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- EMDB-4225: Cryo-EM structure of the human CPSF160-WDR33-CPSF30 complex bound... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4225
タイトルCryo-EM structure of the human CPSF160-WDR33-CPSF30 complex bound to the PAS AAUAAA motif at 3.1 Angstrom resolution.
マップデータOutput from Relion2 PostProcess
試料
  • 複合体: Human CPSF160-WDR33-CPSF30 heterotrimer bound to the AAUAAA motif of the Polyadenylation Signal
    • 複合体: Human CPSF160-WDR33-CPSF30 heterotrimer
      • タンパク質・ペプチド: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1
      • タンパク質・ペプチド: pre-mRNA 3' end processing protein WDR33
      • タンパク質・ペプチド: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4
    • 複合体: AAUAAA motif of the Polyadenylation Signal
      • RNA: RNA (5'-R(P*AP*AP*UP*AP*AP*AP*GP*G)-3')
  • リガンド: ZINC ION
機能・相同性
機能・相同性情報


co-transcriptional RNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / Inhibition of Host mRNA Processing and RNA Silencing / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / collagen trimer / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / mRNA 3'-end processing / tRNA processing in the nucleus ...co-transcriptional RNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / Inhibition of Host mRNA Processing and RNA Silencing / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / collagen trimer / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / mRNA 3'-end processing / tRNA processing in the nucleus / DNA damage tolerance / RNA Polymerase II Transcription Termination / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / fibrillar center / mRNA processing / sequence-specific double-stranded DNA binding / spermatogenesis / intracellular membrane-bounded organelle / enzyme binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Zinc-finger CCCH domain / Zinc-finger containing family / CPSF complex subunit CPSF4-like / Pre-mRNA 3' end processing protein Pfs2-like / Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) / Zinc finger, CCCH-type superfamily / zinc finger / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / Zinc finger, CCCH-type ...Zinc-finger CCCH domain / Zinc-finger containing family / CPSF complex subunit CPSF4-like / Pre-mRNA 3' end processing protein Pfs2-like / Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) / Zinc finger, CCCH-type superfamily / zinc finger / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / RSE1/DDB1/CPSF1 second beta-propeller / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / : / CPSF A subunit region / RSE1/DDB1/CPSF1 first beta-propeller / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4 / Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1 / pre-mRNA 3' end processing protein WDR33
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / unidentified adenovirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.07 Å
データ登録者Clerici M / Faini M / Jinek M
資金援助 ベルギー, ドイツ, 4件
OrganizationGrant number国
European Research CouncilERC-StG-337284 ベルギー
European Molecular Biology OrganizationEMBO ALTF-343-2013 ドイツ
European Research CouncilERC Advanced Grants no. 233226 and no. 670821 ベルギー
European UnionPROSPECTS, HEALTH-F4-2008-201648 ベルギー
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2018
タイトル: Structural basis of AAUAAA polyadenylation signal recognition by the human CPSF complex.
著者: Marcello Clerici / Marco Faini / Lena M Muckenfuss / Ruedi Aebersold / Martin Jinek /
要旨: Mammalian mRNA biogenesis requires specific recognition of a hexanucleotide AAUAAA motif in the polyadenylation signals (PAS) of precursor mRNA (pre-mRNA) transcripts by the cleavage and ...Mammalian mRNA biogenesis requires specific recognition of a hexanucleotide AAUAAA motif in the polyadenylation signals (PAS) of precursor mRNA (pre-mRNA) transcripts by the cleavage and polyadenylation specificity factor (CPSF) complex. Here we present a 3.1-Å-resolution cryo-EM structure of a core CPSF module bound to the PAS hexamer motif. The structure reveals the molecular interactions responsible for base-specific recognition, providing a rationale for mechanistic differences between mammalian and yeast 3' polyadenylation.
履歴
登録2017年12月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年1月3日-
マップ公開2018年1月31日-
更新2023年3月1日-
現状2023年3月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.058
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.058
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6fuw
  • 表面レベル: 0.058
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4225.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4225.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Output from Relion2 PostProcess
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 200 pix.
= 211.6 Å		1.06 Å/pix.
x 200 pix.
= 211.6 Å		1.06 Å/pix.
x 200 pix.
= 211.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.058 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.058 / ムービー #1: 0.058
最小 - 最大-0.2077625 - 0.32876167
平均 (標準偏差)0.00030825817 (±0.0140046645)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 211.59999 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0581.0581.058
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z211.600211.600211.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ240240240
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.2080.3290.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_4225_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human CPSF160-WDR33-CPSF30 heterotrimer bound to the AAUAAA motif...

