PDB-6b5s: Structure of PfCSP peptide 25 with human antibody CIS42

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6b5s

タイトル

Structure of PfCSP peptide 25 with human antibody CIS42

要素

CIS42 Fab Heavy chain
CIS42 Fab Light chain
pfCSP peptide 25: ASN-VAL-ASP-PRO-ASN-ALA-ASN-PRO-ASN-VAL-ASP-PRO-ASN

キーワード

IMMUNE SYSTEM (免疫系) /

Malaria (マラリア) / pfCSP /

vaccine (ワクチン) /

antibodies (抗体)

機能・相同性

機能・相同性情報

entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / side of membrane /

細胞膜 /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Plasmodium Falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.983 Å

データ登録者

Pancera, M. / Weidle, C.

引用

ジャーナル: Nat. Med. / 年: 2018
タイトル: A human monoclonal antibody prevents malaria infection by targeting a new site of vulnerability on the parasite.
著者: Kisalu, N.K. / Idris, A.H. / Weidle, C. / Flores-Garcia, Y. / Flynn, B.J. / Sack, B.K. / Murphy, S. / Schon, A. / Freire, E. / Francica, J.R. / Miller, A.B. / Gregory, J. / March, S. / Liao, ...

履歴

登録	2017年9月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年3月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月4日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2018年4月25日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.3	2019年1月9日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: struct_conn

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6b5s.cif.gz	256.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6b5s.ent.gz	220.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6b5s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/6b5s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/6b5s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6b5lC 6b5mC 6b5nC 6b5oC 6b5pC 6b5rC 6b5tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7c94-2 6vl8-3 6vbq-1 3mlv-2 5dd5-d 5muq-2 3mlu-d 6pbw-d 6vbq-4 1yeg-d 1mpa-2 1opg-d 7c94-1 3mlr-d 6rco-2 2f19-d 6umi-d 2a6k-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (2) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (2) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (2)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (2)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#135 - 2011年3月
インテグラーゼ (Integrase)
類似性 (1)
#70 - 2005年10月
人工設計タンパク質 (Designer Proteins)
類似性 (1)

登録構造単位

H: CIS42 Fab Heavy chain

L: CIS42 Fab Light chain

A: pfCSP peptide 25: ASN-VAL-ASP-PRO-ASN-ALA-ASN-PRO-ASN-VAL-ASP-PRO-ASN

ヘテロ分子

49.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.960, 70.817, 164.901
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 A

#3: タンパク質・ペプチド	pfCSP peptide 25: ASN-VAL-ASP-PRO-ASN-ALA-ASN-PRO-ASN-VAL-ASP-PRO-ASN 分子量: 1564.569 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Plasmodium Falciparum (マラリア病原虫) 参照: UniProt: P02893*PLUS

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体	CIS42 Fab Heavy chain 分子量: 23617.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	CIS42 Fab Light chain 分子量: 22755.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 347分子

#4: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル / 2-プロパノール分子量: 60.095 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#5: 化合物	... ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム / アンモニウム分子量: 18.038 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₄N
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.87 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 15% PEG3350, 9% Isopropanol, 0.12M Ammonium Citrate pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→43.422 Å / Num. obs: 34887 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / Net I/σ(I): 13.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.983→43.422 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.3

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2039	1745	5 %
R_work	0.1675	-	-
obs	0.1694	34887	99.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.983→43.422 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3287	0	75	299	3661

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3403
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.767	4645
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.05	1998
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	526
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	587

