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- PDB-6dy2: Guinea pig N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase (NAAA) cov... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dy2
タイトルGuinea pig N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase (NAAA) covalently bound to beta-lactam inhibitor ARN726
要素(N-acylethanolamine acid amidase ...) x 2
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / endocannabinoid (カンナビノイド) / lipase (リパーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


N-(long-chain-acyl)ethanolamine deacylase / N-(long-chain-acyl)ethanolamine deacylase activity / N-acylethanolamine metabolic process / sphingosine metabolic process / ceramidase / N-acylsphingosine amidohydrolase activity / ceramidase activity / N-acylphosphatidylethanolamine metabolic process / fatty acid amide hydrolase activity / extrinsic component of membrane ...N-(long-chain-acyl)ethanolamine deacylase / N-(long-chain-acyl)ethanolamine deacylase activity / N-acylethanolamine metabolic process / sphingosine metabolic process / ceramidase / N-acylsphingosine amidohydrolase activity / ceramidase activity / N-acylphosphatidylethanolamine metabolic process / fatty acid amide hydrolase activity / extrinsic component of membrane / lipid catabolic process / fatty acid metabolic process / リソソーム
類似検索 - 分子機能
Acid ceramidase-like / Acid ceramidase, N-terminal / beta subunit of N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase / Choloylglycine hydrolase/NAAA C-terminal / Linear amide C-N hydrolases, choloylglycine hydrolase family
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HJA / リン酸塩 / N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase
類似検索 - 構成要素
生物種Cavia porcellus (モルモット)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.706 Å
データ登録者Gorelik, A. / Gebai, A. / Illes, K. / Piomelli, D. / Nagar, B.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-133535 カナダ
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Molecular mechanism of activation of the immunoregulatory amidase NAAA.
著者: Gorelik, A. / Gebai, A. / Illes, K. / Piomelli, D. / Nagar, B.
履歴
登録2018年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月10日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / entity
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _entity.formula_weight
改定 1.22018年10月24日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / entity
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _entity.formula_weight
改定 1.32018年11月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42019年4月17日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: entity / Item: _entity.pdbx_ec
改定 1.52020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.72023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acylethanolamine acid amidase alpha-subunit
B: N-acylethanolamine acid amidase beta-subunit
C: N-acylethanolamine acid amidase alpha-subunit
D: N-acylethanolamine acid amidase beta-subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,82025
ポリマ－75,3084
非ポリマー2,51221
水2,396133
1
A: N-acylethanolamine acid amidase alpha-subunit
B: N-acylethanolamine acid amidase beta-subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,92813
ポリマ－37,6542
非ポリマー1,27411
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5620 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area13970 Å2
手法PISA
2
C: N-acylethanolamine acid amidase alpha-subunit
D: N-acylethanolamine acid amidase beta-subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,89212
ポリマ－37,6542
非ポリマー1,23810
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5630 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area14490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.885, 98.863, 117.761
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-302-

HOH

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要素

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N-acylethanolamine acid amidase ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 N-acylethanolamine acid amidase alpha-subunit


分子量: 11686.366 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 21-115 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cavia porcellus (モルモット) / 遺伝子: NAAA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: H0VCJ6, N-(long-chain-acyl)ethanolamine deacylase
#2: タンパク質 N-acylethanolamine acid amidase beta-subunit


分子量: 25967.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cavia porcellus (モルモット) / 遺伝子: NAAA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: H0VCJ6

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糖 , 1種, 6分子

#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 148分子

#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-HJA / (2S)-3-amino-2-{[(4-cyclohexylbutoxy)carbonyl]amino}propanethioic S-acid


分子量: 302.433 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H26N2O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.2 M KH2PO4 and 20 % PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.706→50 Å / Num. obs: 23122 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 11.6 % / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.706→2.8 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5U7Z

5u7z


解像度: 2.706→49.431 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2329 2848 9.7 %
Rwork0.184 --
obs0.1887 29346 66.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.706→49.431 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5110 0 143 133 5386
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035386
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6877362
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.863150
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043834
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003932
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7058-2.75250.3265500.3056463X-RAY DIFFRACTION23
2.7525-2.80250.3695600.2694545X-RAY DIFFRACTION28
2.8025-2.85640.2896650.2679614X-RAY DIFFRACTION31
2.8564-2.91470.2939740.2728676X-RAY DIFFRACTION34
2.9147-2.97810.2498820.2493764X-RAY DIFFRACTION38
2.9781-3.04740.3282940.2512850X-RAY DIFFRACTION43
3.0474-3.12360.27041050.2283943X-RAY DIFFRACTION47
3.1236-3.2080.22831150.21861060X-RAY DIFFRACTION53
3.208-3.30240.24421200.22151137X-RAY DIFFRACTION57
3.3024-3.40890.23961390.20781291X-RAY DIFFRACTION64
3.4089-3.53070.25571410.19511403X-RAY DIFFRACTION70
3.5307-3.67210.23751610.18031544X-RAY DIFFRACTION77
3.6721-3.83910.22191760.17171639X-RAY DIFFRACTION82
3.8391-4.04150.20761940.17151773X-RAY DIFFRACTION88
4.0415-4.29450.23982070.14831865X-RAY DIFFRACTION94
4.2945-4.62590.18832140.13191950X-RAY DIFFRACTION99
4.6259-5.0910.19992130.13792003X-RAY DIFFRACTION100
5.091-5.82670.21452170.16881997X-RAY DIFFRACTION100
5.8267-7.33710.24122150.21472006X-RAY DIFFRACTION100
7.3371-49.43970.26492060.2161975X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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