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万見
- PDB-3g4e: Crystal structure of human senescence marker protein-30(SMP30)(Ca... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g4e
タイトルCrystal structure of human senescence marker protein-30(SMP30)(Calcium bound)
要素Regucalcin
キーワードHYDROLASE / six bladed beta-propeller / gluconolcatonase / organophosphate hydrolase / regucalcin / calcium bound / Alternative splicing / Calcium / Cytoplasm / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


gluconolactonase / gluconolactonase activity / positive regulation of ATP-dependent activity / enzyme regulator activity / regulation of calcium-mediated signaling / intracellular calcium ion homeostasis / calcium ion binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Regucalcin / Senescence marker protein-30 (SMP-30) / SMP-30/Gluconolactonase/LRE-like region / SMP-30/Gluconolactonase/LRE-like region / TolB, C-terminal domain / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.42 Å
データ登録者Chakraborti, S. / Bahnson, B.J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of human senescence marker protein 30: insights linking structural, enzymatic, and physiological functions .
著者: Chakraborti, S. / Bahnson, B.J.
履歴
登録2009年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32023年9月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regucalcin
B: Regucalcin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,2274
ポリマ－66,1472
非ポリマー802
水8,953497
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Regucalcin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1142
ポリマ－33,0731
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Regucalcin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1142
ポリマ－33,0731
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.474, 51.001, 86.124
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.11, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Regucalcin / RC / Senescence marker protein 30 / SMP-30


分子量: 33073.488 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 3-299 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RGN, SMP30 / プラスミド: pGEX4T3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL codon plus / 参照: UniProt: Q15493
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 497 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 38% PEG 6000, 0.1M Tris-Hcl, 5mM calcium chloride, 5mM DTT, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月4日
放射モノクロメーター: KOHZU HLD-4 DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.41→84.819 Å / Num. obs: 14159 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 7.056
反射 シェル解像度: 1.41→1.49 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.808 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. measured all: 89400 / Num. unique all: 14159 / Rsym value: 0.808 / % possible all: 91.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.5 Å18.4 Å
Translation1.5 Å18.4 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.19データスケーリング
PHASER位相決定
SHELX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2GHS

2ghs


解像度: 1.42→8 Å / Num. parameters: 46695 / Num. restraintsaints: 57483 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER / 詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.191 5201 5.3 %RANDOM
Rwork0.129 ---
obs0.136 14159 95.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228
原子変位パラメータBiso max: 157.09 Å2 / Biso mean: 25.472 Å2 / Biso min: 9.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.42→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4640 0 2 497 5139
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.032
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.061
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.072
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.038
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.059
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.094

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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