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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6m71 | |||||||||||||||
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タイトル | SARS-Cov-2 RNA-dependent RNA polymerase in complex with cofactors | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / COVID-19 (新型コロナウイルス感染症 (2019年)) / 2019-nCoV (SARSコロナウイルス2) / SARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2) / Virus (ウイルス) / RdRp (RNA依存性RNAポリメラーゼ) / nsp12 / nsp7 / nsp8 / RTC / cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / RNA polymerase (RNAポリメラーゼ) / drug target (生物学的標的) / antiviral (抗ウイルス薬) / replication transcription complex | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / TRAF3-dependent IRF activation pathway / snRNP Assembly / Replication of the SARS-CoV-2 genome / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3C様プロテアーゼ / host cell endosome / 3'-5'-RNA exonuclease activity / : / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / host cell Golgi apparatus / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ヘリカーゼ / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / copper ion binding / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / lipid binding / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Gao, Y. / Yan, L. / Huang, Y. / Liu, F. / Cao, L. / Wang, T. / Wang, Q. / Lou, Z. / Rao, Z. | |||||||||||||||
資金援助 | 中国, 4件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2020 タイトル: Structure of the RNA-dependent RNA polymerase from COVID-19 virus. 著者: Yan Gao / Liming Yan / Yucen Huang / Fengjiang Liu / Yao Zhao / Lin Cao / Tao Wang / Qianqian Sun / Zhenhua Ming / Lianqi Zhang / Ji Ge / Litao Zheng / Ying Zhang / Haofeng Wang / Yan Zhu / ...著者: Yan Gao / Liming Yan / Yucen Huang / Fengjiang Liu / Yao Zhao / Lin Cao / Tao Wang / Qianqian Sun / Zhenhua Ming / Lianqi Zhang / Ji Ge / Litao Zheng / Ying Zhang / Haofeng Wang / Yan Zhu / Chen Zhu / Tianyu Hu / Tian Hua / Bing Zhang / Xiuna Yang / Jun Li / Haitao Yang / Zhijie Liu / Wenqing Xu / Luke W Guddat / Quan Wang / Zhiyong Lou / Zihe Rao / 要旨: A novel coronavirus [severe acute respiratory syndrome-coronavirus 2 (SARS-CoV-2)] outbreak has caused a global coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic, resulting in tens of thousands of ...A novel coronavirus [severe acute respiratory syndrome-coronavirus 2 (SARS-CoV-2)] outbreak has caused a global coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic, resulting in tens of thousands of infections and thousands of deaths worldwide. The RNA-dependent RNA polymerase [(RdRp), also named nsp12] is the central component of coronaviral replication and transcription machinery, and it appears to be a primary target for the antiviral drug remdesivir. We report the cryo-electron microscopy structure of COVID-19 virus full-length nsp12 in complex with cofactors nsp7 and nsp8 at 2.9-angstrom resolution. In addition to the conserved architecture of the polymerase core of the viral polymerase family, nsp12 possesses a newly identified β-hairpin domain at its N terminus. A comparative analysis model shows how remdesivir binds to this polymerase. The structure provides a basis for the design of new antiviral therapeutics that target viral RdRp. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6m71.cif.gz | 203.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6m71.ent.gz | 162 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6m71.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/6m71 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/6m71 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 108162.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) 遺伝子: rep, 1a-1b / プラスミド: pET-22a / 詳細 (発現宿主): none / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0DTD1, RNA依存性RNAポリメラーゼ |
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#2: タンパク質 | 分子量: 9248.804 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) 遺伝子: rep, 1a-1b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0DTD1 |
#3: タンパク質 | 分子量: 21903.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) 遺伝子: rep, 1a-1b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0DTD1 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase in complex with cofactors タイプ: COMPLEX 詳細: The bacterially expressed full-length SARS-CoV-2 nsp12 (residues S1-Q932) was incubated with nsp7 (residues S1-Q83) and nsp8 (residues A1-Q198), and the complex was then purified Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.155 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: BL21(DE3) / プラスミド: pET-22a | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: Solutions were made fresh from concentrated to avoid microbial contamination. | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was mono disperse. | ||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: None. / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K / 詳細: blot for 3 seconds before plunging. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 詳細: Preliminary grid screening was performed manually. |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 165000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Calibrated defocus min: 1000 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 2000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 78.6 K / 最低温度: 78.5 K / Residual tilt: 10 mradians |
撮影 | 平均露光時間: 5 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 7994 詳細: Images were collected in movie-mode at 8 frames per second. |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / 色収差補正装置: NONE / エネルギーフィルタースリット幅: 30 eV / 位相板: VOLTA PHASE PLATE / 球面収差補正装置: NONE |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 2.5 µm / 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 2-40 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: The selected images were normalized. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | 詳細: The CTF correction was done by patch CTF correction. タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2334248 詳細: The particles were automatically selected using blob pickier (diameter range from 100 angstroms to 150 angstroms) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 110176 / アルゴリズム: FOURIER SPACE 詳細: The particle set was used to perform homogeneous refinement, yielding a resolution of 3.1-angstrom. After local refinement, the final resolution reached 2.9-angstrom. クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 65 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: correlation coefficient 詳細: After the corresponding amino acids were replaced with those from 2019-nCoV, the model was manually built in Coot with the guidance of the cryo-EM map, and in combination with real space refinement with Phenix. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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精密化 | 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 64.82 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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