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- PDB-5xtd: Cryo-EM structure of human respiratory complex I -

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データベース: PDB / ID: 5xtd
タイトルCryo-EM structure of human respiratory complex I
構成要素
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ...) x 12
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit ...) x 11
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit ...) x 2
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein ...) x 3
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein ...) x 7
  • (NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ...) x 7
  • Acyl carrier protein, mitochondrial
  • NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE/ELECTRON TRANSPORT / Homo sapiens (ホモ・サピエンス) / Oxidoreductase (酸化還元酵素) / Respiratory (呼吸器) / OXIDOREDUCTASE-ELECTRON TRANSPORT complex
機能・相同性Thioredoxin-like [2Fe-2S] ferredoxin / Deoxynucleoside kinase domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, iron-sulphur subunit 5 / NADH-ubiquinone oxidoreductase, subunit 10 / Zinc finger, CHCC-type / Soluble ligand binding domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G, iron-sulphur binding / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit, conserved site / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit D/H ...Thioredoxin-like [2Fe-2S] ferredoxin / Deoxynucleoside kinase domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, iron-sulphur subunit 5 / NADH-ubiquinone oxidoreductase, subunit 10 / Zinc finger, CHCC-type / Soluble ligand binding domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G, iron-sulphur binding / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit, conserved site / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit D/H / NADH-ubiquinone oxidoreductase 1 subunit C1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase flavoprotein 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2 / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NADH dehydrogenase 1, beta subcomplex, subunit 6 / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Thioredoxin-like superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily / ACP-like superfamily / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain superfamily / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, FMN-binding domain superfamily / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit superfamily / NADH-quinone oxidoreductase, subunit D superfamily / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 3 superfamily / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4-like superfamily / NADHデヒドロゲナーゼ / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 30 Kd subunit / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 49 Kd subunit / Proton-conducting membrane transporter / NADH:ubiquinone oxidoreductase, ESSS subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB5/SGDH subunit / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6 / CHCH / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / Complex 1 LYR protein / NADH:ubiquinone oxidoreductase, B18 subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8 / Phosphopantetheine binding ACP domain / GRIM-19 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit b14.5b / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit NDUFB4 / NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B14.5a / NADH dehydrogenase, subunit C / NADH-quinone oxidoreductase, chain I / NADH-quinone oxidoreductase, chain M/4 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G / NADH dehydrogenase subunit 2, C-terminal / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1, conserved site / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 6 / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex subunit 1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 8 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, metazoa / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 2 / NADH dehydrogenase subunit 5, C-terminal / NADH-quinone oxidoreductase, chain G, C-terminal / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 49kDa subunit, conserved site / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, MNLL subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, FMN-binding domain / NADH ubiquinone oxidoreductase, F subunit / Molybdopterin oxidoreductase / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 24 Kd subunit signature. / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase MWFE subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial / Phosphopantetheine attachment site. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Respiratory chain NADH dehydrogenase 49 Kd subunit signature. / Respiratory chain NADH dehydrogenase 30 Kd subunit signature. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 2. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 3. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 2. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 2. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 20 Kd subunit signature. / NADH dehydrogenase 1 beta subcomplex subunit 2 / Respiratory electron transport / NAD(P)H-binding / NmrA-like family / 3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / Complex I biogenesis / Neutrophil degranulation / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / Carrier protein (CP) domain profile. / Mitochondrial protein import / His(Cys)3-ligated-type [4Fe-4S] domain profile. / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases 4Fe-4S domain profile.
機能・相同性情報
試料の由来Homo sapiens (ヒト)
実験手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 3.7 Å 分解能
データ登録者Gu, J. / Wu, M. / Yang, M.
引用ジャーナル: Cell / : 2017
タイトル: Architecture of Human Mitochondrial Respiratory Megacomplex IIIIIV.
著者: Runyu Guo / Shuai Zong / Meng Wu / Jinke Gu / Maojun Yang
要旨: The respiratory megacomplex represents the highest-order assembly of respiratory chain complexes, and it allows mitochondria to respond to energy-requiring conditions. To understand its architecture, ...The respiratory megacomplex represents the highest-order assembly of respiratory chain complexes, and it allows mitochondria to respond to energy-requiring conditions. To understand its architecture, we examined the human respiratory chain megacomplex-IIIIIV (MCIIIIIV) with 140 subunits and a subset of associated cofactors using cryo-electron microscopy. The MCIIIIIV forms a circular structure with the dimeric CIII located in the center, where it is surrounded by two copies each of CI and CIV. Two cytochrome c (Cyt.c) molecules are positioned to accept electrons on the surface of the c state CIII dimer. Analyses indicate that CII could insert into the gaps between CI and CIV to form a closed ring, which we termed the electron transport chain supercomplex. The structure not only reveals the precise assignment of individual subunits of human CI and CIII, but also enables future in-depth analysis of the electron transport chain as a whole.
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2017年6月19日 / 公開: 2017年8月30日
改定日付Data content typeGroupCategoryItemProviderタイプ
1.02017年8月30日Structure modelrepositoryInitial release
1.12017年9月6日Structure modelDatabase referencescitation_citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
1.22017年12月6日Structure modelData processing / Database referencescitation / em_software_citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_software.name

