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- PDB-6ozl: Crystal structure of Mus musculus (Mm) Endonuclease V in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ozl
タイトルCrystal structure of Mus musculus (Mm) Endonuclease V in complex with a 23mer RNA oligo containing an inosine after a 2 min soak in Mn2+
要素
  • DNA/RNA (5'-R(P*CP*GP*GP*UP*AP*AP*CP*CP*C)-D(P*I)-R(P*AP*UP*AP*UP*GP*CP*AP*UP*GP*CP*AP*UP*U)-3')
  • Endonuclease V
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Nucleic acid hydrolysis / RNA recognition / metal ion dependent catalysis / DNA damage (DNA修復) / adenosine deamination
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA endonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters / endodeoxyribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / cytoplasmic stress granule / single-stranded RNA binding / DNA修復 / 核小体 / magnesium ion binding / DNA binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Endonuclease V / Endonuclease V / archaeoglobus fulgidus dsm 4304 fold / archaeoglobus fulgidus dsm 4304 superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / TRIETHYLENE GLYCOL / L(+)-TARTARIC ACID / DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10) / Endonuclease V
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Samara, N.L. / Yang, W.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2019
タイトル: Evolution of Inosine-Specific Endonuclease V from Bacterial DNase to Eukaryotic RNase.
著者: Wu, J. / Samara, N.L. / Kuraoka, I. / Yang, W.
履歴
登録2019年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endonuclease V
B: Endonuclease V
C: DNA/RNA (5'-R(P*CP*GP*GP*UP*AP*AP*CP*CP*C)-D(P*I)-R(P*AP*UP*AP*UP*GP*CP*AP*UP*GP*CP*AP*UP*U)-3')
D: DNA/RNA (5'-R(P*CP*GP*GP*UP*AP*AP*CP*CP*C)-D(P*I)-R(P*AP*UP*AP*UP*GP*CP*AP*UP*GP*CP*AP*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,56114
ポリマ－70,6844
非ポリマー87710
水2,774154
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7400 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area24650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.621, 72.519, 155.764
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 8:10 or resseq 13:14 or resseq...
21(chain B and (resseq 8:10 or resseq 13:14 or resseq...
12(chain D and resseq 9:23)
22chain C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ARGARGPROPRO(chain A and (resseq 8:10 or resseq 13:14 or resseq...AA8 - 108 - 10
121THRTHRLEULEU(chain A and (resseq 8:10 or resseq 13:14 or resseq...AA13 - 1413 - 14
131TRPTRPALAALA(chain A and (resseq 8:10 or resseq 13:14 or resseq...AA17 - 2217 - 22
141LEULEUVALVAL(chain A and (resseq 8:10 or resseq 13:14 or resseq...AA24 - 5324 - 53
151SERSERSERSER(chain A and (resseq 8:10 or resseq 13:14 or resseq...AA5454
161GLUGLULEULEU(chain A and (resseq 8:10 or resseq 13:14 or resseq...AA7 - 2517 - 251
171GLUGLULEULEU(chain A and (resseq 8:10 or resseq 13:14 or resseq...AA7 - 2517 - 251
181GLUGLULEULEU(chain A and (resseq 8:10 or resseq 13:14 or resseq...AA7 - 2517 - 251
211ARGARGPROPRO(chain B and (resseq 8:10 or resseq 13:14 or resseq...BB8 - 108 - 10
221THRTHRLEULEU(chain B and (resseq 8:10 or resseq 13:14 or resseq...BB13 - 1413 - 14
231TRPTRPALAALA(chain B and (resseq 8:10 or resseq 13:14 or resseq...BB17 - 2217 - 22
241LEULEUVALVAL(chain B and (resseq 8:10 or resseq 13:14 or resseq...BB24 - 5324 - 53
251SERSERSERSER(chain B and (resseq 8:10 or resseq 13:14 or resseq...BB5454
261ARGARGLEULEU(chain B and (resseq 8:10 or resseq 13:14 or resseq...BB8 - 2518 - 251
271ARGARGLEULEU(chain B and (resseq 8:10 or resseq 13:14 or resseq...BB8 - 2518 - 251
281ARGARGLEULEU(chain B and (resseq 8:10 or resseq 13:14 or resseq...BB8 - 2518 - 251
112CCUU(chain D and resseq 9:23)DD9 - 239 - 23
212CCUUchain CCC9 - 239 - 23

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

-
タンパク質 / DNA/RNAハイブリッド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Endonuclease V /


分子量: 28048.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Endov / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8C9A2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: DNA/RNAハイブリッド DNA/RNA (5'-R(P*CP*GP*GP*UP*AP*AP*CP*CP*C)-D(P*I)-R(P*AP*UP*AP*UP*GP*CP*AP*UP*GP*CP*AP*UP*U)-3')


