PDB-6id8: Crystal structure of H7 hemagglutinin mutant H7-SVTL ( A138S, P22...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6id8

タイトル

Crystal structure of H7 hemagglutinin mutant H7-SVTL ( A138S, P221T) from the influenza virus A/Anhui/1/2013 (H7N9)

要素

Hemagglutinin HA1 chain
Hemagglutinin HA2 chain

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) /

influenza virus (オルトミクソウイルス科) /

H7N9 (H7N9亜型) /

hemagglutinin (ヘマグルチニン)

機能・相同性

機能・相同性情報

viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane /

エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.902 Å

データ登録者

Gao, G.F. / Xu, Y. / Qi, J.X.

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019
タイトル: Avian-to-Human Receptor-Binding Adaptation of Avian H7N9 Influenza Virus Hemagglutinin.
著者: Xu, Y. / Peng, R. / Zhang, W. / Qi, J. / Song, H. / Liu, S. / Wang, H. / Wang, M. / Xiao, H. / Fu, L. / Fan, Z. / Bi, Y. / Yan, J. / Shi, Y. / Gao, G.F.

履歴

登録	2018年9月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6id8.cif.gz	207.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6id8.ent.gz	166.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6id8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/6id8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/6id8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6icwC 6icxC 6icyC 6id2C 6id3C 6id5C 6id9C 6idaC 6idbC 6iddC 6idzC 4kolS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6id2-2 4dj6-d 4n5j-2 4bsg-1 3eyj-1 5vjk-1 5vu4-d 4lkg-2 6idd-1 4lkk-1 5xl1-1 6idd-2 6icy-1 4bsd-1 5t6s-2 6icw-1 4lcx-d 6d7u-d 4kom-1 6n4f-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (6) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (5) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (5) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (5) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#76 - 2006年4月
赤血球凝集素 (Hemagglutinin)
類似性 (6)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (5)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (5)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (5)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (5)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Hemagglutinin HA1 chain

B: Hemagglutinin HA2 chain

ヘテロ分子

56.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hemagglutinin HA1 chain

B: Hemagglutinin HA2 chain

ヘテロ分子

A: Hemagglutinin HA1 chain

B: Hemagglutinin HA2 chain

ヘテロ分子

A: Hemagglutinin HA1 chain

B: Hemagglutinin HA2 chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology, gel filtration
168 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.243, 117.243, 294.129
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

#1: タンパク質

Hemagglutinin HA1 chain

分子量: 35013.547 Da / 分子数: 1 / 変異: A138S,P221T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: R4NN21

#2: タンパク質

Hemagglutinin HA2 chain

分子量: 20442.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: R4NN21

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン /

N-アセチルグルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

配列の詳細

Sequence reference R4NN21_9INFA was used according to author's suggestion. Author stated ...

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.93 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 2.0M Ammonium sulfate, 0.1M Sodium HEPES pH 7.5, 5% v/v PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97892 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97892 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 16810 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 4.1 % / Net I/σ(I): 21.42
反射シェル	解像度: 2.9→3 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4KOL

4kol

解像度: 2.902→38.434 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.58

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2712	781	4.65 %
R_work	0.2422	-	-
obs	0.2436	16807	95.43 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.902→38.434 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3716	0	42	0	3758

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	3835
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.57	5189
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.536	1428
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	567
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	685

