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万見
- PDB-6gwv: Molybdenum storage protein without polymolybdate clusters and ATP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gwv
タイトルMolybdenum storage protein without polymolybdate clusters and ATP
要素
  • Molybdenum storage protein subunit alpha
  • Molybdenum storage protein subunit beta
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Molybdenum storage protein / polyoxometalate clusters / cage / ATP
機能・相同性
機能・相同性情報


nutrient reservoir activity / molybdenum ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Molybdenum storage protein subunit alpha/beta / Carbamate kinase / Acetylglutamate kinase-like / Aspartate/glutamate/uridylate kinase / Amino acid kinase family / Acetylglutamate kinase-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Molybdenum storage protein subunit beta / Molybdenum storage protein subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Azotobacter vinelandii (窒素固定)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Ermler, U. / Poppe, J. / Bruenle, S.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2018
タイトル: The Molybdenum Storage Protein: A soluble ATP hydrolysis-dependent molybdate pump.
著者: Poppe, J. / Brunle, S. / Hail, R. / Wiesemann, K. / Schneider, K. / Ermler, U.
履歴
登録2018年6月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月26日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: Molybdenum storage protein subunit beta
A: Molybdenum storage protein subunit alpha
C: Molybdenum storage protein subunit beta
D: Molybdenum storage protein subunit alpha
E: Molybdenum storage protein subunit beta
F: Molybdenum storage protein subunit alpha
H: Molybdenum storage protein subunit beta
G: Molybdenum storage protein subunit alpha
I: Molybdenum storage protein subunit beta
J: Molybdenum storage protein subunit alpha
K: Molybdenum storage protein subunit beta
L: Molybdenum storage protein subunit alpha
N: Molybdenum storage protein subunit beta
M: Molybdenum storage protein subunit alpha
O: Molybdenum storage protein subunit beta
P: Molybdenum storage protein subunit alpha
Q: Molybdenum storage protein subunit beta
R: Molybdenum storage protein subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)519,44931
ポリマ－517,43818
非ポリマー2,01013
水00
1
B: Molybdenum storage protein subunit beta
A: Molybdenum storage protein subunit alpha
C: Molybdenum storage protein subunit beta
D: Molybdenum storage protein subunit alpha
E: Molybdenum storage protein subunit beta
F: Molybdenum storage protein subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,37111
ポリマ－172,4796
非ポリマー8915
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28000 Å2
ΔGint-246 kcal/mol
Surface area49980 Å2
手法PISA
2
H: Molybdenum storage protein subunit beta
G: Molybdenum storage protein subunit alpha
I: Molybdenum storage protein subunit beta
J: Molybdenum storage protein subunit alpha
K: Molybdenum storage protein subunit beta
L: Molybdenum storage protein subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,5767
ポリマ－172,4796
非ポリマー961
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25930 Å2
ΔGint-196 kcal/mol
Surface area52830 Å2
手法PISA
3
N: Molybdenum storage protein subunit beta
M: Molybdenum storage protein subunit alpha
O: Molybdenum storage protein subunit beta
P: Molybdenum storage protein subunit alpha
Q: Molybdenum storage protein subunit beta
R: Molybdenum storage protein subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,50213
ポリマ－172,4796
非ポリマー1,0237
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28680 Å2
ΔGint-266 kcal/mol
Surface area49200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.710, 147.300, 192.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.62, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Molybdenum storage protein subunit beta / MoSto subunit beta


分子量: 28247.582 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 株: DJ / 参照: UniProt: P84253
#2: タンパク質
Molybdenum storage protein subunit alpha / Mo storage protein subunit alpha / MoSto subunit alpha