分子量: 7293.379 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 6種, 164分子

#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸 / 酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M potassium sodium tartrate, 20-25% w/v PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月6日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→42.43 Å / Num. obs: 47563 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 1 % / Biso Wilson estimate: 35.97 Å2 / Net I/σ(I): 8.9 / Num. measured all: 47563
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 1 % / Num. unique obs: 2928 / % possible all: 72.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.31データスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→35.824 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 位相誤差: 25.16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2169 2365 4.99 %
Rwork0.1759 --
obs0.1779 47439 95.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 173.69 Å2 / Biso mean: 53.5328 Å2 / Biso min: 22.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→35.824 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3783 650 47 154 4634
Biso mean--72.86 49.52 -
残基数----518
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084677
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9646478
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054767
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006721
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9172764
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1896X-RAY DIFFRACTION5.565TORSIONAL
12B1896X-RAY DIFFRACTION5.565TORSIONAL
21D324X-RAY DIFFRACTION5.565TORSIONAL
22C324X-RAY DIFFRACTION5.565TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0983-2.14120.3701980.31421930202871
2.1412-2.18770.33661040.27672222232681
2.1877-2.23860.3091170.26412402251987
2.2386-2.29460.26061260.24272543266993
2.2946-2.35660.28571420.2232656279897
2.3566-2.42590.26491320.213427402872100
2.4259-2.50420.28571460.202827282874100
2.5042-2.59370.24081530.203927342887100
2.5937-2.69750.24861820.204526962878100
2.6975-2.82020.27361570.207327412898100
2.8202-2.96890.32031410.208527652906100
2.9689-3.15480.241410.201127722913100
3.1548-3.39820.24091250.179727852910100
3.3982-3.73980.18831610.15827802941100
3.7398-4.28020.16711510.139428022953100
4.2802-5.38970.14761340.127528562990100
5.3897-35.82890.19711550.15742922307798
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.16116.2411-4.9346.8365-5.19385.8565-0.1951-0.4438-0.5604-0.1591-0.3914-0.56630.23690.39710.57150.37030.07840.03450.2053-0.07540.246836.95321.080944.9198
24.16530.1213-1.28242.3447-0.64142.5868-0.07290.20340.3683-0.20660.07990.059-0.2171-0.2348-0.03390.43830.0217-0.03730.3003-0.01110.251627.29016.97640.3244
32.7598-0.3210.49373.46820.12024.08090.02730.2604-0.0901-0.6928-0.05340.07370.4531-0.07830.02510.5565-0.00920.02340.25450.01970.233728.1784-8.066333.4087
46.2205-4.0589-3.23534.34124.41486.83390.09170.4039-0.0363-0.226-0.52050.77690.0277-0.63590.65220.3265-0.085-0.0220.28170.02540.5392-0.14912.7605-11.1349
57.0838-1.4567-2.35396.94242.01438.06660.0113-0.72820.56020.68290.02950.1243-0.3550.251-0.12840.2895-0.0349-0.07660.3215-0.0460.267513.54239.65320.5468
66.3006-0.3269-2.31855.77733.29815.09940.0952-0.1230.73690.43390.1265-0.2728-0.14120.2793-0.19860.36240.0338-0.0920.30810.11020.169912.53867.9874-2.3627
74.8312-0.6519-4.70833.43350.64924.6110.4619-0.75861.57470.04820.23280.2921-1.01680.5118-0.72120.3767-0.0018-0.08040.4758-0.03570.4829.730613.07-7.7051
83.28640.057-4.80424.8670.10187.6823-0.02440.10450.17680.18070.01130.3983-0.0114-0.1722-0.0090.32220.0102-0.04940.2666-0.00860.26655.33362.9342-8.8088
95.96380.4298-0.32215.8019-1.19196.93760.1793-0.7375-0.68831.19960.11030.91550.8454-0.6093-0.31680.8683-0.1180.18770.48380.06920.5650.0686-12.24364.6348
103.56021.43831.89335.11070.83023.77850.0634-0.0664-0.0680.6728-0.0289-0.26290.27020.4253-0.0580.3870.0281-0.01050.30490.02330.201313.5129-1.3872-0.7635
110.65460.10332.28483.817-0.02336.4596-0.43610.19720.3416-0.49250.09210.5654-0.4892-0.21920.29360.45970.0759-0.03090.3648-0.03410.35919.67750.192419.4047
121.5595-1.46193.61144.2266-1.14358.3798-0.3726-0.29750.16050.33450.0855-0.0524-0.792-0.27050.20920.5366-0.07040.02450.39180.00630.311413.71180.538715.4854
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 46 )A7 - 46
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 47 through 154 )A47 - 154
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 155 through 251 )A155 - 251
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 8 through 46 )B8 - 46
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 47 through 71 )B47 - 71
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 72 through 95 )B72 - 95
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 96 through 114 )B96 - 114
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 115 through 154 )B115 - 154
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 155 through 206 )B155 - 206
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 207 through 251 )B207 - 251
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 9 through 23 )C9 - 23
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 8 through 23 )D8 - 23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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