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9019-3.0836	0.3455	150	0.3166	2597	X-RAY DIFFRACTION	95
3.0836-3.3216	0.3107	120	0.293	2638	X-RAY DIFFRACTION	95
3.3216-3.6556	0.3586	136	0.2639	2636	X-RAY DIFFRACTION	95
3.6556-4.1841	0.312	127	0.2382	2662	X-RAY DIFFRACTION	95
4.1841-5.2693	0.2264	132	0.2171	2707	X-RAY DIFFRACTION	97
5.2693-38.4373	0.2344	116	0.2332	2786	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5695	-0.0308	-0.0244	2.0938	0.7425	1.7705	0.0857	-0.0126	-0.1227	-0.4832	-0.1633	-0.191	0.2663	0.0293	0.0022	0.5449	0.0625	0.0437	0.4533	-0.0076	0.5806	-52.6474	12.581	-5.3495
2	2.2795	1.2636	-0.1094	1.4253	-0.479	2.6666	0.1765	0.3415	0.1909	-1.7205	-0.2742	0.597	-0.4224	-0.1944	0.0208	1.4978	0.3077	-0.161	0.6275	-0.0054	0.9066	-62.0471	18.53	-31.2717
3	0.706	0.3348	0.271	0.9233	0.1352	0.1458	0.2923	-0.176	-0.2093	-0.2462	-0.5707	0.0172	0.207	-0.293	0.001	0.4202	0.0018	-0.0064	0.4535	-0.0729	0.5997	-55.2419	8.8274	-1.7435
4	0.568	0.0634	0.3591	0.3688	-0.2793	0.5003	-0.315	-0.1551	0.0125	0.0343	0.2401	0.1548	-0.0156	0.3601	0	0.5391	-0.0141	0.0481	0.5512	0.0628	0.6135	-47.9167	21.2375	18.276
5	6.6858	0.9815	-0.2774	0.1443	-0.0402	0.0111	0.9152	0.2453	1.3758	0.8542	-0.9947	-0.4686	-0.2896	1.106	0.3594	1.5754	-0.1437	-0.1825	0.8562	0.233	0.8601	-42.4607	24.5273	49.6532
6	0.0075	0.0736	-0.0213	0.5942	-0.1783	0.0523	0.0148	-1.0467	-0.4213	-0.2958	-0.6622	-1.0226	0.1352	-0.8933	-0.023	1.633	0.0889	-0.3528	1.6546	0.3631	0.7874	-47.196	14.0741	54.5995
7	0.1465	-0.0531	-0.0352	0.0181	0.0125	0.0089	0.3663	-0.216	0.4377	-0.3809	-0.1684	0.4732	0.4817	-0.3556	0	1.2286	0.0624	-0.0324	0.95	0.1653	0.7492	-57.4809	17.6763	35.8309
8	0.0324	0.0499	-0.0032	0.0732	-0.0046	0.0001	-0.0947	0.5175	-0.6673	-0.3707	0.3261	-0.2162	-0.3232	-0.9137	0	0.5901	0.0181	0.0485	0.9048	0.1344	0.9037	-59.7872	18.0698	9.4872
9	0.2721	0.1643	-0.038	0.173	0.03	0.0406	0.1686	1.1559	0.8919	-1.3956	-0.4126	-0.0898	-0.3785	-0.2892	-0.0013	0.8877	0.0662	0.1206	0.6063	-0.0394	0.8425	-49.1548	23.9648	-8.342
10	1.3021	0.0157	1.3636	0.6641	-0.1871	1.5368	0.1942	-0.2915	0.1363	0.2172	-0.0272	-0.1443	-0.3335	0.3614	0.108	0.5612	0.0369	-0.1001	0.4429	-0.0207	0.5558	-53.7452	29.4723	26.3542
11	0.626	0.8351	-0.4063	3.5258	-2.0862	1.2473	0.4271	-0.7442	-0.0563	1.806	0.2278	0.4145	-0.2291	-0.6087	0.4482	1.6899	0.2557	-0.1151	1.6933	0.2635	0.538	-54.655	19.8986	65.629
12	3.2671	2.746	1.3814	3.6778	1.5284	0.6827	-1.4112	0.5248	-0.1552	-1.4471	1.0751	-0.0397	0.7603	-0.4045	-0.455	2.2032	0.4508	0.205	1.7954	0.1785	0.6579	-57.2173	24.9371	76.4611

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 143 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 144 through 246 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 247 through 275 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 276 through 316 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 328 through 337 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 338 through 359 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 360 through 376 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 377 through 386 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 387 through 395 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 396 through 446 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 447 through 483 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 484 through 490 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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