PDB-6h73: Molybdenum storage protein - recombinantly produced and loaded wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6h73

タイトル

Molybdenum storage protein - recombinantly produced and loaded with molybdate under in vitro conditions

要素

(Molybdenum storage protein subunit ...) x 2

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / polyoxometalate cluster assembly / molybdenum storage protein / bionanolab

機能・相同性

機能・相同性情報

nutrient reservoir activity / molybdenum ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Azotobacter vinelandii (窒素固定)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Ermler, U. / Bruenle, S.

引用

ジャーナル: J. Inorg. Biochem. / 年: 2018
タイトル: The molybdenum storage protein - A bionanolab for creating experimentally alterable polyoxomolybdate clusters.
著者: Brunle, S. / Poppe, J. / Hail, R. / Demmer, U. / Ermler, U.

履歴

登録	2018年7月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年11月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年3月6日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell Item: _reflns.pdbx_CC_half / _reflns.pdbx_Rsym_value ..._reflns.pdbx_CC_half / _reflns.pdbx_Rsym_value / _reflns_shell.pdbx_CC_half / _reflns_shell.pdbx_Rsym_value
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6h73.cif.gz	212.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6h73.ent.gz	167.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6h73.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6h73_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6h73_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	6h73_validation.xml.gz	21.3 KB	表示
CIF形式データ	6h73_validation.cif.gz	28.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/6h73 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/6h73	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6gwbC 6h6wC 6h74C 6h8bC 6h8hC 4ndoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ndq-1 4ndo-1 6h8b-1 6h74-1 6h8h-1 6gx4-1 6gwv-3 2ogx-1 6gwv-1 5o5w-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Molybdenum storage protein subunit beta

A: Molybdenum storage protein subunit alpha

ヘテロ分子

61 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Molybdenum storage protein subunit beta

A: Molybdenum storage protein subunit alpha

ヘテロ分子

B: Molybdenum storage protein subunit beta

A: Molybdenum storage protein subunit alpha

ヘテロ分子

B: Molybdenum storage protein subunit beta

A: Molybdenum storage protein subunit alpha

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
183 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.190, 115.190, 233.060
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-305- MOO

-
Molybdenum storage protein subunit ... , 2種, 2分子 BA

#1: タンパク質	Molybdenum storage protein subunit beta / MoSto subunit beta 分子量: 28247.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii (窒素固定) 遺伝子: mosB, Avin_43210 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P84253
#2: タンパク質	Molybdenum storage protein subunit alpha / Mo storage protein subunit alpha / MoSto subunit alpha 分子量: 29245.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii (窒素固定) 遺伝子: mosA, Avin_43200 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P84308

-
非ポリマー , 7種, 97分子

#3: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 化合物	ChemComp-FUQ / Mo5 Cluster 分子量: 899.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂₀Mo₅O₂₅
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-GUH / Mo6 cluster 分子量: 1011.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂₀Mo₆O₂₆
#8: 化合物	ChemComp-MOO / MOLYBDATE ION / MOLYBDATE 分子量: 159.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: MoO₄
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.31 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.1 M sodium citrate, pH 5.6, 1 M ammonium phosphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.618 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.618 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 76855 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.2 % / CC_1/2: 0.992 / R_sym value: 0.195 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 2.3→2.4 Å / CC_1/2: 0.634 / R_sym value: 1.708

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ndo

4ndo

解像度: 2.3→42.23 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.25 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2325	3765	4.9 %
R_work	0.2113	-	-
obs	0.2124	76845	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→42.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3809	0	152	85	4046

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	4054
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.824	5614
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.182	2389
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	633
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	702

