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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6al4 | |||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF ANTI-CD19 ANTIBODY B43 FAB | |||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / antibacterial humoral response / blood microparticle / immune response / extracellular space / extracellular exosome / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å | |||||||||
データ登録者 | Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Gilliland, G.L. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2018 タイトル: Crystal structure of B-cell co-receptor CD19 in complex with antibody B43 reveals an unexpected fold. 著者: Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Luo, J. / Gilliland, G.L. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6al4.cif.gz | 264.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6al4.ent.gz | 212.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6al4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6al4_validation.pdf.gz | 460.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6al4_full_validation.pdf.gz | 464.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6al4_validation.xml.gz | 47.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6al4_validation.cif.gz | 66.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/6al4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/6al4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23815.260 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGK@ / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P5S8 #2: 抗体 | 分子量: 25225.055 Da / 分子数: 3 / Fragment: FD,FD,FD,FD / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGH@ / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6GMX6 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.1 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M NA PHOSPHATE DIBASIC / PH範囲: 9.1 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9785 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.38→50 Å / Num. obs: 80381 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 52.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 22.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.38→2.47 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.563 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 7505 / % possible all: 91.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5i15 解像度: 2.45→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 7.759 / SU ML: 0.173 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.297 / ESU R Free: 0.223
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 60.3 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→20 Å
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拘束条件 |
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