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Yorodumi- PDB-6ozf: Crystal structure of Thermotoga maritima (Tm) Endonuclease V (D11... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6ozf | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of Thermotoga maritima (Tm) Endonuclease V (D110N) in complex with a 12mer DNA containing an inosine followed by a ribo-adenosine | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | HYDROLASE / Nucleic acid hydrolysis / RNA recognition / metal ion dependent catalysis / DNA damage / adenosine deamination | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationdeoxyribonuclease V / deoxyribonuclease V activity / RNA endonuclease activity producing 5'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / single-stranded RNA binding / DNA repair / magnesium ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() Thermotoga maritima (bacteria)synthetic construct (others) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Samara, N.L. / Yang, W. | ||||||
Citation | Journal: Mol.Cell / Year: 2019Title: Evolution of Inosine-Specific Endonuclease V from Bacterial DNase to Eukaryotic RNase. Authors: Wu, J. / Samara, N.L. / Kuraoka, I. / Yang, W. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6ozf.cif.gz | 234.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6ozf.ent.gz | 184.7 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6ozf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6ozf_validation.pdf.gz | 283.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6ozf_full_validation.pdf.gz | 283.1 KB | Display | |
| Data in XML | 6ozf_validation.xml.gz | 1.5 KB | Display | |
| Data in CIF | 6ozf_validation.cif.gz | 8.1 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/6ozf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/6ozf | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6ozeC ![]() 6ozgC ![]() 6ozhC ![]() 6oziC ![]() 6ozjC ![]() 6ozkC ![]() 6ozlC ![]() 6ozmC ![]() 6oznC ![]() 6ozoC ![]() 6ozpC ![]() 6ozqC ![]() 6ozrC ![]() 6ozsC ![]() 2w35S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ![]()
| ||||||||
| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein / DNA/RNA hybrid , 2 types, 4 molecules ABCD
| #1: Protein | Mass: 25634.957 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: D110N Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Thermotoga maritima (bacteria) / Gene: nfi, TM_1865 / Production host: ![]() #2: DNA/RNA hybrid | Mass: 3727.438 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
|---|
-Non-polymers , 6 types, 341 molecules 










| #3: Chemical | ChemComp-CA / #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-PG4 / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.12 Å3/Da / Density % sol: 42.03 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.1 M calcium acetate, 10% w/v PEG3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-BM / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 3, 2013 |
| Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.8→30 Å / Num. obs: 47534 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 4.5 % / Net I/σ(I): 15 |
| Reflection shell | Resolution: 1.8→1.83 Å / Num. unique obs: 2329 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB entry 2W35 Resolution: 1.8→28.093 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 18.4
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→28.093 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Thermotoga maritima (bacteria)
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