.2239	69598	98.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.87→72.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5770	0	56	287	6113

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5909
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.69	7976
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.445	3594
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	910
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1034

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8698-1.8965	0.4312	134	0.4387	2565	X-RAY DIFFRACTION	93
1.8965-1.9249	0.4198	136	0.4112	2619	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9249-1.9549	0.3965	128	0.3836	2712	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9549-1.987	0.4241	133	0.3656	2701	X-RAY DIFFRACTION	98
1.987-2.0213	0.3956	118	0.3426	2732	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0213-2.058	0.3599	144	0.3134	2721	X-RAY DIFFRACTION	99
2.058-2.0976	0.2754	161	0.3024	2718	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0976-2.1404	0.3116	114	0.2813	2763	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1404-2.187	0.2979	112	0.2768	2752	X-RAY DIFFRACTION	99
2.187-2.2378	0.3359	140	0.2679	2776	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2378-2.2938	0.2839	158	0.2736	2738	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2938-2.3558	0.3019	120	0.252	2779	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3558-2.4251	0.3296	142	0.2454	2746	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4251-2.5034	0.2665	170	0.239	2720	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5034-2.5929	0.2616	138	0.2394	2770	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5929-2.6967	0.2181	139	0.2302	2747	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6967-2.8195	0.2571	148	0.2234	2767	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8195-2.9681	0.2877	143	0.229	2821	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9681-3.1541	0.2604	123	0.2224	2784	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1541-3.3976	0.2209	146	0.2244	2804	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3976-3.7395	0.2208	175	0.197	2791	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7395-4.2806	0.2172	157	0.1739	2824	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2806-5.3928	0.2087	160	0.1618	2870	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3928-72.5645	0.2028	147	0.1849	2992	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.673	-0.2622	-0.4002	1.8171	0.4543	2.9814	-0.1044	-0.3498	-0.4411	0.2537	0.0242	-0.0171	0.5015	0.0726	0.0303	0.275	0.0242	0.0151	0.3093	0.0523	0.2841	31.001	64.5679	55.3315
2	2.749	-0.5862	-0.657	3.443	0.1326	1.427	0.0862	0.2351	-0.0583	-0.2846	-0.0744	0.0097	0.0288	0.0193	-0.0055	0.2042	0.0028	0.0127	0.404	-0.0222	0.2203	26.2833	74.6055	42.1681
3	4.494	5.089	0.4361	5.7787	0.5362	0.1379	0.1769	2.115	0.3398	-2.1128	0.1249	0.9103	-0.3537	-0.6936	-0.1512	0.779	0.1491	-0.1746	0.742	-0.1044	0.5083	18.6825	82.3549	29.9044
4	2.4639	-0.6659	0.6332	1.8842	-0.0393	4.4779	-0.0866	-0.4737	0.0837	0.274	0.1814	-0.2235	-0.058	0.3258	-0.0403	0.1966	0.0086	0.0075	0.4698	-0.0495	0.2956	33.9591	86.9881	61.4096
5	4.674	-0.8814	-2.2031	2.3935	0.5104	4.4652	-0.0274	-0.2763	0.0732	-0.0893	0.1524	-0.1305	-0.2199	0.4539	-0.1189	0.2863	-0.062	0.0094	0.3011	-0.0355	0.2495	50.2182	66.2249	16.453
6	7.0559	-0.5431	-0.3904	4.2494	0.6651	7.1414	-0.0324	0.6593	-0.2835	-0.6003	-0.0174	-0.0565	0.0398	0.8822	-0.0818	0.3945	-0.0499	0.1082	0.4464	-0.1038	0.2979	57.9453	59.8776	3.592
7	2.4989	-1.0151	-0.3995	3.0657	0.6393	2.5275	-0.0233	0.1273	-0.0601	-0.2909	-0.0396	0.4121	-0.2073	-0.342	0.0292	0.2588	0.0026	0	0.322	0.0041	0.2219	36.9432	67.5932	14.7935
8	2.088	1.2299	-1.3284	5.3513	-0.2951	0.8999	0.0013	0.3432	-0.0142	-0.3136	-0.1362	0.3499	-0.1173	-0.3271	0.1277	0.1752	0.0482	-0.0233	0.4946	0.009	0.245	17.5223	82.0348	45.9824
9	3.2262	-0.1242	0.1335	1.3545	-0.4886	2.2493	-0.109	0.1604	0.2103	-0.071	-0.0907	-0.2249	-0.5556	0.5856	0.1777	0.7045	-0.0431	0.0079	0.4586	0.0944	0.3666	51.963	87.7906	14.0878
10	2.95	0.2801	0.1926	2.771	-0.0947	2.4976	0.1651	0.2092	0.1465	-0.0154	-0.0326	0.4141	-0.548	-0.5078	0.0166	0.4199	0.1356	0.0907	0.4728	0.0202	0.3607	33.2905	76.7713	22.0877

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 12 through 157 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 158 through 218 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 219 through 224 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 225 through 358 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 10 through 93 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 94 through 123 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 124 through 224 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 359 through 394 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 225 through 362 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 363 through 392 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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