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- PDB-6o3g: Crystal structure of the Fab fragment of the human HIV-1 neutrali... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o3g
タイトルCrystal structure of the Fab fragment of the human HIV-1 neutralizing antibody PGZL1 in complex with its MPER peptide epitope (region 671-683 of HIV-1 gp41).
要素
  • MEPER peptide, region 671-683 of HIV-1 gp41
  • PGZL1 heavy chain
  • PGZL1 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / PGZL1 ANTI HIV-1 / GP41 MPER / MEMBRANE LIPIDS (膜脂質) / BROADLY NEUTRALISING HIV-1 ANTIBODY
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane ...Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane / actin filament organization / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Gp120 (HIV) / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.645 Å
データ登録者Irimia, A. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1 AI100663 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: An MPER antibody neutralizes HIV-1 using germline features shared among donors.
著者: Lei Zhang / Adriana Irimia / Lingling He / Elise Landais / Kimmo Rantalainen / Daniel P Leaman / Thomas Vollbrecht / Armando Stano / Daniel I Sands / Arthur S Kim / / Pascal Poignard / ...著者: Lei Zhang / Adriana Irimia / Lingling He / Elise Landais / Kimmo Rantalainen / Daniel P Leaman / Thomas Vollbrecht / Armando Stano / Daniel I Sands / Arthur S Kim / / Pascal Poignard / Dennis R Burton / Ben Murrell / Andrew B Ward / Jiang Zhu / Ian A Wilson / Michael B Zwick /
要旨: The membrane-proximal external region (MPER) of HIV-1 envelope glycoprotein (Env) can be targeted by neutralizing antibodies of exceptional breadth. MPER antibodies usually have long, hydrophobic ...The membrane-proximal external region (MPER) of HIV-1 envelope glycoprotein (Env) can be targeted by neutralizing antibodies of exceptional breadth. MPER antibodies usually have long, hydrophobic CDRH3s, lack activity as inferred germline precursors, are often from the minor IgG3 subclass, and some are polyreactive, such as 4E10. Here we describe an MPER broadly neutralizing antibody from the major IgG1 subclass, PGZL1, which shares germline V/D-region genes with 4E10, has a shorter CDRH3, and is less polyreactive. A recombinant sublineage variant pan-neutralizes a 130-isolate panel at 1.4 μg/ml (IC). Notably, a germline revertant with mature CDR3s neutralizes 12% of viruses and still binds MPER after DJ reversion. Crystal structures of lipid-bound PGZL1 variants and cryo-EM reconstruction of an Env-PGZL1 complex reveal how these antibodies recognize MPER and viral membrane. Discovery of common genetic and structural elements among MPER antibodies from different patients suggests that such antibodies could be elicited using carefully designed immunogens.
履歴
登録2019年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: PGZL1 light chain
H: PGZL1 heavy chain
B: PGZL1 light chain
A: PGZL1 heavy chain
D: PGZL1 light chain
C: PGZL1 heavy chain
F: PGZL1 light chain
E: PGZL1 heavy chain
Q: MEPER peptide, region 671-683 of HIV-1 gp41
S: MEPER peptide, region 671-683 of HIV-1 gp41
G: MEPER peptide, region 671-683 of HIV-1 gp41
I: MEPER peptide, region 671-683 of HIV-1 gp41
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,08517
ポリマ－197,60912
非ポリマー4765
水0
1
L: PGZL1 light chain
H: PGZL1 heavy chain
S: MEPER peptide, region 671-683 of HIV-1 gp41
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5905
ポリマ－49,4023
非ポリマー1882
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5190 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area21050 Å2
手法PISA
2
B: PGZL1 light chain
A: PGZL1 heavy chain
I: MEPER peptide, region 671-683 of HIV-1 gp41
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4984
ポリマ－49,4023
非ポリマー961
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4940 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area20780 Å2
手法PISA
3
D: PGZL1 light chain
C: PGZL1 heavy chain
Q: MEPER peptide, region 671-683 of HIV-1 gp41
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4984
ポリマ－49,4023
非ポリマー961
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5060 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area20930 Å2
手法PISA
4
F: PGZL1 light chain
E: PGZL1 heavy chain
G: MEPER peptide, region 671-683 of HIV-1 gp41
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4984
ポリマ－49,4023
非ポリマー961
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5230 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area20750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.530, 113.530, 300.536
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

#1: 抗体
PGZL1 light chain


分子量: 23300.748 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
PGZL1 heavy chain


分子量: 23913.920 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド
MEPER peptide, region 671-683 of HIV-1 gp41 / PEPTIDE EPITOPE OF PGZL1


分子量: 2187.582 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: P04578*PLUS
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.4 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: Reservoir: 20 % PEG 4000, 20% glycerol, 0.08 M sodium acetate pH 4.6, 0.16 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.645→44.133 Å / Num. obs: 24133 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 95 Å2 / CC1/2: 0.878 / Rpim(I) all: 0.091 / Rsym value: 0.189 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 3.645→3.71 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1203 / CC1/2: 0.685 / Rpim(I) all: 0.434 / Rsym value: 0.927 / % possible all: 95.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-20002.3.10データ削減
HKL-20002.3.10データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6O3D

6o3d


解像度: 3.645→44.133 Å / SU ML: 0.59 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.69
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2891 1217 5.05 %
Rwork0.2602 --
obs0.2617 24115 93.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.645→44.133 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13825 0 26 0 13851
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00314294
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88119484
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8858555
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0512174
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062485
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.6454-3.79130.38911350.37032540X-RAY DIFFRACTION94
3.7913-3.96370.42471340.372501X-RAY DIFFRACTION94
3.9637-4.17260.32111330.30372497X-RAY DIFFRACTION92
4.1726-4.43380.28581340.26042538X-RAY DIFFRACTION95
4.4338-4.77570.24011370.24192568X-RAY DIFFRACTION95
4.7757-5.25560.27511340.23322527X-RAY DIFFRACTION94
5.2556-6.01450.27281360.25232555X-RAY DIFFRACTION93
6.0145-7.57140.28581340.25352579X-RAY DIFFRACTION93
7.5714-44.13570.25361400.212593X-RAY DIFFRACTION89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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