PDB-6k78: Glycerol kinase form Thermococcus kodakarensis, complex structure...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6k78

タイトル

Glycerol kinase form Thermococcus kodakarensis, complex structure with substrate.

要素

(Glycerol kinase

) x 2

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

Glycerol (グリセリン) /

Kinase (キナーゼ) /

ATP (アデノシン三リン酸) /

Archaea (古細菌)

機能・相同性

機能・相同性情報

glycerol kinase /

glycerol kinase activity / glycerol-3-phosphate metabolic process / glycerol metabolic process / glycerol catabolic process /

リン酸化 /

ATP binding /

細胞質基質
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermococcus kodakarensis (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.301 Å

データ登録者

Koga, Y. / Angkawidjaja, C. / Matsumura, H. / Hokao, R.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural analysis of hexameric structure of glycerol kinase from Thermococcus kodakaraeinsis KOD1
著者: Hokao, R. / Matsumura, H. / Katsumi, R. / Angkawidjaja, C. / Takano, K. / Kanaya, S. / Koga, Y.

履歴

登録	2019年6月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年6月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6k78.cif.gz	377.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6k78.ent.gz	307.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6k78.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/6k78 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/6k78	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6k76C 6k79C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3wxj-1 6k79-1 6zq4-3 2d4w-d 6zq8-1 6zq6-2 5azj-1 6zq7-1 3ifr-3 6zq4-2 6zq4-4 3wxk-2 6jae-2 6j9q-2 6j9x-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glycerol kinase

B: Glycerol kinase

C: Glycerol kinase

D: Glycerol kinase

ヘテロ分子

225 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glycerol kinase

ヘテロ分子

D: Glycerol kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
112 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glycerol kinase

ヘテロ分子

C: Glycerol kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
112 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	66.545, 71.930, 116.049
Angle α, β, γ (deg.)	102.90, 94.12, 99.71
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Glycerol kinase / / ATP:glycerol 3-phosphotransferase / Glycerokinase / GK 分子量: 55984.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1) (古細菌) 株: ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1 / 遺伝子: glpK, TK1396 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O93623, glycerol kinase
#2: タンパク質	Glycerol kinase / / ATP:glycerol 3-phosphotransferase / Glycerokinase / GK 分子量: 55969.410 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1) (古細菌) 株: ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1 / 遺伝子: glpK, TK1396 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O93623, glycerol kinase
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール分子量: 150.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 352 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: imidazole, PEG1000, Calcium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 89647 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4 % / Net I/σ(I): 23.6
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / Num. unique obs: 4385

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_3071: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.301→32.194 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 30.3

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2727	4506	5.03 %
R_work	0.2094	-	-
obs	0.2126	89617	98.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.301→32.194 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14795	0	64	352	15211

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	15147
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.923	20483
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.514	8980
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	2270
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2608

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3012-2.3274	0.3723	142	0.3032	2600	X-RAY DIFFRACTION	93
2.3274-2.3548	0.3656	155	0.2961	2863	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3548-2.3835	0.3784	145	0.2793	2825	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3835-2.4136	0.3512	171	0.2705	2820	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4136-2.4454	0.3197	134	0.2599	2806	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4454-2.4789	0.3199	149	0.2631	2883	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4789-2.5143	0.3532	145	0.2513	2765	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5143-2.5518	0.3153	163	0.2483	2889	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5518-2.5916	0.3313	161	0.2504	2806	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5916-2.6341	0.3038	153	0.2472	2845	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6341-2.6795	0.3309	146	0.24	2811	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6795-2.7282	0.2942	129	0.2379	2842	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7282-2.7806	0.3111	150	0.2397	2885	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7806-2.8374	0.3422	159	0.2464	2795	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8374-2.899	0.3076	145	0.251	2907	X-RAY DIFFRACTION	99
2.899-2.9664	0.2961	160	0.2428	2818	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9664-3.0405	0.3198	154	0.2324	2870	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0405-3.1227	0.2505	160	0.2365	2814	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1227-3.2145	0.2947	149	0.2271	2854	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2145-3.3182	0.2867	161	0.2184	2874	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3182-3.4366	0.2844	149	0.2223	2869	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4366-3.574	0.2965	167	0.2123	2814	X-RAY DIFFRACTION	99
3.574-3.7365	0.276	142	0.1999	2865	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7365-3.9331	0.2714	153	0.1992	2879	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9331-4.1791	0.2732	143	0.1895	2865	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1791-4.501	0.2095	151	0.1724	2877	X-RAY DIFFRACTION	99
4.501-4.9525	0.2225	152	0.1678	2851	X-RAY DIFFRACTION	99
4.9525-5.6657	0.2021	137	0.1754	2880	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6657-7.1254	0.2775	123	0.2033	2902	X-RAY DIFFRACTION	100
7.1254-32.1969	0.2451	158	0.187	2737	X-RAY DIFFRACTION	95

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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