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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jb1
タイトルStructure of pancreatic ATP-sensitive potassium channel bound with repaglinide and ATPgammaS at 3.3A resolution
要素
  • ATP-binding cassette sub-family C member 8 isoform X2
  • ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / KATP / channel / repaglinide (レパグリニド) / Kir / ABC transporter (ABC輸送体) / SUR / diabetes (糖尿病) / insulin secretagogue
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP sensitive Potassium channels / ABC-family proteins mediated transport / Regulation of insulin secretion / Ion homeostasis / ATP-activated inward rectifier potassium channel activity / inward rectifying potassium channel / sulfonylurea receptor activity / cell body fiber / inward rectifier potassium channel activity / positive regulation of cation channel activity ...ATP sensitive Potassium channels / ABC-family proteins mediated transport / Regulation of insulin secretion / Ion homeostasis / ATP-activated inward rectifier potassium channel activity / inward rectifying potassium channel / sulfonylurea receptor activity / cell body fiber / inward rectifier potassium channel activity / positive regulation of cation channel activity / potassium ion import across plasma membrane / response to ATP / cellular response to nicotine / ankyrin binding / axolemma / nervous system process / potassium ion transmembrane transport / 介在板 / potassium ion binding / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / response to testosterone / voltage-gated potassium channel activity / 横行小管 / negative regulation of insulin secretion / regulation of membrane potential / regulation of insulin secretion / acrosomal vesicle / response to ischemia / heat shock protein binding / potassium ion transport / cellular response to glucose stimulus / 筋鞘 / positive regulation of protein localization to plasma membrane / 核膜 / glucose metabolic process / cellular response to tumor necrosis factor / 髄鞘 / ion channel binding / response to estradiol / protein C-terminus binding / エンドソーム / ATPase activity / response to drug / intracellular membrane-bounded organelle / neuronal cell body / 小胞体 / ミトコンドリア / integral component of membrane / ATP binding / 細胞膜 / 細胞質基質
Inward rectifier potassium channel, C-terminal / ABC transporter, conserved site / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ABC transporter-like / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / Potassium channel, inwardly rectifying, transmembrane domain / Sulphonylurea receptor / Immunoglobulin E-set / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic ...Inward rectifier potassium channel, C-terminal / ABC transporter, conserved site / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ABC transporter-like / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / Potassium channel, inwardly rectifying, transmembrane domain / Sulphonylurea receptor / Immunoglobulin E-set / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / ATP-binding cassette subfamily C member 8 / ABC輸送体 / ABC transporter type 1, transmembrane domain / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir6.2 / ABC transporter transmembrane region / Inward rectifier potassium channel transmembrane domain / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain / ABC transporters family signature. / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / AAA+ ATPase domain
ATP-binding cassette sub-family C member 8 isoform X2 / ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Mesocricetus auratus (ゴールデンハムスター)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Chen, L. / Ding, D. / Wang, M. / Wu, J.-X. / Kang, Y.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号
Ministry of Science and Technology (China)2016YFA0502004 中国
National Natural Science Foundation of China31622021 中国
National Natural Science Foundation of China31821091 中国
National Natural Science Foundation of China31870833 中国
引用ジャーナル: Cell Rep / : 2019
タイトル: The Structural Basis for the Binding of Repaglinide to the Pancreatic K Channel.
著者: Dian Ding / Mengmeng Wang / Jing-Xiang Wu / Yunlu Kang / Lei Chen /
要旨: Repaglinide (RPG) is a short-acting insulin secretagogue widely prescribed for the treatment of type 2 diabetes. It boosts insulin secretion by inhibiting the pancreatic ATP-sensitive potassium ...Repaglinide (RPG) is a short-acting insulin secretagogue widely prescribed for the treatment of type 2 diabetes. It boosts insulin secretion by inhibiting the pancreatic ATP-sensitive potassium channel (K). However, the mechanisms by which RPG binds to the K channel are poorly understood. Here, we describe two cryo-EM structures: the pancreatic K channel in complex with inhibitory RPG and adenosine-5'-(γ-thio)-triphosphate (ATPγS) at 3.3 Å and a medium-resolution structure of a RPG-bound mini SUR1 protein in which the N terminus of the inward-rectifying potassium channel 6.1 (Kir6.1) is fused to the ABC transporter module of the sulfonylurea receptor 1 (SUR1). These structures reveal the binding site of RPG in the SUR1 subunit. Furthermore, the high-resolution structure reveals the complex architecture of the ATP binding site, which is formed by both Kir6.2 and SUR1 subunits, and the domain-domain interaction interfaces.
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
履歴
登録2019年1月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9787
  • UCSF Chimeraによる作画
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11
B: ATP-binding cassette sub-family C member 8 isoform X2
C: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11
D: ATP-binding cassette sub-family C member 8 isoform X2
E: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11
F: ATP-binding cassette sub-family C member 8 isoform X2
G: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11
H: ATP-binding cassette sub-family C member 8 isoform X2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)933,66676
ポリマ-883,6458
非ポリマー50,02168
0
1


タイプ名称対称操作
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質・ペプチド , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質・ペプチド
ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11 / Inward rectifier K(+) channel Kir6.2 / Potassium channel / inwardly rectifying subfamily J member 11


分子量: 43615.734 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kcnj11 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q61743
#2: タンパク質・ペプチド
ATP-binding cassette sub-family C member 8 isoform X2 / SUR1


分子量: 177295.516 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mesocricetus auratus (ゴールデンハムスター)
遺伝子: Abcc8 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A1U7R319

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非ポリマー , 5種, 68分子

#3: 化合物...
ChemComp-POV / (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / POPC


分子量: 760.076 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / : C42H82NO8P / POホスファチジルコリン
#4: 化合物
ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE


分子量: 523.247 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S (エネルギー貯蔵分子類似体) *YM
#5: 化合物
ChemComp-AJP / Digitonin


分子量: 1229.312 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C56H92O29 / ジギトニン / コメント: 可溶化剤 *YM
#6: 化合物
ChemComp-BJX / Repaglinide / 2-ethoxy-4-[2-({(1S)-3-methyl-1-[2-(piperidin-1-yl)phenyl]butyl}amino)-2-oxoethyl]benzoic acid


分子量: 452.586 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C27H36N2O4 / レパグリニド
#7: 化合物
ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / : C40H80NO8P / ホスファチジルエタノールアミン

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: KATPATP-sensitive potassium channel / タイプ: COMPLEX / Entity ID: 1,2 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: RELION / バージョン: 2 / カテゴリ: 3次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C4 (4回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 分解能の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 277548 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

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関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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