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Yorodumi- PDB-6gx4: The molybdenum storage protein: with ATP/Mn2+ and with POM cluste... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6gx4 | ||||||
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Title | The molybdenum storage protein: with ATP/Mn2+ and with POM clusters formed under in vitro conditions | ||||||
Components | (Molybdenum storage protein subunit ...) x 2 | ||||||
Keywords | METAL BINDING PROTEIN / Molybdate storage / polyoxometalate clusters / ATP consumption | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Azotobacter vinelandii (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Poppe, J. / Bruenle, S. / Hail, R. / Ermler, E. | ||||||
Citation | Journal: FEBS J. / Year: 2018 Title: The Molybdenum Storage Protein: A soluble ATP hydrolysis-dependent molybdate pump. Authors: Poppe, J. / Brunle, S. / Hail, R. / Wiesemann, K. / Schneider, K. / Ermler, U. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6gx4.cif.gz | 218.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6gx4.ent.gz | 172.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6gx4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gx/6gx4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gx/6gx4 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6gu5C 6gujC 6gwvC 4f6tS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Molybdenum storage protein subunit ... , 2 types, 2 molecules BA
#1: Protein | Mass: 28247.582 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Azotobacter vinelandii (strain DJ / ATCC BAA-1303) (bacteria) Strain: DJ / ATCC BAA-1303 / References: UniProt: P84253 |
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#2: Protein | Mass: 29245.582 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Azotobacter vinelandii (strain DJ / ATCC BAA-1303) (bacteria) Strain: DJ / ATCC BAA-1303 / References: UniProt: P84308 |
-Non-polymers , 7 types, 316 molecules
#3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-MN / | #7: Chemical | ChemComp-FV2 / | #8: Chemical | ChemComp-MOO / | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.84 Å3/Da / Density % sol: 67.95 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion / pH: 5.6 Details: 0.1 M sodium citrate, 1.2 M ammonium phosphate 10% glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 1.896 Å |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 10, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.896 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. obs: 67867 / % possible obs: 93.1 % / Redundancy: 7.1 % / CC1/2: 0.992 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 16.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→2 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / CC1/2: 0.443 / Rsym value: 0.459 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4f6t Resolution: 1.9→48.411 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 19.88
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→48.411 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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