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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6d5n | |||||||||
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タイトル | Hexagonal thermolysin (295) in the presence of 50% xylose | |||||||||
要素 | Thermolysinテルモリシン | |||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / zinc protease | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 テルモリシン / metalloendopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.00003665634 Å | |||||||||
データ登録者 | Juers, D.H. | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2018 タイトル: The impact of cryosolution thermal contraction on proteins and protein crystals: volumes, conformation and order. 著者: Juers, D.H. / Farley, C.A. / Saxby, C.P. / Cotter, R.A. / Cahn, J.K.B. / Holton-Burke, R.C. / Harrison, K. / Wu, Z. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6d5n.cif.gz | 159.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6d5n.ent.gz | 102.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6d5n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/6d5n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/6d5n | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5un3C 5uu7C 5uu8C 5uu9C 5uuaC 5uubC 5uucC 5uudC 5uueC 6avlC 6b6nC 6b6oC 6b6pC 6b6qC 6b6rC 6b6sC 6b6tC 6d5oC 6d5pC 6d5qC 6d5rC 6d5sC 6d5tC 6d5uC 6d6eC 6d6fC 6d6gC 6d6hC 6dzfC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 34360.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア) 参照: UniProt: P00800, テルモリシン |
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#6: 糖 |
-非ポリマー , 5種, 147分子
#2: 化合物 | ChemComp-VAL / | ||
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#3: 化合物 | ChemComp-LYS / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||
#5: 化合物 | ChemComp-CA / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.33 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Protein: 100 mg/mL in 45% DMSO Well: 2 M AmSO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: Agilent SuperNova / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: OXFORD ONYX CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→13.86 Å / Num. obs: 23812 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 19.6315777022 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rrim(I) all: 0.142 / Net I/σ(I): 11.7 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.11 Å / CC1/2: 0.736 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.00003665634→13.8519097476 Å / SU ML: 0.213793487267 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33721327711 / 位相誤差: 17.3279762667
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.9275337172 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.00003665634→13.8519097476 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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