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- PDB-2ers: Solution structure of the Interleukin-15 receptor sushi domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ers
タイトルSolution structure of the Interleukin-15 receptor sushi domain
要素Interleukin-15 receptor alpha chain
キーワードSIGNALING PROTEIN / sushi domain
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of natural killer cell differentiation / interleukin-15 receptor activity / natural killer cell differentiation / interleukin-15-mediated signaling pathway / Interleukin-15 signaling / cytokine receptor activity / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / positive regulation of phagocytosis / cytoplasmic vesicle membrane / response to nutrient levels ...positive regulation of natural killer cell differentiation / interleukin-15 receptor activity / natural killer cell differentiation / interleukin-15-mediated signaling pathway / Interleukin-15 signaling / cytokine receptor activity / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / positive regulation of phagocytosis / cytoplasmic vesicle membrane / response to nutrient levels / negative regulation of neuron projection development / nuclear membrane / endosome / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / cell surface / extracellular region / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Interleukin-15 receptor subunit alpha / Rubrerythrin, domain 2 - #230 / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Rubrerythrin, domain 2 / Single Sheet / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-15 receptor subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR
Model type detailsminimized average
データ登録者Lorenzen, I. / Dingley, A.J. / Grotzinger, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: The structure of the interleukin-15 alpha receptor and its implications for ligand binding.
著者: Lorenzen, I. / Dingley, A.J. / Jacques, Y. / Grotzinger, J.
履歴
登録2005年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-15 receptor alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4741
ポリマ－7,4741
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 20structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-15 receptor alpha chain / IL-15Ralpha / IL-15RA


分子量: 7473.593 Da / 分子数: 1 / 断片: sushi domain of the Interleukin-15 receptor / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009 / 参照: UniProt: Q13261
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY
131HNCA
141HC(CO)NH
151C(CO)NH
1613D 15N edited TOCSY a.o.

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試料調製

詳細内容: 1 mM Il-15 receptor sushi domian 15N,13C; 20mM phosphate buffer; 150mM sodium chloride; 7% D2O; pH = 7.4
溶媒系: 20mM phosphate buffer; 150mM sodium chloride; 7% D2O; pH = 7.4p
試料状態イオン強度: 150mM NaCl / pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DYANA1.5GUENTERT構造決定
DYANA1.5GUENTERT精密化
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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