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- PDB-5c0n: Development of a monoclonal antibody targeting secreted aP2 to tr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c0n
タイトルDevelopment of a monoclonal antibody targeting secreted aP2 to treat diabetes and fatty liver disease
要素
  • Fab CA33 Heavy chain
  • Fab CA33 light chain
  • Fatty acid-binding protein, adipocyte
キーワードLIPID TRANSPORT / AP2 / FABP4 / Fab / type II diabetes
機能・相同性
機能・相同性情報


Triglyceride catabolism / hormone receptor binding / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / long-chain fatty acid binding / cellular response to lithium ion / white fat cell differentiation / long-chain fatty acid transport / brown fat cell differentiation / cholesterol homeostasis / response to bacterium ...Triglyceride catabolism / hormone receptor binding / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / long-chain fatty acid binding / cellular response to lithium ion / white fat cell differentiation / long-chain fatty acid transport / brown fat cell differentiation / cholesterol homeostasis / response to bacterium / positive regulation of inflammatory response / cellular response to tumor necrosis factor / positive regulation of cold-induced thermogenesis / negative regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Immunoglobulins / Beta Barrel ...Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Immunoglobulins / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fatty acid-binding protein, adipocyte
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Doyle, C.
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2015
タイトル: Development of a therapeutic monoclonal antibody that targets secreted fatty acid-binding protein aP2 to treat type 2 diabetes.
著者: Burak, M.F. / Inouye, K.E. / White, A. / Lee, A. / Tuncman, G. / Calay, E.S. / Sekiya, M. / Tirosh, A. / Eguchi, K. / Birrane, G. / Lightwood, D. / Howells, L. / Odede, G. / Hailu, H. / West, ...著者: Burak, M.F. / Inouye, K.E. / White, A. / Lee, A. / Tuncman, G. / Calay, E.S. / Sekiya, M. / Tirosh, A. / Eguchi, K. / Birrane, G. / Lightwood, D. / Howells, L. / Odede, G. / Hailu, H. / West, S. / Garlish, R. / Neale, H. / Doyle, C. / Moore, A. / Hotamisligil, G.S.
履歴
登録2015年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月13日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid-binding protein, adipocyte
H: Fab CA33 Heavy chain
L: Fab CA33 light chain
B: Fatty acid-binding protein, adipocyte
C: Fab CA33 Heavy chain
D: Fab CA33 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,1396
ポリマ－124,1396
非ポリマー00
水00
1
A: Fatty acid-binding protein, adipocyte
H: Fab CA33 Heavy chain
L: Fab CA33 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0703
ポリマ－62,0703
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Fatty acid-binding protein, adipocyte
C: Fab CA33 Heavy chain
D: Fab CA33 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0703
ポリマ－62,0703
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.270, 101.950, 95.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12H
22C
13L
23D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11CYSCYSALAALAAA1 - 1312 - 132
21CYSCYSALAALABD1 - 1312 - 132
12GLNGLNVALVALHB1 - 2181 - 218
22GLNGLNVALVALCE1 - 2181 - 218
13ASPASPARGARGLC1 - 2161 - 216
23ASPASPARGARGDF1 - 2161 - 216

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Fatty acid-binding protein, adipocyte / AP2 / 3T3-L1 lipid-binding protein / Adipocyte lipid-binding protein / ALBP / Adipocyte-type fatty ...AP2 / 3T3-L1 lipid-binding protein / Adipocyte lipid-binding protein / ALBP / Adipocyte-type fatty acid-binding protein / AFABP / Fatty acid-binding protein 4 / Myelin P2 protein homolog / P15 / P2 adipocyte protein / Protein 422


分子量: 14670.884 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Fabp4, Ap2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P04117
#2: 抗体 Fab CA33 Heavy chain


分子量: 23379.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体 Fab CA33 light chain


分子量: 24019.506 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.85 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M Hepes pH 7.5, 0.2M NH2SO4, 16% PEG 4K and 10% isopropanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→54.97 Å / Num. obs: 26312 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.16 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.95→3.09 Å / Num. unique all: 3489

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
xia2データ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LIE

1lie


解像度: 3→54.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 21.712 / SU ML: 0.386 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.509 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26464 2466 9.9 %RANDOM
Rwork0.18636 ---
obs0.19425 22426 98.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 60.654 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.25 Å2-0 Å2-5.01 Å2
2---3.51 Å2-0 Å2
3---3.77 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3→54.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8541 0 0 0 8541
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.028740
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.028054
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6221.95411901
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.085318667
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3151116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.52524.118323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.143151415
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1351536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.21373
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0219789
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021883
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.8435.9764488
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.8425.9774487
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.6448.9565596
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.6438.9565597
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.6636.2684252
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.6636.2694253
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.339.2256306
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.83247.1689257
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.83247.1719258
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A72800.12
12B72800.12
21H107110.12
22C107110.12
31L107540.14
32D107540.14
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 189 -
Rwork0.282 1679 -
obs--98.16 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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