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万見
- PDB-4mbs: Crystal Structure of the CCR5 Chemokine Receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mbs
タイトルCrystal Structure of the CCR5 Chemokine Receptor
要素Chimera protein of C-C chemokine receptor type 5 and Rubredoxin
キーワードSIGNALING PROTEIN / Human CCR5 Chemokine Receptor / anti-HIV agent / novel protein engineering / GPCR network / membrane protein / PSI-Biology / Structural Genomics / Seven transmembrane helices / G protein-coupled receptor / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


chemokine (C-C motif) ligand 5 binding / negative regulation of macrophage apoptotic process / alkane catabolic process / chemokine receptor activity / signaling / C-C chemokine receptor activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phospholipase C activity / C-C chemokine binding / response to cholesterol / Chemokine receptors bind chemokines ...chemokine (C-C motif) ligand 5 binding / negative regulation of macrophage apoptotic process / alkane catabolic process / chemokine receptor activity / signaling / C-C chemokine receptor activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phospholipase C activity / C-C chemokine binding / response to cholesterol / Chemokine receptors bind chemokines / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / dendritic cell chemotaxis / Interleukin-10 signaling / Binding and entry of HIV virion / cellular defense response / coreceptor activity / cell chemotaxis / calcium-mediated signaling / chemotaxis / calcium ion transport / MAPK cascade / cell-cell signaling / actin binding / virus receptor activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / cellular response to lipopolysaccharide / G alpha (i) signalling events / electron transfer activity / cell surface receptor signaling pathway / endosome / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / iron ion binding / external side of plasma membrane / apoptotic process / cell surface / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CC chemokine receptor 5 / Rubredoxin / : / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Chemokine receptor family / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. ...CC chemokine receptor 5 / Rubredoxin / : / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Chemokine receptor family / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / : / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MRV / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Rubredoxin / C-C chemokine receptor type 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Clostridium pasteurianum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Tan, Q. / Zhu, Y. / Han, G.W. / Li, J. / Fenalti, G. / Liu, H. / Cherezov, V. / Stevens, R.C. / GPCR Network (GPCR) / Zhao, Q. / Wu, B.
引用ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: Structure of the CCR5 chemokine receptor-HIV entry inhibitor maraviroc complex.
著者: Tan, Q. / Zhu, Y. / Li, J. / Chen, Z. / Han, G.W. / Kufareva, I. / Li, T. / Ma, L. / Fenalti, G. / Li, J. / Zhang, W. / Xie, X. / Yang, H. / Jiang, H. / Cherezov, V. / Liu, H. / Stevens, R.C. / Zhao, Q. / Wu, B.
履歴
登録2013年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月25日Group: Database references
改定 1.22013年10月9日Group: Database references
改定 1.32017年7月26日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chimera protein of C-C chemokine receptor type 5 and Rubredoxin
B: Chimera protein of C-C chemokine receptor type 5 and Rubredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,75616
ポリマ－95,0332
非ポリマー4,72414
水86548
1
A: Chimera protein of C-C chemokine receptor type 5 and Rubredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2359
ポリマ－47,5161
非ポリマー2,7188
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Chimera protein of C-C chemokine receptor type 5 and Rubredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5227
ポリマ－47,5161
非ポリマー2,0056
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.920, 103.520, 137.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN.

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要素

#1: タンパク質 Chimera protein of C-C chemokine receptor type 5 and Rubredoxin / C-C CKR-5 / CC-CKR-5 / CCR-5 / CCR5 / CHEMR13 / HIV-1 fusion coreceptor


分子量: 47516.281 Da / 分子数: 2
断片: Rubredoxin inserted into CCR5 between residue 223 and 227
変異: C58Y, G163N, A233D, K303E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Clostridium pasteurianum (バクテリア)
遺伝子: CCR5, CCR5_HUMAN, CMKBR5, Rd / プラスミド: pFastBac
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): sf9 / 参照: UniProt: P51681, UniProt: P00268
#2: 化合物 ChemComp-MRV / 4,4-difluoro-N-[(1S)-3-{(3-exo)-3-[3-methyl-5-(propan-2-yl)-4H-1,2,4-triazol-4-yl]-8-azabicyclo[3.2.1]oct-8-yl}-1-phenylpropyl]cyclohexanecarboxamide


分子量: 513.666 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H41F2N5O / コメント: 薬剤, 抗レトロウイルス剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 10

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7
詳細: 32% PEG 400, 0.1M HEPES, 0.1M sodium chloride, pH 7.0, Lipidic cubic phase, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月20日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 28947 / Num. obs: 27674 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 67.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.853 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 92.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.10.0精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3ODU

3odu


解像度: 2.71→36.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9383 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU R Cruickshank DPI: 0.664 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2632 1416 5.12 %RANDOM
Rwork0.2156 ---
obs0.2181 27630 95.47 %-
all-28941 --
原子変位パラメータBiso mean: 72.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.7134 Å20 Å20 Å2
2---3.7025 Å20 Å2
3----2.0109 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.417 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.71→36.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5486 0 230 48 5764
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015871HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.997980HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2586SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes99HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes845HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5871HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.47
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.24
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion758SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6545SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.71→2.81 Å / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2411 145 5.36 %
Rwork0.2191 2561 -
all0.2203 2706 -
obs--95.47 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7832-0.08970.18851.57331.30453.1921-0.07290.1339-0.1459-0.01370.00640.0202-0.0063-0.00320.0665-0.2472-0.0412-0.01980.0671-0.0554-0.262147.597107.79833.5432
27.74360.32541.19475.45590.5886.8399-0.09030.14690.2164-0.0811-0.0964-0.0847-0.01470.03450.1867-0.048-0.0226-0.02530.04690.0346-0.3032152.514140.22866.1547
31.71310.47730.79251.0260.71184.7541-0.06110.26320.06160.03450.0885-0.095-0.17950.0955-0.0274-0.1915-0.0636-0.02380.1028-0.0128-0.2434155.465116.42336.0787
41.6630.38010.52161.83571.40663.6221-0.0950.1137-0.0904-0.04980.04140.0302-0.0932-0.06270.0536-0.2691-0.0432-0.02270.0635-0.036-0.2734183.232111.22233.9726
56.5090.44080.91188.3076-2.1646.1615-0.02520.15890.20730.2778-0.2121-0.3643-0.0418-0.04180.2373-0.0785-0.016-0.04580.04610.0411-0.304189.455143.73666.0225
61.58740.3267-0.251.72880.80222.7532-0.16250.27380.1139-0.10670.2318-0.0961-0.30250.1312-0.0693-0.178-0.12170.00750.1782-0.0474-0.304191.37119.44736.1572
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA19 - 22319 - 223
2X-RAY DIFFRACTION2AA1001 - 10541001 - 1054
3X-RAY DIFFRACTION3AA227 - 313227 - 313
4X-RAY DIFFRACTION4BB19 - 22319 - 223
5X-RAY DIFFRACTION5BB1001 - 10541001 - 1054
6X-RAY DIFFRACTION6BB227 - 313227 - 313

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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