全体名称: Human CPSF160-WDR33-CPSF30 heterotrimer bound to the AAUAAA motif of the Polyadenylation Signal
要素
  • 複合体: Human CPSF160-WDR33-CPSF30 heterotrimer bound to the AAUAAA motif of the Polyadenylation Signal
    • 複合体: Human CPSF160-WDR33-CPSF30 heterotrimer
      • タンパク質・ペプチド: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1
      • タンパク質・ペプチド: pre-mRNA 3' end processing protein WDR33
      • タンパク質・ペプチド: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4
    • 複合体: AAUAAA motif of the Polyadenylation Signal
      • RNA: RNA (5'-R(P*AP*AP*UP*AP*AP*AP*GP*G)-3')
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Human CPSF160-WDR33-CPSF30 heterotrimer bound to the AAUAAA motif...

超分子名称: Human CPSF160-WDR33-CPSF30 heterotrimer bound to the AAUAAA motif of the Polyadenylation Signal
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
分子量理論値: 220 KDa

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超分子 #2: Human CPSF160-WDR33-CPSF30 heterotrimer

超分子名称: Human CPSF160-WDR33-CPSF30 heterotrimer / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: AAUAAA motif of the Polyadenylation Signal

超分子名称: AAUAAA motif of the Polyadenylation Signal / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: unidentified adenovirus (ウイルス)

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分子 #1: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1

分子名称: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 161.346484 KDa
組換発現生物種: Spodoptera aff. frugiperda 2 RZ-2014 (蝶・蛾)
配列文字列: SNAMYAVYKQ AHPPTGLEFS MYCNFFNNSE RNLVVAGTSQ LYVYRLNRDA EALTKNDRST EGKAHREKLE LAASFSFFGN VMSMASVQL AGAKRDALLL SFKDAKLSVV EYDPGTHDLK TLSLHYFEEP ELRDGFVQNV HTPRVRVDPD GRCAAMLVYG T RLVVLPFR ...文字列:
SNAMYAVYKQ AHPPTGLEFS MYCNFFNNSE RNLVVAGTSQ LYVYRLNRDA EALTKNDRST EGKAHREKLE LAASFSFFGN VMSMASVQL AGAKRDALLL SFKDAKLSVV EYDPGTHDLK TLSLHYFEEP ELRDGFVQNV HTPRVRVDPD GRCAAMLVYG T RLVVLPFR RESLAEEHEG LVGEGQRSSF LPSYIIDVRA LDEKLLNIID LQFLHGYYEP TLLILFEPNQ TWPGRVAVRQ DT CSIVAIS LNITQKVHPV IWSLTSLPFD CTQALAVPKP IGGVVVFAVN SLLYLNQSVP PYGVALNSLT TGTTAFPLRT QEG VRITLD CAQATFISYD KMVISLKGGE IYVLTLITDG MRSVRAFHFD KAAASVLTTS MVTMEPGYLF LGSRLGNSLL LKYT EKLQE PPASAVREAA DKEEPPSKKK RVDATAGWSA AGKSVPQDEV DEIEVYGSEA QSGTQLATYS FEVCDSILNI GPCAN AAVG EPAFLSEEFQ NSPEPDLEIV VCSGHGKNGA LSVLQKSIRP QVVTTFELPG CYDMWTVIAP VRKEEEDNPK GEGTEQ EPS TTPEADDDGR RHGFLILSRE DSTMILQTGQ EIMELDTSGF ATQGPTVFAG NIGDNRYIVQ VSPLGIRLLE GVNQLHF IP VDLGAPIVQC AVADPYVVIM SAEGHVTMFL LKSDSYGGRH HRLALHKPPL HHQSKVITLC LYRDLSGMFT TESRLGGA R DELGGRSGPE AEGLGSETSP TVDDEEEMLY GDSGSLFSPS KEEARRSSQP PADRDPAPFR AEPTHWCLLV RENGTMEIY QLPDWRLVFL VKNFPVGQRV LVDSSFGQPT TQGEARREEA TRQGELPLVK EVLLVALGSR QSRPYLLVHV DQELLIYEAF PHDSQLGQG NLKVRFKKVP HNINFREKKP KPSKKKAEGG GAEEGAGARG RVARFRYFED IYGYSGVFIC GPSPHWLLVT G RGALRLHP MAIDGPVDSF APFHNVNCPR GFLYFNRQGE LRISVLPAYL SYDAPWPVRK IPLRCTAHYV AYHVESKVYA VA TSTNTPC ARIPRMTGEE KEFETIERDE RYIHPQQEAF SIQLISPVSW EAIPNARIEL QEWEHVTCMK TVSLRSEETV SGL KGYVAA GTCLMQGEEV TCRGRILIMD VIEVVPEPGQ PLTKNKFKVL YEKEQKGPVT ALCHCNGHLV SAIGQKIFLW SLRA SELTG MAFIDTQLYI HQMISVKNFI LAADVMKSIS LLRYQEESKT LSLVSRDAKP LEVYSVDFMV DNAQLGFLVS DRDRN LMVY MYLPEAKESF GGMRLLRRAD FHVGAHVNTF WRTPCRGATE GLSKKSVVWE NKHITWFATL DGGIGLLLPM QEKTYR RLL MLQNALTTML PHHAGLNPRA FRMLHVDRRT LQNAVRNVLD GELLNRYLYL STMERSELAK KIGTTPDIIL DDLLETD RV TAHF

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分子 #2: pre-mRNA 3' end processing protein WDR33

分子名称: pre-mRNA 3' end processing protein WDR33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 47.44891 KDa
組換発現生物種: Spodoptera aff. frugiperda 2 RZ-2014 (蝶・蛾)
配列文字列: SNAMATEIGS PPRFFHMPRF QHQAPRQLFY KRPDFAQQQA MQQLTFDGKR MRKAVNRKTI DYNPSVIKYL ENRIWQRDQR DMRAIQPDA GYYNDLVPPI GMLNNPMNAV TTKFVRTSTN KVKCPVFVVR WTPEGRRLVT GASSGEFTLW NGLTFNFETI L QAHDSPVR ...文字列:
SNAMATEIGS PPRFFHMPRF QHQAPRQLFY KRPDFAQQQA MQQLTFDGKR MRKAVNRKTI DYNPSVIKYL ENRIWQRDQR DMRAIQPDA GYYNDLVPPI GMLNNPMNAV TTKFVRTSTN KVKCPVFVVR WTPEGRRLVT GASSGEFTLW NGLTFNFETI L QAHDSPVR AMTWSHNDMW MLTADHGGYV KYWQSNMNNV KMFQAHKEAI REASFSPTDN KFATCSDDGT VRIWDFLRCH EE RILRGHG ADVKCVDWHP TKGLVVSGSK DSQQPIKFWD PKTGQSLATL HAHKNTVMEV KLNLNGNWLL TASRDHLCKL FDI RNLKEE LQVFRGHKKE ATAVAWHPVH EGLFASGGSD GSLLFWHVGV EKEVGGMEMA HEGMIWSLAW HPLGHILCSG SNDH TSKFW TRNRPGDK

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分子 #3: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4

分子名称: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 20.422855 KDa
組換発現生物種: Spodoptera aff. frugiperda 2 RZ-2014 (蝶・蛾)
配列文字列:
MQEIIASVDH IKFDLEIAVE QQLGAQPLPF PGMDKSGAAV CEFFLKAACG KGGMCPFRHI SGEKTVVCKH WLRGLCKKGD QCEFLHEYD MTKMPECYFY SKFGECSNKE CPFLHIDPES KIKDCPWYDR GFCKHGPLCR HRHTRRVICV NYLVGFCPEG P SCKFMHPR FELPMGTTEQ

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分子 #4: RNA (5'-R(P*AP*AP*UP*AP*AP*AP*GP*G)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*AP*AP*UP*AP*AP*AP*GP*G)-3') / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: unidentified adenovirus (ウイルス)
分子量理論値: 3.232036 KDa
配列文字列:
ACAAUAAAGG

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分子 #5: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 3 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
140.0 mMKClPotassium Chloride
20.0 mMHEPESHEPES
1.0 mMDTTDithiothreitol
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 15 seconds wait time prior to blotting.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1070 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 80.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 47259 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 263000
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6f9n


詳細: CPSF160-WDR33 heterodimer
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.07 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1b1_cu8.0) / 使用した粒子像数: 137000
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1b1_cu8.0)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1b1_cu8.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6f9n


詳細: fitted manually in Coot
詳細phenix.real_space_refine
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6fuw:
Cryo-EM structure of the human CPSF160-WDR33-CPSF30 complex bound to the PAS AAUAAA motif at 3.1 Angstrom resolution

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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