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Yorodumi- PDB-6oze: Crystal structure of the catalytic domain of human Endonuclease V... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6oze | ||||||
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Title | Crystal structure of the catalytic domain of human Endonuclease V (C140S/C225S/C226A/C228S) | ||||||
Components | Endonuclease V | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Nucleic acid hydrolysis / RNA recognition / metal ion dependent catalysis / DNA damage / adenosine deamination | ||||||
Function / homology | Function and homology information endodeoxyribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters / RNA endonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters / Hydrolases; Acting on ester bonds; Endoribonucleases producing 5'-phosphomonoesters / cytoplasmic stress granule / single-stranded RNA binding / DNA repair / nucleolus / magnesium ion binding / DNA binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.5 Å | ||||||
Authors | Samara, N.L. / Yang, W. | ||||||
Citation | Journal: Mol.Cell / Year: 2019 Title: Evolution of Inosine-Specific Endonuclease V from Bacterial DNase to Eukaryotic RNase. Authors: Wu, J. / Samara, N.L. / Kuraoka, I. / Yang, W. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6oze.cif.gz | 121.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6oze.ent.gz | 92.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6oze.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6oze_validation.pdf.gz | 453.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6oze_full_validation.pdf.gz | 457.8 KB | Display | |
Data in XML | 6oze_validation.xml.gz | 13.3 KB | Display | |
Data in CIF | 6oze_validation.cif.gz | 18.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/6oze ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/6oze | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6ozfC 6ozgC 6ozhC 6oziC 6ozjC 6ozkC 6ozlC 6ozmC 6oznC 6ozoC 6ozpC 6ozqC 6ozrC 6ozsC 2w35S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 27157.359 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: C140S/C225S/C226A/C228S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ENDOV / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q8N8Q3, Hydrolases; Acting on ester bonds; Endoribonucleases producing 5'-phosphomonoesters | ||||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.84 Å3/Da / Density % sol: 56.71 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 3.6 M sodium acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-BM / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 7, 2013 | |||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.5→24.73 Å / Num. obs: 47096 / % possible obs: 98.2 % / Redundancy: 1 % / Biso Wilson estimate: 21.1 Å2 / Net I/σ(I): 9.9 / Num. measured all: 47096 | |||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 2W35 Resolution: 1.5→24.729 Å / SU ML: 0.13 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / Phase error: 22.84
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 110.49 Å2 / Biso mean: 37.4917 Å2 / Biso min: 14.73 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.5→24.729 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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