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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6p7h | ||||||
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タイトル | Vaccine-elicited NHP FP-targeting neutralizing antibody DF2F-b.04 in complex with HIV fusion peptide (residue 512-519) | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / HIV (ヒト免疫不全ウイルス) / neutralizing (中和抗体) / antibody (抗体) / NHP / FP / Fusion Peptide (膜融合タンパク質) / vaccine (ワクチン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane ...Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane / actin filament organization / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Platyrrhini (広鼻小目) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.782 Å | ||||||
データ登録者 | Xu, K. / Liu, K. / Wang, Y. / Kwong, P.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Modular recognition of antigens provides a mechanism that improves vaccine-elicited antibody-class frequencies 著者: Xu, K. / Liu, K. / Wang, Y. / Kwong, P.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6p7h.cif.gz | 102.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6p7h.ent.gz | 79.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6p7h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p7/6p7h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p7/6p7h | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23900.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Platyrrhini (広鼻小目) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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#2: 抗体 | 分子量: 24169.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Platyrrhini (広鼻小目) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 732.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 参照: UniProt: P04578*PLUS |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.46 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M HEPES pH 7.5, 17.5% PEG 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月10日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.78→50 Å / Num. obs: 48760 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 28.69 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.114 / Χ2: 1.89 / Net I/σ(I): 8.9 / Num. measured all: 315917 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.782→36.662 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.52
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.782→36.662 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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