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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6fuw | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the human CPSF160-WDR33-CPSF30 complex bound to the PAS AAUAAA motif at 3.1 Angstrom resolution | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / 3' pre-mRNA processing / polyadenylation (ポリアデニル化) / CPSF / beta propeller (Βプロペラドメイン) / AAUAAA | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 co-transcriptional RNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / Inhibition of Host mRNA Processing and RNA Silencing / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / collagen trimer / mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / postreplication repair / tRNA processing in the nucleus ...co-transcriptional RNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / Inhibition of Host mRNA Processing and RNA Silencing / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / collagen trimer / mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / postreplication repair / tRNA processing in the nucleus / RNA Polymerase II Transcription Termination / : / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / 核小体 / 転写後修飾 / sequence-specific double-stranded DNA binding / 精子形成 / intracellular membrane-bounded organelle / enzyme binding / RNA binding / zinc ion binding / 核質 / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) unidentified adenovirus (ウイルス) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.07 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Clerici, M. / Faini, M. / Jinek, M. | |||||||||||||||
資金援助 | ベルギー, ドイツ, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2018 タイトル: Structural basis of AAUAAA polyadenylation signal recognition by the human CPSF complex. 著者: Marcello Clerici / Marco Faini / Lena M Muckenfuss / Ruedi Aebersold / Martin Jinek / 要旨: Mammalian mRNA biogenesis requires specific recognition of a hexanucleotide AAUAAA motif in the polyadenylation signals (PAS) of precursor mRNA (pre-mRNA) transcripts by the cleavage and ...Mammalian mRNA biogenesis requires specific recognition of a hexanucleotide AAUAAA motif in the polyadenylation signals (PAS) of precursor mRNA (pre-mRNA) transcripts by the cleavage and polyadenylation specificity factor (CPSF) complex. Here we present a 3.1-Å-resolution cryo-EM structure of a core CPSF module bound to the PAS hexamer motif. The structure reveals the molecular interactions responsible for base-specific recognition, providing a rationale for mechanistic differences between mammalian and yeast 3' polyadenylation. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6fuw.cif.gz | 317.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6fuw.ent.gz | 245.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6fuw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/6fuw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/6fuw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 161346.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CPSF1, CPSF160 発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 2 RZ-2014 (蝶・蛾) 参照: UniProt: Q10570 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 47448.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR33, WDC146 発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 2 RZ-2014 (蝶・蛾) 参照: UniProt: Q9C0J8 |
#3: タンパク質 | 分子量: 20422.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CPSF4, CPSF30, NAR, NEB1 発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 2 RZ-2014 (蝶・蛾) 参照: UniProt: O95639 |
#4: RNA鎖 | 分子量: 3232.036 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified adenovirus (ウイルス) |
#5: 化合物 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.22 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K / 詳細: 15 seconds wait time prior to blotting |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(補正後): 47259 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1100 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 80 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1070 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 50 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 263000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.07 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 137000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / 詳細: phenix.real_space_refine | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6F9N 詳細: fitted manually in Coot | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 3.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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