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万見
- PDB-6m4w: Crystal structure of MBP fused split FKBP-FRB T2098L mutant in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m4w
タイトルCrystal structure of MBP fused split FKBP-FRB T2098L mutant in complex with rapamycin
要素
  • Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A
  • Serine/threonine-protein kinase mTOR
  • chimera of Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein and Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / Rapamycin (ラパマイシン) / complex / kinase (キナーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase III type 2 promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of cytoplasmic translational initiation / RNA polymerase III type 1 promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of pentose-phosphate shunt / T-helper 1 cell lineage commitment / regulation of locomotor rhythm / positive regulation of wound healing, spreading of epidermal cells / cellular response to leucine starvation / TFIIIC-class transcription factor complex binding / TORC2 complex ...RNA polymerase III type 2 promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of cytoplasmic translational initiation / RNA polymerase III type 1 promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of pentose-phosphate shunt / T-helper 1 cell lineage commitment / regulation of locomotor rhythm / positive regulation of wound healing, spreading of epidermal cells / cellular response to leucine starvation / TFIIIC-class transcription factor complex binding / TORC2 complex / regulation of membrane permeability / heart valve morphogenesis / negative regulation of lysosome organization / macrolide binding / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding / TORC1 complex / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / calcineurin-NFAT signaling cascade / activin receptor binding / cytoplasmic side of membrane / regulation of autophagosome assembly / TORC1 signaling / voluntary musculoskeletal movement / regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of keratinocyte migration / transforming growth factor beta receptor binding / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / cellular response to L-leucine / signaling receptor inhibitor activity / MTOR signalling / Amino acids regulate mTORC1 / cellular response to nutrient / type I transforming growth factor beta receptor binding / energy reserve metabolic process / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / nucleus localization / negative regulation of activin receptor signaling pathway / ruffle organization / heart trabecula formation / negative regulation of cell size / cellular response to osmotic stress / terminal cisterna / ryanodine receptor complex / I-SMAD binding / regulation of amyloid precursor protein catabolic process / anoikis / cardiac muscle cell development / negative regulation of protein localization to nucleus / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / protein maturation by protein folding / regulation of myelination / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / 'de novo' protein folding / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / オートファジー / regulation of cell size / negative regulation of macroautophagy / lysosome organization / negative regulation of phosphoprotein phosphatase activity / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / FK506 binding / detection of maltose stimulus / positive regulation of actin filament polymerization / maltose binding / maltose transport complex / maltose transport / positive regulation of myotube differentiation / maltodextrin transmembrane transport / behavioral response to pain / MTOR / oligodendrocyte differentiation / mTORC1-mediated signalling / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / germ cell development / cellular response to nutrient levels / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / positive regulation of translational initiation / positive regulation of phosphoprotein phosphatase activity / neuronal action potential / Calcineurin activates NFAT / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / HSF1-dependent transactivation / carbohydrate transport / regulation of macroautophagy / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / 細胞内膜系 / regulation of immune response / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / response to amino acid / protein peptidyl-prolyl isomerization / supramolecular fiber organization / positive regulation of lamellipodium assembly / phagocytic vesicle / positive regulation of lipid biosynthetic process / regulation of cellular response to heat / heart morphogenesis / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / cardiac muscle contraction
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF3385, target of rapamycin protein / Domain of unknown function (DUF3385) / Domain of unknown function / FKBP12-rapamycin binding domain / Serine/threonine-protein kinase TOR / FKBP12-rapamycin binding domain superfamily / FKBP12-rapamycin binding domain / Rapamycin binding domain / PIK-related kinase, FAT / FAT domain ...Domain of unknown function DUF3385, target of rapamycin protein / Domain of unknown function (DUF3385) / Domain of unknown function / FKBP12-rapamycin binding domain / Serine/threonine-protein kinase TOR / FKBP12-rapamycin binding domain superfamily / FKBP12-rapamycin binding domain / Rapamycin binding domain / PIK-related kinase, FAT / FAT domain / FATC domain / FATC / FATC domain / PIK-related kinase / FAT domain profile. / FATC domain profile. / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Armadillo-like helical / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Armadillo-type fold / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / RAPAMYCIN IMMUNOSUPPRESSANT DRUG / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Serine/threonine-protein kinase mTOR / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Kikuchi, M. / Wu, D. / Inoue, T. / Umehara, T.
引用ジャーナル: Nat.Methods / 年: 2020
タイトル: Rational design and implementation of a chemically inducible heterotrimerization system.
著者: Wu, H.D. / Kikuchi, M. / Dagliyan, O. / Aragaki, A.K. / Nakamura, H. / Dokholyan, N.V. / Umehara, T. / Inoue, T.
履歴
登録2020年3月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: chimera of Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein and Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A
B: chimera of Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein and Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A
C: chimera of Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein and Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A
D: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A
E: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A
F: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A
G: Serine/threonine-protein kinase mTOR
H: Serine/threonine-protein kinase mTOR
I: Serine/threonine-protein kinase mTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,88816
ポリマ－192,0269
非ポリマー3,8627
水3,441191
1
A: chimera of Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein and Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A
D: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A
G: Serine/threonine-protein kinase mTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,3576
ポリマ－64,0093
非ポリマー1,3493
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: chimera of Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein and Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A
E: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A
H: Serine/threonine-protein kinase mTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,2655
ポリマ－64,0093
非ポリマー1,2562
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: chimera of Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein and Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A
F: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A
I: Serine/threonine-protein kinase mTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,2655
ポリマ－64,0093
非ポリマー1,2562
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)127.546, 127.546, 278.557
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

