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- PDB-6pu5: MicroED structure of proteinase K recorded on CetaD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pu5
タイトルMicroED structure of proteinase K recorded on CetaD
要素Proteinase KプロテイナーゼK
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase K / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. ...Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8, subtilisin-related / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
プロテイナーゼK
類似検索 - 構成要素
生物種Parengyodontium album (菌類)
手法電子線結晶学 / 分子置換 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Hattne, J. / Martynowycz, M.W. / Penzcek, P.A. / Gonen, T.
引用ジャーナル: IUCrJ / 年: 2019
タイトル: MicroED with the Falcon III direct electron detector.
著者: Johan Hattne / Michael W Martynowycz / Pawel A Penczek / Tamir Gonen /
要旨: Microcrystal electron diffraction (MicroED) combines crystallography and electron cryo-microscopy (cryo-EM) into a method that is applicable to high-resolution structure determination. In MicroED, ...Microcrystal electron diffraction (MicroED) combines crystallography and electron cryo-microscopy (cryo-EM) into a method that is applicable to high-resolution structure determination. In MicroED, nanosized crystals, which are often intractable using other techniques, are probed by high-energy electrons in a transmission electron microscope. Diffraction data are recorded by a camera in movie mode: the nanocrystal is continuously rotated in the beam, thus creating a sequence of frames that constitute a movie with respect to the rotation angle. Until now, diffraction-optimized cameras have mostly been used for MicroED. Here, the use of a direct electron detector that was designed for imaging is reported. It is demonstrated that data can be collected more rapidly using the Falcon III for MicroED and with markedly lower exposure than has previously been reported. The Falcon III was operated at 40 frames per second and complete data sets reaching atomic resolution were recorded in minutes. The resulting density maps to 2.1 Å resolution of the serine protease proteinase K showed no visible signs of radiation damage. It is thus demonstrated that dedicated diffraction-optimized detectors are not required for MicroED, as shown by the fact that the very same cameras that are used for imaging applications in electron microscopy, such as single-particle cryo-EM, can also be used effectively for diffraction measurements.
履歴
登録2019年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / refine
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-20476
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proteinase K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0113
ポリマ－28,9311
非ポリマー802
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: PISA
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area180 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area9960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.671, 66.671, 100.480
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Proteinase K / プロテイナーゼK / Endopeptidase K / Tritirachium alkaline proteinase


分子量: 28930.783 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 106-384 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Parengyodontium album (菌類) / 参照: UniProt: P06873, peptidase K
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学

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試料調製

構成要素名称: Proteinase KプロテイナーゼK / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.028969150 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Parengyodontium album (菌類)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分濃度: 50 mM
名称: Trisトリスヒドロキシメチルアミノメタン
式: C4H11NO3
試料濃度: 20 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K

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データ収集

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DIFFRACTION回折
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 100 K / 最低温度: 77 K
撮影平均露光時間: 2.4069 sec. / 電子線照射量: 0.024069 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / Num. of diffraction images: 165 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 165
画像スキャンサンプリングサイズ: 28 µm / 横: 2048 / 縦: 2048
EM回折カメラ長: 2131 mm
EM回折 シェル解像度: 2.7→2.83 Å / フーリエ空間範囲: 97.2 % / 多重度: 3.8 / 構造因子数: 825 / 位相残差: 61.97 °
EM回折 統計フーリエ空間範囲: 98 % / 再高解像度: 2.7 Å / 測定した強度の数: 28788 / 構造因子数: 6520 / 位相誤差: 43.59 ° / 位相残差: 43.59 ° / 位相誤差の除外基準: 0 / Rmerge: 0.44 / Rsym: 0.44
反射最高解像度: 2.1 Å
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 1.612 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. measured obs: 3646 / Num. unique obs: 1053 / CC1/2: 0.269 / % possible all: 92.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0238 2018/15/10精密化
MOSFLM7.2.2データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
MOLREP11.6.04位相決定
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
6MOLREP11.7.01モデルフィッティング
8REFMAC5.8.0238モデル精密化
9MOLREP11.7.01分子置換
11POINTLESS1.11.19対称性決定
12AIMLESS0.7.4crystallography merging
13REFMAC5.8.0238３次元再構成
EM 3D crystal entity∠α: 90 ° / ∠β: 90 ° / ∠γ: 90 ° / A: 66.6714 Å / B: 66.6714 Å / C: 100.48 Å / 空間群名: P43212 / 空間群番号: 96
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL
原子モデル構築B value: 23.033 / プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL / 詳細: Electron scattering factors
原子モデル構築PDB-ID: 5K7S

5k7s


PDB chain-ID: A / Accession code: 5K7S / Pdb chain residue range: 106-384 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5K7S

5k7s


解像度: 2.7→2.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.899 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.827 / SU B: 24.677 / SU ML: 0.443 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.429 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2659 421 -Copied from PDB entry 5K7S
Rwork0.2313 ---
all0.234 ---
obs-6483 97.621 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 20.835 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.293 Å20 Å20 Å2
2---0.293 Å20 Å2
3---0.585 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_bond_refined_d0.0080.0132070
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_bond_other_d0.0010.0171806
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_angle_refined_deg1.4251.6392814
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_angle_other_deg1.3521.5714188
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_1_deg6.5855278
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_2_deg36.27721.89595
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_3_deg15.49415299
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_4_deg16.4221512
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_chiral_restr0.0510.2279
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_gen_planes_refined0.0050.022417
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_gen_planes_other0.0020.02447
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_nbd_refined0.2210.2541
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_nbd_other0.2020.21998
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_nbtor_refined0.1740.21084
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_nbtor_other0.0820.2961
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_xyhbond_nbd_refined0.1380.272
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_nbd_refined0.160.226
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_nbd_other0.260.281
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.0020.21
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_mcbond_it1.2672.1651115
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_mcbond_other1.2642.1621114
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_mcangle_it2.2213.2461392
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_mcangle_other2.2213.251393
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_scbond_it1.6152.436955
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_scbond_other1.6142.439956
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_scangle_it2.8373.5551422
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_scangle_other2.8363.5581423
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_lrange_it4.60626.682455
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_lrange_other4.60726.6972456
LS精密化 シェル

Refine-ID: ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.703-2.7730.431310.39243195.8506
2.773-2.8490.337300.33841497.5824
2.849-2.9310.483240.35642198.0176
2.931-3.0210.377300.29839897.2727
3.021-3.120.294270.283393100
3.12-3.2290.343260.2437398.0344
3.229-3.350.29290.24838097.8469
3.35-3.4870.266240.24534898.6737
3.487-3.6410.229240.23634698.6667
3.641-3.8180.283200.22732797.7465
3.818-4.0230.193230.19830897.3529
4.023-4.2660.179210.17329497.8261
4.266-4.5590.203210.16228398.3819
4.559-4.9210.234180.16727197.6351
4.921-5.3870.168160.16923898.0695
5.387-6.0160.094140.19223998.4436
6.016-6.9330.179150.17119998.1651
6.933-8.4580.261120.1617796.9231
8.458-11.8270.31780.18914797.4843
11.8270.40880.2467580.5825

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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