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- PDB-1y7w: Crystal structure of a halotolerant carbonic anhydrase from Dunal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y7w
タイトルCrystal structure of a halotolerant carbonic anhydrase from Dunaliella salina
要素Halotolerant alpha-type carbonic anhydrase (dCA II)
キーワードLYASE / alpha-type carbonic anhydrase / haltolerant protein / algal carbonic anhydrase / salt tolerant protein / zinc enzyme / anion tolerance / Dunaliella salina carbonic anhydrase / dCA II / Israel Structural Proteomics Center / ISPC / Structural Genomics
機能・相同性Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Roll / Alpha Beta / ACETIC ACID
機能・相同性情報
生物種Dunaliella salina (しおひげむし)
手法X線回折 / 多波長異常分散 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Premkumar, L. / Greenblatt, H.M. / Bageshwar, U.K. / Savchenko, T. / Gokhman, I. / Sussman, J.L. / Zamir, A. / Israel Structural Proteomics Center (ISPC)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2005
タイトル: Three-dimensional structure of a halotolerant algal carbonic anhydrase predicts halotolerance of a mammalian homolog.
著者: Premkumar, L. / Greenblatt, H.M. / Bageshwar, U.K. / Savchenko, T. / Gokhman, I. / Sussman, J.L. / Zamir, A.
履歴
登録2004年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE The sequence of the protein has not been deposited into any sequence database.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Halotolerant alpha-type carbonic anhydrase (dCA II)
B: Halotolerant alpha-type carbonic anhydrase (dCA II)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7709
ポリマ－63,4082
非ポリマー3627
水9,494527
1
A: Halotolerant alpha-type carbonic anhydrase (dCA II)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8534
ポリマ－31,7041
非ポリマー1483
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: Halotolerant alpha-type carbonic anhydrase (dCA II)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9185
ポリマ－31,7041
非ポリマー2144
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1740 Å2
ΔGint-146 kcal/mol
Surface area22370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.022, 119.835, 58.442
Angle α, β, γ (deg.)90, 94.549, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Halotolerant alpha-type carbonic anhydrase (dCA II)


分子量: 31704.084 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dunaliella salina (しおひげむし)
遺伝子: dCA II / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B pLysS / 参照: carbonic anhydrase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 527 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.7 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 2-propanol, PEG 4000, trisodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418, 1.28255, 1.28295, 0.9840
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年7月19日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
21.282551
31.282951
40.9841
反射解像度: 1.86→35 Å / Num. all: 53986 / Num. obs: 53083 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 28
反射 シェル解像度: 1.86→1.93 Å / % possible all: 90.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: PDB entry 2CAB

2cab


解像度: 1.86→32.95 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.202 2578 -RANDOM
Rwork0.167 ---
all0.194 53048 --
obs0.194 53048 98.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.77 Å20 Å24.15 Å2
2---2.64 Å20 Å2
3----4.13 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→32.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4212 0 13 527 4752
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.27
LS精密化 シェル解像度: 1.86→1.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.013
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 385 -
Rwork0.226 --
obs-7819 91.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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