分子量: 29245.582 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 株: DJ / 参照: UniProt: P84308
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.06 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.4 M ammonium sulfate, 20% PEG400, 10% isopropanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月10日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 148308 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 2.9 % / Rsym value: 0.139 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→47.794 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.11 / 位相誤差: 25.32
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2593 7689 5.18 %
Rwork0.2333 --
obs0.2413 148307 97.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→47.794 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数34200 0 113 0 34313
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00734978
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08447667
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.32121072
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0615608
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0076258
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8001-2.84840.33833890.32427100X-RAY DIFFRACTION93
2.8484-2.90010.32273940.30916989X-RAY DIFFRACTION93
2.9001-2.95590.35863660.30187064X-RAY DIFFRACTION93
2.9559-3.01620.32673770.28387026X-RAY DIFFRACTION93
3.0162-3.08180.31993360.28597152X-RAY DIFFRACTION94
3.0818-3.15340.32653850.27827063X-RAY DIFFRACTION93
3.1534-3.23220.28463660.26447073X-RAY DIFFRACTION93
3.2322-3.31960.27863680.26137047X-RAY DIFFRACTION93
3.3196-3.41720.28343840.25567023X-RAY DIFFRACTION92
3.4172-3.52740.26873690.24196994X-RAY DIFFRACTION92
3.5274-3.65340.25624150.23696980X-RAY DIFFRACTION92
3.6534-3.79960.24083590.23417021X-RAY DIFFRACTION92
3.7996-3.97230.24643740.22477028X-RAY DIFFRACTION92
3.9723-4.18150.26023760.21447049X-RAY DIFFRACTION92
4.1815-4.44320.23983830.20666824X-RAY DIFFRACTION90
4.4432-4.78560.21833730.19986960X-RAY DIFFRACTION91
4.7856-5.26610.24433630.20657048X-RAY DIFFRACTION92
5.2661-6.02570.24023750.22957074X-RAY DIFFRACTION93
6.0257-7.58220.26053420.22957097X-RAY DIFFRACTION93
7.5822-38.51040.27833710.25197182X-RAY DIFFRACTION92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2768-0.041-0.15481.34-0.4380.8527-0.0150.28010.1116-0.23330.0343-0.1164-0.2871-0.1695-0.03420.53360.04050.11030.4909-0.03670.4345-84.895811.7059-25.7445
20.73050.10840.11671.17930.30691.03470.0482-0.12510.1742-0.1340.0372-0.28350.03790.1188-0.06320.3901-0.02830.07510.6673-0.06440.6393-49.5821-26.8171-16.7731
31.7328-0.4849-0.65030.22790.50421.91020.0214-0.0017-0.22920.0251-0.05480.10340.2218-0.04120.08820.432-0.06770.11550.4282-0.03430.5061-79.7024-27.8184-13.5399
41.50510.1382-0.24420.94120.31671.08220.0122-0.36310.08970.29280.01340.0245-0.1597-0.0063-0.01310.3430.01230.01870.30350.0380.13-73.893-71.6088-46.2345
51.0833-0.1479-0.24291.02110.17461.21380.0664-0.17010.19610.14890.107-0.1372-0.21460.226-0.16820.2193-0.06630.03360.2087-0.05330.1942-57.2901-57.4735-67.1731
60.3669-0.40240.05790.512-0.12830.746-0.0056-0.0756-0.31890.0630.0240.36880.278-0.3437-0.02430.2707-0.13870.03450.3681-0.00920.4792-99.955-88.2715-72.4467
71.3779-0.3025-0.15410.3158-0.03410.763-0.12430.0147-0.2460.00630.04310.13030.3843-0.0890.05410.2725-0.04010.05240.12410.00110.2796-70.595-95.7992-75.3395
81.6478-0.2118-0.22620.7232-0.01571.194-0.04210.01140.07240.04830.09860.1369-0.2175-0.355-0.04120.28240.1180.07050.25320.05480.2672-93.7242-48.1655-72.565
91.34040.1204-0.33540.6790.34830.86740.05620.34890.2257-0.1613-0.02230.184-0.1526-0.2436-0.02050.20050.0526-0.02150.25660.02550.2107-85.166-63.7973-97.3571
101.1746-0.1319-0.22140.8564-0.39360.6285-0.06990.02790.08890.10130.10310.22390.1257-0.2072-0.03980.2334-0.08640.07530.2572-0.04440.3574-37.6548-25.498-74.527
110.93420.4652-0.36650.4597-0.33821.0672-0.0679-0.1125-0.13170.0011-0.06720.08320.29490.06990.11210.22790.01780.07630.15690.03590.1975-7.4489-25.5924-77.687
120.8309-0.20490.16950.965-0.17291.03210.1347-0.04960.3498-0.0518-0.06110.357-0.2255-0.4232-0.06820.31030.11340.14160.3631-0.01970.6222-41.00714.8384-71.527
131.1290.2551-0.91971.02140.15171.02870.0110.29480.355-0.10110.0860.373-0.1186-0.3844-0.06890.18930.03280.00780.30350.09290.3422-29.0833.8063-97.1766
141.4648-0.105-0.49381.61720.08980.46240.048-0.44310.09640.4379-0.08810.0864-0.113-0.0080.04030.3897-0.0520.06210.4251-0.02890.1992-16.0242-5.3953-46.5888
151.0798-0.4496-0.70631.01760.03851.10810.1462-0.23760.25120.3359-0.0912-0.0135-0.33160.1701-0.06370.3287-0.09090.09890.2466-0.06450.276-3.255113.9977-66.2203
162.0546-0.64081.18661.0558-0.06290.76580.141-0.140.2938-0.2263-0.0615-0.38080.07750.4173-0.02370.51180.06680.21330.83020.08610.7255-47.081813.9321-20.5783
170.6317-0.19870.59340.693-0.19030.5211-0.0827-0.21980.11560.08940.1833-0.0982-0.08220.0434-0.08920.3660.0580.05130.77810.01360.3957-58.79632.73355.2437
180.6744-0.72450.06290.7862-0.13960.14620.10240.1368-0.0508-0.1229-0.1705-0.0672-0.0695-0.10870.06720.55720.03330.03240.8014-0.04990.5739-71.8193-7.6033-45.1389
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'J' and resid 33 through 276)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'K' and resid 3 through 270)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'L' and resid 33 through 276)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'N' and resid 3 through 270)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'M' and resid 33 through 276)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'O' and resid 3 through 270)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'P' and resid 33 through 276)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'Q' and resid 3 through 270)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain 'R' and resid 33 through 276)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain 'B' and resid 3 through 270)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain 'A' and resid 33 through 276)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain 'C' and resid 3 through 270)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain 'D' and resid 33 through 276)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain 'E' and resid 3 through 270)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain 'F' and resid 33 through 276)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain 'H' and resid 3 through 270)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain 'G' and resid 33 through 276)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain 'I' and resid 3 through 270)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る