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万見
- PDB-5y9j: BAFF in complex with belimumab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y9j
タイトルBAFF in complex with belimumab
要素
  • Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
  • belibumab light chain
  • belimumab heavy chain
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / BAFF / belimumab / antibody (抗体) / lupus (全身性エリテマトーデス)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of germinal center formation / B cell costimulation / TNFs bind their physiological receptors / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / germinal center formation / tumor necrosis factor receptor binding / B cell proliferation / B cell homeostasis / T cell proliferation / positive regulation of B cell proliferation ...positive regulation of germinal center formation / B cell costimulation / TNFs bind their physiological receptors / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / germinal center formation / tumor necrosis factor receptor binding / B cell proliferation / B cell homeostasis / T cell proliferation / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of T cell proliferation / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / T cell costimulation / B cell differentiation / cytokine activity / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / receptor ligand activity / signaling receptor binding / focal adhesion / intracellular membrane-bounded organelle / perinuclear region of cytoplasm / シグナル伝達 / extracellular space / extracellular region / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
TNF family profile. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Jelly Rolls / 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Heo, Y.-S. / Shin, W.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: BAFF-neutralizing interaction of belimumab related to its therapeutic efficacy for treating systemic lupus erythematosus.
著者: Shin, W. / Lee, H.T. / Lim, H. / Lee, S.H. / Son, J.Y. / Lee, J.U. / Yoo, K.Y. / Ryu, S.E. / Rhie, J. / Lee, J.Y. / Heo, Y.S.
履歴
登録2017年8月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: belibumab light chain
H: belimumab heavy chain
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,8033
ポリマ－64,8033
非ポリマー00
水9,008500
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4960 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area25920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.001, 134.001, 134.001
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-306-

HOH

21A-343-

HOH

31A-367-

HOH

41A-424-

HOH

51A-431-

HOH

61A-436-

HOH

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要素

#1: 抗体 belibumab light chain


分子量: 22764.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 belimumab heavy chain /


分子量: 24982.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質 Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B / B lymphocyte stimulator / BLyS / B-cell-activating factor / BAFF / Dendritic cell-derived TNF-like ...B lymphocyte stimulator / BLyS / B-cell-activating factor / BAFF / Dendritic cell-derived TNF-like molecule / TNF- and APOL-related leukocyte expressed ligand 1 / TALL-1


分子量: 17056.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: TNFSF13B, BAFF, BLYS, TALL1, TNFSF20, ZTNF4, UNQ401/PRO738
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y275
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 500 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris(hydroxymethyl)aminomethane pH 8.5, 20% (w/v)polyethylene glycol 1,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 48698 / % possible obs: 97.68 % / 冗長度: 14.6 % / Net I/σ(I): 52.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→26.28 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.97
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2168 2457 5.05 %
Rwork0.1797 --
obs0.1816 48698 96.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→26.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4331 0 0 500 4831
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074432
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1296025
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4531592
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047683
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008777
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0502-2.08960.27241350.23932621X-RAY DIFFRACTION99
2.0896-2.13220.26071620.22642574X-RAY DIFFRACTION99
2.1322-2.17860.26161310.22532590X-RAY DIFFRACTION98
2.1786-2.22920.27211250.2292558X-RAY DIFFRACTION97
2.2292-2.28490.31241300.23442524X-RAY DIFFRACTION96
2.2849-2.34670.28551200.23172509X-RAY DIFFRACTION94
2.3467-2.41570.34831480.23482436X-RAY DIFFRACTION94
2.4157-2.49360.28331180.23442548X-RAY DIFFRACTION95
2.4936-2.58270.23141210.22842487X-RAY DIFFRACTION94
2.5827-2.6860.26231290.21022509X-RAY DIFFRACTION95
2.686-2.80810.22471330.20942487X-RAY DIFFRACTION95
2.8081-2.95590.23591390.19152550X-RAY DIFFRACTION96
2.9559-3.14090.21841530.18472557X-RAY DIFFRACTION97
3.1409-3.38290.21321470.17322630X-RAY DIFFRACTION99
3.3829-3.72250.20541310.15922680X-RAY DIFFRACTION99
3.7225-4.25920.16991330.14882631X-RAY DIFFRACTION99
4.2592-5.35860.16811530.1292650X-RAY DIFFRACTION98
5.3586-26.28190.19241490.16612700X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6967-0.6814-1.61682.8080.00415.21640.1395-0.2220.27950.14180.0043-0.2301-0.24580.0856-0.11490.3037-0.0097-0.0020.2620.02250.285344.534750.164367.4291
22.45561.0413-0.48865.1198-0.91862.1518-0.06110.0271-0.0946-0.2580.0513-0.2137-0.02270.21310.00560.2758-0.06080.03120.273-0.04650.205841.693213.894852.9879
30.76361.37811.48893.81272.73763.8753-0.0347-0.050.03730.0683-0.02990.1299-0.08150.05730.04860.2473-0.0428-0.00170.3091-0.01730.234429.910313.096971.2499
42.4468-0.92591.18634.2871-1.64454.3129-0.0387-0.3573-0.1259-0.03970.34390.4661-0.1489-0.697-0.30730.2796-0.0019-0.01340.4250.07530.28928.984444.999169.938
52.5445-0.8829-1.04561.69360.79511.69440.0233-0.10690.02320.10790.036-0.1945-0.02250.2245-0.04280.1918-0.023-0.03710.22230.00740.186829.8279-17.173955.9756
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'L' and ((resseq 111:211))
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'L' and ((resseq 2:110))
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and ((resseq 2:123))
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and ((resseq 124:224))
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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