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9831-2.0415	0.2461	144	0.2194	2586	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0415-2.1074	0.2152	142	0.1992	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1074-2.1827	0.2337	109	0.197	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1827-2.2701	0.2288	138	0.1814	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2701-2.3734	0.2378	166	0.181	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3734-2.4985	0.2377	156	0.1885	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4985-2.655	0.2209	148	0.1824	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
2.655-2.86	0.2365	149	0.1813	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-3.1477	0.2161	139	0.172	2796	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1477-3.603	0.225	160	0.1691	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
3.603-4.5386	0.1568	131	0.1347	2839	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5386-43.4322	0.1813	163	0.1607	2979	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2042	0.0761	0.231	0.0282	0.0871	0.2565	0.2018	-0.0225	-0.3238	0.0265	-0.0684	0.1905	0.1122	-0.0699	-0.0001	0.2953	-0.0201	-0.0027	0.3208	-0.016	0.3333	87.1993	198.9691	343.0955
2	0.1504	-0.0743	0.2538	0.9563	-0.085	0.434	-0.0294	0.059	-0.0223	-0.0219	-0.0526	0.0314	-0.0044	0.0314	0	0.2317	-0.0014	-0.0086	0.2924	-0.044	0.269	87.1122	203.2499	332.4061
3	0.1015	0.1054	0.1798	0.5891	0.2045	0.3117	-0.0568	0.0955	0.1001	0.0925	-0.0708	-0.0695	-0.0439	0.0802	-0.0001	0.2441	0.0104	-0.0109	0.2877	-0.0119	0.2727	86.8846	208.4652	337.0102
4	1.658	-0.4641	-0.4828	0.4606	-0.3301	0.7917	0.0445	-0.0878	0.0991	0.2063	0.0841	-0.1056	-0.0496	0.4273	0.0017	0.3872	-0.0127	-0.0423	0.2325	0.0017	0.3147	103.3504	207.4131	366.7148
5	0.5031	0.5113	0.2663	0.9917	-0.1724	0.5461	0.1327	-0.0102	0.0214	0.031	-0.0911	0.155	-0.1211	-0.0124	0	0.3658	0.0222	-0.0255	0.3198	-0.0005	0.3155	98.4456	210.5597	369.8601
6	0.0122	0.0515	-0.0447	0.2184	-0.1902	0.1642	0.2415	0.0333	-0.0959	0.2269	-0.2122	-0.038	0.1008	-0.069	0.0002	0.4654	-0.0374	-0.0282	0.3232	-0.0022	0.3038	98.0556	205.405	377.4203
7	0.1442	-0.0504	-0.127	0.1013	-0.0091	0.1726	-0.0638	0.1267	-0.1759	0.1226	0.2595	-0.1138	-0.2234	-0.0748	0	0.562	-0.0692	-0.0652	0.3088	0.0082	0.3516	102.9416	203.6768	378.3596
8	1.2978	-0.1342	0.3802	0.6427	-0.4003	1.1022	0.0141	0.0211	0.1201	0.0606	0.023	-0.0893	-0.0383	-0.1191	-0	0.2693	-0.0033	-0.0192	0.2774	0.0087	0.2895	84.9885	226.4663	336.4014
9	0.4275	0.187	0.412	0.22	0.2562	0.8481	0.0166	-0.0007	0.0221	0.0131	-0.0009	-0.12	-0.0367	-0.0448	0.0001	0.2839	0.0189	-0.0438	0.2566	-0.0105	0.2901	98.1944	221.3031	354.7928
10	0.3488	0.5613	-0.0858	1.3909	-0.0493	0.5719	0.156	-0.0944	0.1958	-0.2032	-0.0616	-0.244	0.1144	0.0909	0	0.4042	0.0242	-0.0576	0.3564	-0.0237	0.3602	109.1043	218.204	362.9625
11	0.2729	0.1784	-0.0666	0.2274	0.0031	0.0985	-0.2447	0.2423	-0.0109	0.299	0.0095	-0.2312	-0.5047	0.1539	0	0.4531	0.0061	-0.081	0.3398	0.0345	0.3796	112.9958	226.1895	366.7255
12	0.1597	-0.0495	-0.1208	0.2386	-0.099	0.1774	-0.2415	0.263	-0.0823	-0.6969	-0.0084	0.3689	0.3199	0.3676	-0.0039	0.4649	0.0165	-0.085	0.3993	0.0134	0.2877	78.522	211.1064	319.3601

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'H' and (resid 2 through 25 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'H' and (resid 26 through 82 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'H' and (resid 83 through 106 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'H' and (resid 107 through 145 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'H' and (resid 146 through 188 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'H' and (resid 189 through 203 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'H' and (resid 204 through 214 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'L' and (resid 2 through 75 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'L' and (resid 76 through 151 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'L' and (resid 152 through 188 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'L' and (resid 189 through 210 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 1 through 13 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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