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万見
- PDB-6mh6: High-viscosity injector-based Pink Beam Serial Crystallography of... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mh6
タイトルHigh-viscosity injector-based Pink Beam Serial Crystallography of Micro-crystals at a Synchrotron Radiation Source.
要素Proteinase K
キーワードHYDROLASE / Pink beam serial crystallography / Proteinase K
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase K / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / : / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site ...Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / : / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Proteinase K
類似検索 - 構成要素
生物種Parengyodontium album (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Martin-Garcia, J.M. / Zhu, L. / Mendez, D. / Lee, M. / Chun, E. / Li, C. / Hu, H. / Subramanian, G. / Kissick, D. / Ogata, C. ...Martin-Garcia, J.M. / Zhu, L. / Mendez, D. / Lee, M. / Chun, E. / Li, C. / Hu, H. / Subramanian, G. / Kissick, D. / Ogata, C. / Henning, R. / Ishchenko, A. / Dobson, Z. / Zhan, S. / Weierstall, U. / Spence, J.C.H. / Fromme, P. / Zatsepin, N.A. / Fischetti, R.F. / Cherezov, V. / Liu, W.
資金援助 米国, 10件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1231306 米国
National Science Foundation (NSF, United States)1565180 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R21DA042298 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM124152 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM095583 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM127086 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R24GM111072 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)ACB-12002 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)AGM12006 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2019
タイトル: High-viscosity injector-based pink-beam serial crystallography of microcrystals at a synchrotron radiation source.
著者: Martin-Garcia, J.M. / Zhu, L. / Mendez, D. / Lee, M.Y. / Chun, E. / Li, C. / Hu, H. / Subramanian, G. / Kissick, D. / Ogata, C. / Henning, R. / Ishchenko, A. / Dobson, Z. / Zhang, S. / ...著者: Martin-Garcia, J.M. / Zhu, L. / Mendez, D. / Lee, M.Y. / Chun, E. / Li, C. / Hu, H. / Subramanian, G. / Kissick, D. / Ogata, C. / Henning, R. / Ishchenko, A. / Dobson, Z. / Zhang, S. / Weierstall, U. / Spence, J.C.H. / Fromme, P. / Zatsepin, N.A. / Fischetti, R.F. / Cherezov, V. / Liu, W.
履歴
登録2018年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年8月21日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / Item: _reflns.pdbx_R_split / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs
改定 1.32019年11月6日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.62024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proteinase K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1014
ポリマ－28,9591
非ポリマー1423
水2,468137
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.300, 68.300, 108.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-474-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Proteinase K / Endopeptidase K / Tritirachium alkaline proteinase


分子量: 28958.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Parengyodontium album (菌類) / 参照: UniProt: P06873, peptidase K
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.6 % / 解説: Diamond-like crystals
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 0.5 M sodium nitrate, 0.1 M calcium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D / 波長: 1.03 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX340-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→57.8 Å / Num. obs: 14910 / % possible obs: 61.3 % / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 23.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
Precognitionデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UVL

5uvl


解像度: 1.8→57.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 2.764 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.155 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17493 1463 9.8 %RANDOM
Rwork0.12955 ---
obs0.13408 13447 61.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 9.764 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å20 Å20 Å2
2---0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→57.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2032 0 6 137 2175
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0192076
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021862
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8021.9372821
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.09734276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3655278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.29823.6984
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.67815299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.8871512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2312
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022461
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02491
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6860.8371115
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6850.8351114
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0941.251392
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.0941.2531393
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.61.063961
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.6011.057958
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.6251.5081426
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.4997.632470
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.3647.5132429
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.801→1.848 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.127 10 -
Rwork0.141 142 -
obs--8.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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