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- PDB-6ozg: Crystal structure of Thermotoga maritima (Tm) Endonuclease V (E89... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ozg | |||||||||
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Title | Crystal structure of Thermotoga maritima (Tm) Endonuclease V (E89Q) in complex with a 12mer DNA containing an inosine followed by a ribo-adenosine | |||||||||
![]() |
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![]() | HYDROLASE / Nucleic acid hydrolysis / RNA recognition / metal ion dependent catalysis / DNA damage / adenosine deamination | |||||||||
Function / homology | ![]() deoxyribonuclease V / deoxyribonuclease V activity / RNA endonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters / single-stranded RNA binding / DNA repair / magnesium ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() synthetic construct (others) | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Samara, N.L. / Yang, W. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Evolution of Inosine-Specific Endonuclease V from Bacterial DNase to Eukaryotic RNase. Authors: Wu, J. / Samara, N.L. / Kuraoka, I. / Yang, W. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 224.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 178.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 274.4 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 274.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 1.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 6.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6ozeC ![]() 6ozfC ![]() 6ozhC ![]() 6oziC ![]() 6ozjC ![]() 6ozkC ![]() 6ozlC ![]() 6ozmC ![]() 6oznC ![]() 6ozoC ![]() 6ozpC ![]() 6ozqC ![]() 6ozrC ![]() 6ozsC ![]() 2w35S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein / DNA/RNA hybrid , 2 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 25487.781 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: E89Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: DNA/RNA hybrid | Mass: 3500.255 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
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-Non-polymers , 4 types, 181 molecules ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.52 Å3/Da / Density % sol: 51.15 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.2 M magnesium acetate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 7.4, 15% w/v PEG8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 25, 2013 | |||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.93→33.14 Å / Num. obs: 42382 / % possible obs: 96.7 % / Redundancy: 1 % / Biso Wilson estimate: 32.53 Å2 / Net I/σ(I): 9.9 / Num. measured all: 42382 | |||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 2W35 Resolution: 1.93→33.14 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 24.14
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 149.89 Å2 / Biso mean: 51.4769 Å2 / Biso min: 20.12 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.93→33.14 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 28
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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