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万見
- PDB-6aky: The Crystal structure of Human Chemokine Receptor CCR5 in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6aky
タイトルThe Crystal structure of Human Chemokine Receptor CCR5 in complex with compound 34
要素C-C chemokine receptor type 5,Rubredoxin,C-C chemokine receptor type 5
キーワードSIGNALING PROTEIN / G Protein-Coupled Receptor Chemokine Receptor CCR5 Antagonist Complex structure
機能・相同性
機能・相同性情報


chemokine (C-C motif) ligand 5 binding / negative regulation of macrophage apoptotic process / signaling / chemokine receptor activity / C-C chemokine receptor activity / C-C chemokine binding / phosphatidylinositol phospholipase C activity / response to cholesterol / Chemokine receptors bind chemokines / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum ...chemokine (C-C motif) ligand 5 binding / negative regulation of macrophage apoptotic process / signaling / chemokine receptor activity / C-C chemokine receptor activity / C-C chemokine binding / phosphatidylinositol phospholipase C activity / response to cholesterol / Chemokine receptors bind chemokines / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / dendritic cell chemotaxis / Interleukin-10 signaling / Binding and entry of HIV virion / cellular defense response / coreceptor activity / cell chemotaxis / calcium-mediated signaling / calcium ion transport / 走化性 / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / virus receptor activity / cell-cell signaling / actin binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (i) signalling events / cellular response to lipopolysaccharide / electron transfer activity / cell surface receptor signaling pathway / エンドソーム / 免疫応答 / 炎症 / iron ion binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / 細胞膜 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
CC chemokine receptor 5 / ルブレドキシン / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Chemokine receptor family / Rubredoxin domain / ルブレドキシン / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / G-protein coupled receptors family 1 signature. ...CC chemokine receptor 5 / ルブレドキシン / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Chemokine receptor family / Rubredoxin domain / ルブレドキシン / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A4X / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / ルブレドキシン / C-C chemokine receptor type 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Clostridium pasteurianum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Zhu, Y. / Zhao, Q. / Wu, B.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structure-Based Design of 1-Heteroaryl-1,3-propanediamine Derivatives as a Novel Series of CC-Chemokine Receptor 5 Antagonists.
著者: Peng, P. / Chen, H. / Zhu, Y. / Wang, Z. / Li, J. / Luo, R.H. / Wang, J. / Chen, L. / Yang, L.M. / Jiang, H. / Xie, X. / Wu, B. / Zheng, Y.T. / Liu, H.
履歴
登録2018年9月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-C chemokine receptor type 5,Rubredoxin,C-C chemokine receptor type 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8184
ポリマ－43,8761
非ポリマー9423
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area18150 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)35.585, 101.483, 136.569
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 C-C chemokine receptor type 5,Rubredoxin,C-C chemokine receptor type 5 / CCR5 / CHEMR13 / HIV-1 fusion coreceptor / Rd


分子量: 43876.227 Da / 分子数: 1 / 変異: C58Y, G163N, A233D, K303E / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Chimera protein of C-C chemokine receptor type 5 and Rubredoxin. Rubredoxin was inserted into CCR5 between residue 223 and 227.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Clostridium pasteurianum (バクテリア)
遺伝子: CCR5, CMKBR5
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P51681, UniProt: P00268
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#4: 化合物 ChemComp-A4X / 4,4-difluoro-N-[(1S)-3-{(3-exo)-3-[3-methyl-5-(propan-2-yl)-4H-1,2,4-triazol-4-yl]-8-azabicyclo[3.2.1]octan-8-yl}-1-(thiophen-3-yl)propyl]cyclohexane-1-carboxamide


分子量: 519.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H39F2N5OS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / 詳細: PEG400, HEPES, ammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 12438 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 82.94 Å2 / Rpim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Num. unique obs: 2071 / Rpim(I) all: 0.576

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MBS

4mbs


解像度: 2.8→31.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.905 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU R Cruickshank DPI: 1.016 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.059 / SU Rfree Blow DPI: 0.37 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.373
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 639 5.15 %RANDOM
Rwork0.275 ---
obs0.275 12401 96.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 82.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5437 Å20 Å20 Å2
2--2.9072 Å20 Å2
3----3.4509 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.54 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.8→31.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2657 0 49 0 2706
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012779HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg13796HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d887SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes48HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes402HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2779HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.05
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.89
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion375SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3218SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.8→3.07 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2919 163 5.69 %
Rwork0.2781 2700 -
all0.2789 2863 -
obs--95.59 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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