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3291	0.3053	121	0.3007	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3291-2.3598	0.3352	129	0.2862	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3598-2.3921	0.3079	146	0.2772	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3921-2.4263	0.3036	156	0.2794	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4263-2.4625	0.2787	135	0.2831	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4625-2.5009	0.3132	95	0.2741	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5009-2.5419	0.3374	123	0.2664	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5419-2.5858	0.2773	156	0.2622	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5858-2.6328	0.298	142	0.2483	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6328-2.6834	0.2961	177	0.2442	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6834-2.7382	0.3117	141	0.2467	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7382-2.7977	0.2225	149	0.234	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7977-2.8628	0.2446	126	0.2309	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8628-2.9343	0.3264	166	0.2319	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9343-3.0137	0.2323	137	0.2173	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0137-3.1023	0.2365	163	0.2026	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1023-3.2024	0.2436	106	0.2059	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2024-3.3168	0.238	130	0.2006	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3168-3.4496	0.1814	149	0.1918	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4496-3.6065	0.1652	124	0.1819	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6065-3.7965	0.2165	146	0.1743	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7965-4.0342	0.2032	147	0.1735	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0342-4.3454	0.1831	153	0.1733	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3454-4.7822	0.1886	163	0.1736	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7822-5.4729	0.217	141	0.1884	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4729-6.8904	0.2437	141	0.2343	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8904-42.2366	0.2511	103	0.2365	2754	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.2756	-1.4403	-2.5289	2.0548	0.6123	4.3273	-0.0045	0.1608	-0.1326	-0.0547	0.1298	1.2164	-0.2757	-1.2376	-0.0112	0.4666	0.0114	-0.026	0.5743	-0.0204	0.6181	20.604	28.4119	23.742
2	0.6719	0.1753	0.3148	0.802	-0.0432	0.9857	-0.0405	0.1337	-0.0676	-0.1204	-0.0251	0.0293	0.0333	-0.0491	0.068	0.3477	0.0154	0.0031	0.2839	-0.0426	0.2519	55.7594	13.2658	17.1344
3	3.7831	-4.6771	-2.5761	7.2369	0.5468	6.4006	0.1219	-0.1166	0.3627	0.0231	-0.0402	0.1983	-0.6607	0.5066	-0.0767	0.443	-0.0565	0.0008	0.3448	-0.0905	0.3848	58.975	24.8433	11.8441
4	1.0665	0.1327	-0.6357	1.1427	1.0283	1.8845	-0.0036	0.0306	-0.1595	0.0657	-0.034	0.0704	0.2947	0.0336	0.0387	0.3688	0.0216	-0.0192	0.34	-0.0229	0.3274	46.1621	8.541	17.1018
5	4.3461	-1.176	-1.9769	2.4888	1.6538	2.7697	-0.1815	-0.0941	-0.2003	0.0866	-0.0195	0.2131	0.2988	-0.2453	0.2269	0.3962	-0.0203	-0.0065	0.3299	-0.0515	0.3032	43.4787	5.8214	10.9894
6	3.2984	-2.6241	0.4222	3.1025	-0.2739	1.7093	-0.023	-0.1743	-0.0552	0.1074	0.0384	0.1933	-0.0102	-0.1587	0.0014	0.2431	-0.041	0.0285	0.3158	0	0.1988	37.5904	29.2649	47.1625
7	-0.035	-0.1404	0.0641	0.3767	-0.1331	0.8279	0.0047	0.0299	-0.0033	-0.0841	-0.0088	0.0437	0.0419	-0.1035	-0.0016	0.3167	-0.0069	0.0066	0.3498	-0.0204	0.2682	38.7066	28.5153	36.7433
8	4.3629	-1.1604	-0.6256	3.5595	0.7189	2.7827	-0.0856	0.3074	-0.2567	-0.1244	-0.0656	0.6034	0.1159	-0.551	0.1491	0.3806	-0.1145	-0.0189	0.5195	-0.05	0.4111	24.4469	16.7937	39.8296
9	2.7196	1.1093	-0.6179	1.4232	1.7585	4.8102	0.0167	-0.1272	-0.209	0.4936	-0.0143	0.1666	0.4968	-0.1844	0.0411	0.3184	-0.0238	-0.0025	0.4019	0.0098	0.3191	29.9909	21.0418	51.4393

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 3 through 28 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 29 through 117 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 118 through 132 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 133 through 219 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 220 through 270 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 32 through 68 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 69 through 200 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 201 through 243 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 244 through 276 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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