+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6f9n | ||||||
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Title | CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN CPSF160-WDR33 COMPLEX | ||||||
Components |
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Keywords | RNA BINDING PROTEIN / Polyadenylation / mRNA / beta propeller / cpsf / 3' end processing | ||||||
Function / homology | Function and homology information co-transcriptional RNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / collagen trimer / mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / postreplication repair / tRNA processing in the nucleus / RNA Polymerase II Transcription Termination ...co-transcriptional RNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / collagen trimer / mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / postreplication repair / tRNA processing in the nucleus / RNA Polymerase II Transcription Termination / : / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / fibrillar center / spermatogenesis / enzyme binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Clerici, M. / Jinek, M. | ||||||
Funding support | Belgium, 1items
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Citation | Journal: Elife / Year: 2017 Title: Structural insights into the assembly and polyA signal recognition mechanism of the human CPSF complex. Authors: Clerici, M. / Faini, M. / Aebersold, R. / Jinek, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6f9n.cif.gz | 634.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6f9n.ent.gz | 520.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6f9n.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/6f9n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/6f9n | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3ei1S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 161074.234 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: CPSF1, CPSF160 / Plasmid: pML-5B (addgene #30122) Production host: Spodoptera aff. frugiperda 2 RZ-2014 (butterflies/moths) References: UniProt: Q10570 |
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#2: Protein | Mass: 43326.184 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: WDR33, WDC146 Production host: Spodoptera aff. frugiperda 2 RZ-2014 (butterflies/moths) References: UniProt: Q9C0J8 |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.39 Å3/Da / Density % sol: 48.53 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 11% w/v PEG3400 37.5 mM Ammonium Formate 112.5 mM Magnesium Formate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Feb 5, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→47.312 Å / Num. obs: 65410 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 18.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.59 Å / Redundancy: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.773 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 6519 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3EI1 Resolution: 2.5→47.312 Å / SU ML: 0.42 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.88 / Phase error: 32.41 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→47.312 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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