+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6h74 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | The molybdenum storage protein - L131H | ||||||
Components | (Molybdenum storage protein subunit ...) x 2 | ||||||
Keywords | METAL BINDING PROTEIN / Molybdenum storage / bionanolab / POM cluster assembly | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Azotobacter vinelandii (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.801 Å | ||||||
Authors | Ermler, U. / Bruenle, S. | ||||||
Citation | Journal: J. Inorg. Biochem. / Year: 2018 Title: The molybdenum storage protein - A bionanolab for creating experimentally alterable polyoxomolybdate clusters. Authors: Brunle, S. / Poppe, J. / Hail, R. / Demmer, U. / Ermler, U. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6h74.cif.gz | 221.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6h74.ent.gz | 173.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6h74.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/6h74 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/6h74 | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 6gwbC 6h6wC 6h73C 6h8bC 6h8hC 4ndoS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||
Unit cell |
| |||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-Components
-Molybdenum storage protein subunit ... , 2 types, 2 molecules BA
#1: Protein | Mass: 28272.570 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: H130L Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: This is H130L variant / Source: (gene. exp.) Azotobacter vinelandii (bacteria) / Gene: mosB, Avin_43210 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P84253 |
---|---|
#2: Protein | Mass: 29245.582 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Azotobacter vinelandii (bacteria) / Gene: mosA, Avin_43200 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P84308 |
-Non-polymers , 8 types, 382 molecules
#3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-GWW / | #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-MG / | #8: Chemical | ChemComp-GWN / | #9: Chemical | ChemComp-MOO / | #10: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion Details: 0.1 M sodium citrate, pH 5.6, 1 M ammonium phosphate, 20% glycerol |
---|
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 1.738 Å |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 8, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.738 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→50 Å / Num. obs: 154702 / % possible obs: 97.6 % / Redundancy: 5.9 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.048 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 23 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.984 / Mean I/σ(I) obs: 1 / CC1/2: 0.763 / Rrim(I) all: 1.217 / % possible all: 84 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4ndo Resolution: 1.801→49.48 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.2 / Phase error: 21.06 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.801→49.48 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|