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- PDB-6h73: Molybdenum storage protein - recombinantly produced and loaded wi... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6h73 | ||||||
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Title | Molybdenum storage protein - recombinantly produced and loaded with molybdate under in vitro conditions | ||||||
![]() | (Molybdenum storage protein subunit ...) x 2 | ||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / polyoxometalate cluster assembly / molybdenum storage protein / bionanolab | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ermler, U. / Bruenle, S. | ||||||
![]() | ![]() Title: The molybdenum storage protein - A bionanolab for creating experimentally alterable polyoxomolybdate clusters. Authors: Brunle, S. / Poppe, J. / Hail, R. / Demmer, U. / Ermler, U. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 212.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 167.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.7 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 1.7 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 21.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 28.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6gwbC ![]() 6h6wC ![]() 6h74C ![]() 6h8bC ![]() 6h8hC ![]() 4ndoS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
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Components
-Molybdenum storage protein subunit ... , 2 types, 2 molecules BA
#1: Protein | Mass: 28247.582 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: Protein | Mass: 29245.582 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
-Non-polymers , 7 types, 97 molecules ![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/FUQ.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GUH.gif)
![](data/chem/img/MOO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/FUQ.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GUH.gif)
![](data/chem/img/MOO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-PO4 / #5: Chemical | ChemComp-FUQ / | #6: Chemical | ChemComp-MG / | #7: Chemical | ChemComp-GUH / | #8: Chemical | ChemComp-MOO / | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.88 Å3/Da / Density % sol: 68.31 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion Details: 0.1 M sodium citrate, pH 5.6, 1 M ammonium phosphate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 30, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.618 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→50 Å / Num. obs: 76855 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 10.2 % / CC1/2: 0.992 / Rsym value: 0.195 / Net I/σ(I): 9 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.4 Å / CC1/2: 0.634 / Rsym value: 1.708 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4ndo Resolution: 2.3→42.23 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 23.25 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→42.23 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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