-
タンパク質 , 3種, 9分子 ABCDEFGHI

#1: タンパク質 chimera of Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein and Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP / PPIase FKBP1A / 12 kDa FK506- ...MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP / PPIase FKBP1A / 12 kDa FK506-binding protein / FKBP-12 / Calstabin-1 / FK506-binding protein 1A / FKBP-1A / Immunophilin FKBP12 / Rotamase


分子量: 44074.879 Da / 分子数: 3 / 変異: D-288A, K-287A, E-198A, N-197A, K-131A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: This entity is chimeric. Organism is Homo sapiens and Eschrichia coli.
由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
株: K-12 / 遺伝子: malE, b4034, JW3994, FKBP1A, FKBP1, FKBP12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: P62942, プロリルイソメラーゼ
#2: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A / PPIase FKBP1A / 12 kDa FK506-binding protein / FKBP-12 / Calstabin-1 / FK506-binding protein 1A / ...PPIase FKBP1A / 12 kDa FK506-binding protein / FKBP-12 / Calstabin-1 / FK506-binding protein 1A / FKBP-1A / Immunophilin FKBP12 / Rotamase


分子量: 8486.715 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP1A, FKBP1, FKBP12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62942, プロリルイソメラーゼ
#3: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase mTOR / Mammalian target of rapamycin / mTOR / Mechanistic target of rapamycin


分子量: 11447.091 Da / 分子数: 3 / 変異: T2098L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MTOR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P42345, non-specific serine/threonine protein kinase

-
糖 , 1種, 3分子

#4: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖, Oligosaccharideオリゴ糖
クラス: 栄養素栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 195分子

#5: 化合物 ChemComp-RAP / RAPAMYCIN IMMUNOSUPPRESSANT DRUG / ラパマイシン


分子量: 914.172 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H79NO13 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 免疫抑制剤, 抗生剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM Tris-HCl buffer (pH 7.0), 200 mM calcium acetate and 20% (w/v) PEG 3000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.11→48.6 Å / Num. obs: 42250 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.8 % / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 3.11→3.23 Å / Num. unique obs: 4337 / CC1/2: 0.522

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0258精密化
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FAP

1fap


解像度: 3.11→48.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / SU B: 27.493 / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.517
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27844 2142 5.1 %RANDOM
Rwork0.23629 ---
obs0.23842 40024 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 70.304 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.38 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.38 Å2-0 Å2
3----2.75 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.11→48.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13335 0 270 191 13796
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.01213943
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.6641.6518911
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.51551695
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.85323.295689
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.278152284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6541551
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.21808
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0210620
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9487.1376816
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.73110.7018499
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.7127.0467127
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.56396.03720747
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.11→3.19 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 157 -
Rwork0.354 2892 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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