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- PDB-6h8h: Molybdenum storage protein - in a recombinant and in vivo-like form -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6h8h | ||||||
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Title | Molybdenum storage protein - in a recombinant and in vivo-like form | ||||||
![]() | (Molybdenum storage protein subunit ...) x 2 | ||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / polyoxomolybdate cluster / molybdenum storage protein / bionanolab | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ermler, U. / Bruenle, S. | ||||||
![]() | ![]() Title: The molybdenum storage protein - A bionanolab for creating experimentally alterable polyoxomolybdate clusters. Authors: Brunle, S. / Poppe, J. / Hail, R. / Demmer, U. / Ermler, U. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 230.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 180.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6gwbC ![]() 6h6wC ![]() 6h73C ![]() 6h74C ![]() 6h8bC ![]() 4ndoS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Molybdenum storage protein subunit ... , 2 types, 2 molecules BA
#1: Protein | Mass: 28247.582 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: Protein | Mass: 29245.582 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
-Non-polymers , 9 types, 257 molecules ![](data/chem/img/8M0.gif)
![](data/chem/img/FUQ.gif)
![](data/chem/img/GX2.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/MOO.gif)
![](data/chem/img/M27.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/FUQ.gif)
![](data/chem/img/GX2.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/MOO.gif)
![](data/chem/img/M27.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-FUQ / | #5: Chemical | ChemComp-GX2 / | #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-ATP / | #8: Chemical | ChemComp-MG / | #9: Chemical | ChemComp-MOO / | #10: Chemical | ChemComp-M27 / | #11: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.06 Å3/Da / Density % sol: 69.67 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / Details: 0.1 M sodium citrate, 1 M NH4H2PO4, 10% glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 11, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. obs: 141946 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 6.9 % / CC1/2: 0.997 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 11.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→2 Å / CC1/2: 0.735 / Rsym value: 1.276 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4NDO Resolution: 1.901→46.942 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.07 / Phase error: 22.13 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.901→46.942 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 42.543 Å / Origin y: 19.9155 Å / Origin z: 28.1741 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |