PDB-6fkj: Tubulin-TUB075 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fkj

タイトル

Tubulin-TUB075 complex

要素

Stathmin-4スタスミン
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin tyrosine ligase

キーワード

CELL CYCLE (細胞周期) / TUBULIN FOLD /

CYTOSKELETON (細胞骨格) /

MICROTUBULE (微小管)

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / cytoplasmic microtubule / microtubule-based process / cellular response to interleukin-4 /

tubulin binding / spindle microtubule /

加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.148 Å

データ登録者

Prota, A.E. / Steinmetz, M.O. / Priego, E.-M.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: High-affinity ligands of the colchicine domain in tubulin based on a structure-guided design.
著者: Bueno, O. / Estevez Gallego, J. / Martins, S. / Prota, A.E. / Gago, F. / Gomez-SanJuan, A. / Camarasa, M.J. / Barasoain, I. / Steinmetz, M.O. / Diaz, J.F. / Perez-Perez, M.J. / Liekens, S. / Priego, E.M.

履歴

登録	2018年1月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年3月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fkj.cif.gz	915.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fkj.ent.gz	751.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fkj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/6fkj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/6fkj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6fklC 4o2bS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4tv9-d 5iyz-d 5ca0-d 5ezy-d 4zhq-d 5h7o-d 5bmv-d 6fkl-d 4o4h-d 5la6-d 5nfz-d 5j2t-d 5xkh-d 6o5n-d 7dad-d 5kx5-d 4tuy-d 5m8g-d 5xke-d 4ihj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin tyrosine ligase

ヘテロ分子

266 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.670, 157.562, 180.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain脳 / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain脳 / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / スタスミン / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin tyrosine ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 10種, 611分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / グアノシン三リン酸分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#9: 化合物	ChemComp-DLW / (5~{S})-2-[(~{E})-~{N}-(2-ethoxyphenyl)-~{C}-methyl-carbonimidoyl]-3-oxidanyl-5-phenyl-cyclohex-2-en-1-one / KNI-10075 分子量: 349.423 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₃NO₃
#10: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#11: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤) 分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#12: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#13: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#14: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 590 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.66 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.7 詳細: 5% PEG 4K, 12% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 100 mM MES/Imidazole

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00002 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00002 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.148→49.45 Å / Num. obs: 161351 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 12.5 % / B_iso Wilson estimate: 42.5 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.114 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 16.6
反射シェル	解像度: 2.15→2.21 Å / 冗長度: 8.9 % / R_merge(I) obs: 2.429 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 11396 / CC_1/2: 0.3 / R_pim(I) all: 0.884 / R_rim(I) all: 2.577 / % possible all: 96.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2863: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4O2B

4o2b

解像度: 2.148→49.445 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.11 / 位相誤差: 22.25

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2064	15592	5.01 %
R_work	0.1747	-	-
obs	0.1763	161351	99.17 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.148→49.445 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17381	0	250	590	18221

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	18026
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.719	24431
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.185	10773
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	2650
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3164

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1478-2.1722	0.3533	473	0.3351	8999	X-RAY DIFFRACTION	90
2.1722-2.1977	0.3565	502	0.3324	9482	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1977-2.2245	0.3365	503	0.3127	9569	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2245-2.2527	0.3186	510	0.3003	9684	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2527-2.2823	0.3438	517	0.3005	9708	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2823-2.3136	0.3069	511	0.2836	9818	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3136-2.3467	0.3006	524	0.2704	9838	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3467-2.3817	0.2766	518	0.2539	10015	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3817-2.4189	0.2792	524	0.2475	9946	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4189-2.4586	0.2565	528	0.2288	9902	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4586-2.501	0.2524	527	0.2286	9956	X-RAY DIFFRACTION	100
2.501-2.5464	0.2605	521	0.2248	9937	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5464-2.5954	0.2503	517	0.2106	9910	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5954-2.6484	0.2449	527	0.2041	9961	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6484-2.706	0.2271	514	0.1954	9939	X-RAY DIFFRACTION	100
2.706-2.7689	0.2535	534	0.1971	9933	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7689-2.8381	0.2305	523	0.192	9951	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8381-2.9149	0.2219	523	0.1901	9922	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9149-3.0006	0.2194	530	0.1845	9988	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0006-3.0975	0.1965	518	0.1673	9923	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0975-3.2082	0.2286	524	0.1774	9933	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2082-3.3366	0.2129	524	0.1763	9918	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3366-3.4884	0.2025	527	0.1655	9983	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4884-3.6722	0.1838	524	0.1548	9896	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6722-3.9022	0.1752	519	0.1435	9952	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9022-4.2034	0.1716	531	0.1383	9972	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2034-4.6261	0.159	513	0.1243	9907	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6261-5.2949	0.1535	524	0.129	9942	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2949-6.6684	0.2068	528	0.163	9929	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6684-49.4583	0.1553	534	0.1461	9924	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0767	-0.0232	-0.2091	3.4686	1.2763	2.4461	-0.0345	0.0881	0.1577	-0.3743	0.3545	-0.4148	-0.6366	0.4595	-0.2851	0.4747	-0.1193	0.0832	0.4706	-0.1808	0.4316	31.4655	86.15	52.783
2	1.6116	0.1458	0.26	3.2937	1.1813	3.4078	0.0339	-0.1329	0.0592	0.4293	-0.0042	0.1692	-0.1938	-0.115	-0.0203	0.4074	0.0169	0.0915	0.3239	-0.0939	0.3503	16.7793	86.475	70.4654
3	0.9041	0.0107	-1.0202	2.7296	2.6266	5.2806	0.0774	-0.0881	-0.1452	0.5883	0.4149	-0.4021	0.5893	0.7021	-0.4879	0.4546	0.1402	-0.0742	0.4291	-0.1286	0.428	29.2759	62.2125	62.3317
4	1.6392	-0.2495	-0.1529	2.8009	1.1416	2.5889	0.0241	0.1357	0.2378	-0.3014	0.0563	-0.0328	-0.4919	0.1344	-0.0654	0.3075	-0.027	0.0284	0.351	-0.0891	0.3624	21.1234	61.0664	21.1524
5	1.4688	-0.3412	0.3583	1.4128	0.981	3.4436	-0.0498	-0.0907	-0.0001	0.0715	-0.1266	0.2312	-0.0939	-0.6575	0.1255	0.2968	0.0218	0.0519	0.4435	-0.1429	0.4233	6.9036	59.772	38.553
6	1.3891	-0.9449	-1.006	5.2199	4.254	5.5602	0.0049	-0.1931	-0.0856	0.791	0.0509	-0.0003	0.809	0.2395	-0.0284	0.35	0.014	-0.0463	0.3091	-0.028	0.3261	22.6612	37.5658	31.3945
7	1.3322	-0.1685	0.0583	2.155	0.1245	1.7234	-0.0459	0.206	0.1536	-0.2796	0.0955	-0.0703	-0.1318	0.1387	-0.053	0.2696	-0.0657	0.0379	0.3324	-0.0293	0.2974	20.2489	32.64	-11.5978
8	1.0381	-0.5598	0.3139	1.4992	1.147	2.1088	-0.0187	-0.068	0.0594	-0.0019	-0.1494	0.2678	0.0474	-0.4053	0.1661	0.2187	-0.0601	0.0278	0.3076	-0.039	0.3194	2.5524	31.1153	3.4804
9	1.529	-0.5541	-0.5491	2.2512	1.8798	3.1933	0.0399	0.0055	-0.1694	0.3449	0.0951	-0.1548	0.4617	0.2178	-0.2085	0.3831	0.0312	-0.0228	0.2751	-0.0365	0.3551	22.5556	10.8276	2.1748
10	2.8733	-0.1667	-0.6909	2.6119	0.1055	2.2905	-0.0023	0.6134	-0.0092	-0.4269	0.1119	-0.1776	0.1587	0.0575	-0.1481	0.57	-0.0724	0.1122	0.6599	-0.1595	0.3502	23.8213	2.4662	-39.8812
11	1.6626	-0.4808	-0.6992	2.0977	0.5435	2.0512	-0.0776	0.4692	-0.2652	-0.1993	0.0479	0.2236	0.3107	-0.4417	0.0577	0.4604	-0.108	0.0121	0.5191	-0.1196	0.35	7.1131	-0.6352	-25.1056
12	2.8287	-1.1939	-1.8421	2.3934	1.5507	2.8789	-0.3449	0.2279	-0.6953	0.0933	0.1559	-0.1811	0.8994	0.3967	0.0397	0.8278	0.0524	0.0897	0.529	-0.221	0.6361	28.2547	-17.923	-25.0345
13	4.8152	-2.7006	0.7839	2.8009	-2.3695	4.2791	-0.1844	-0.5846	0.3395	1.5794	0.2518	-0.8167	-0.1508	0.8322	-0.2682	1.0946	-0.0473	-0.0006	0.6207	-0.1917	0.4995	24.6275	95.3556	83.9716
14	0.1463	0.8674	1.0647	1.551	1.9046	3.6329	-0.0312	-0.1086	0.2813	0.1466	0.8907	-0.7044	-0.0215	1.2843	-0.7915	0.3912	0.0089	0.018	0.9436	-0.4635	0.8462	43.5031	55.7565	35.0406
15	0.2487	-1.1082	-0.9707	4.6922	3.7065	3.6494	-0.1626	0.0375	-0.1267	0.2265	0.3038	-0.2969	0.6555	0.672	-0.4686	0.6085	0.0964	0.1559	0.7295	-0.287	0.713	42.8863	6.114	-19.806
16	2.3859	2.5308	-0.8687	6.5776	1.3292	1.6875	-0.6515	0.4564	-0.6697	-0.147	0.02	-0.1003	1.5479	-0.4611	0.284	1.0462	-0.1625	0.2187	0.591	-0.171	0.5499	6.2445	54.5916	69.5989
17	1.0917	0.4265	0.0949	3.5035	-0.8258	3.1764	-0.2176	-0.9931	-0.7696	0.534	-0.2483	-0.8337	0.9124	1.8629	0.4442	0.9744	0.3798	0.0023	1.3194	0.3356	0.8334	14.883	57.3976	104.8715
18	2.9961	0.272	-2.4713	1.4705	0.4525	2.8438	-0.7253	-0.1253	-0.9042	0.3517	0.248	0.025	1.2037	-0.0322	0.0739	1.0463	0.0572	0.1955	0.3947	0.0809	0.6664	-1.8143	53.6946	93.18

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 205)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 206 through 381)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 382 through 438)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 205)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 206 through 381)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 382 through 438)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 2 through 205)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 206 through 381)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 382 through 440)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 2 through 205)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 206 through 381)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 382 through 440)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'E' and (resid 6 through 27)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'E' and (resid 44 through 89)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'E' and (resid 90 through 143)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'F' and (resid 1 through 66)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'F' and (resid 67 through 198)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'F' and (resid 199 through 380)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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