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MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
B: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial
C: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial
E: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6
F: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2
G: Acyl carrier protein, mitochondrial
H: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5
I: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7
J: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial
K: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial
L: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
M: NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial
N: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
O: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial
P: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial
Q: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial
S: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1
T: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
U: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3
V: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11
W: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13
X: Acyl carrier protein, mitochondrial
Y: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mitochondrial
Z: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3
a: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial
b: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6
c: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial
d: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10
e: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial
f: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial
g: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2
h: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5
i: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2
j: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
k: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L
l: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
m: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
n: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1
o: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4
p: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9
r: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
s: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
u: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8
v: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7
w: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)964,00675
ポリマ-942,04145
非ポリマ-21,96530
0
1


タイプ名称対称操作
identity operation1_5551
Buried area (Å2)283330
ΔGint (kcal/M)-1914
Surface area (Å2)291200

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構成要素

+
NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein ... , 3種, 3分子 AKO

#1: タンパク質・ペプチド NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / Complex I-51kD / CI-51kD / NADH dehydrogenase flavoprotein 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51 kDa subunit


分子量: 47323.938 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P49821, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型), NADHデヒドロゲナーゼ
#10: タンパク質・ペプチド NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial / Complex I-9kD / CI-9kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9 kDa subunit / Renal carcinoma antigen NY-REN-4


分子量: 3900.312 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P56181
#14: タンパク質・ペプチド NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase 24 kDa subunit


分子量: 23430.881 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P19404, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型), NADHデヒドロゲナーゼ

+
NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein ... , 7種, 7分子 BCLPQTh

#2: タンパク質・ペプチド NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial / Complex I-23kD / CI-23kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 23 kDa subunit / TYKY subunit


分子量: 20314.037 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: O00217, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型), NADHデヒドロゲナーゼ
#3: タンパク質・ペプチド NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial / Complex I-20kD / CI-20kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit / PSST subunit


分子量: 17887.928 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: O75251, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型), NADHデヒドロゲナーゼ
#11: タンパク質・ペプチド NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / Complex I-18 kDa / CI-18 kDa / Complex I-AQDQ / CI-AQDQ / NADH-ubiquinone oxidoreductase 18 kDa subunit


分子量: 13721.598 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43181
#15: タンパク質・ペプチド NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial / Complex I-30kD / CI-30kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 30 kDa subunit


分子量: 24432.656 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: O75489, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型), NADHデヒドロゲナーゼ
#16: タンパク質・ペプチド NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial / Complex I-49kD / CI-49kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 49 kDa subunit


分子量: 49236.480 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: O75306, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型), NADHデヒドロゲナーゼ
#18: タンパク質・ペプチド NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / Complex I-13kD-A / CI-13kD-A / NADH-ubiquinone oxidoreductase 13 kDa-A subunit


分子量: 10578.848 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75380
#31: タンパク質・ペプチド NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5 / Complex I-15 kDa / CI-15 kDa / NADH-ubiquinone oxidoreductase 15 kDa subunit


分子量: 12314.254 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43920

+
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ... , 12種, 12分子 EFHIJNSUVWuw

#4: タンパク質・ペプチド NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6 / Complex I-B14 / CI-B14 / LYR motif-containing protein 6 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B14 subunit


分子量: 13758.070 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P56556
#5: タンパク質・ペプチド NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2 / Complex I-B8 / CI-B8 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B8 subunit


分子量: 9535.905 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43678
#7: タンパク質・ペプチド NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / Complex I subunit B13 / Complex I-13kD-B / CI-13kD-B / NADH-ubiquinone oxidoreductase 13 kDa-B subunit


分子量: 13119.208 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16718
#8: タンパク質・ペプチド NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7 / Complex I-B14.5a / CI-B14.5a / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit B14.5a


分子量: 12282.051 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95182
#9: タンパク質・ペプチド NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial / Complex I-39kD / CI-39kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 39 kDa subunit


分子量: 38387.594 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16795
#13: タンパク質・ペプチド NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / 13 kDa differentiation-associated protein / Complex I-B17.2 / CIB17.2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit B17.2


分子量: 16880.068 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UI09
#17: タンパク質・ペプチド NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / Complex I-MWFE / CI-MWFE / NADH-ubiquinone oxidoreductase MWFE subunit


分子量: 8084.391 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15239
#19: タンパク質・ペプチド NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3 / Complex I-B9 / CI-B9 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B9 subunit


分子量: 9156.602 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95167
#20: タンパク質・ペプチド NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / Complex I-B14.7 / CI-B14.7 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit B14.7


分子量: 14736.853 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q86Y39
#21: タンパク質・ペプチド NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13 / Cell death regulatory protein GRIM-19 / Complex I-B16.6 / CI-B16.6 / Gene associated with retinoic and interferon-induced mortality 19 protein / Gene associated with retinoic and IFN-induced mortality 19 protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase B16.6 subunit


分子量: 16132.570 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P0J0
#42: タンパク質・ペプチド NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8 / Complex I-19kD / CI-19kD / Complex I-PGIV / CI-PGIV / NADH-ubiquinone oxidoreductase 19 kDa subunit


分子量: 19853.736 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P51970
#44: タンパク質・ペプチド NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial / Complex I-42kD / CI-42kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 42 kDa subunit


分子量: 37200.270 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95299

+
タンパク質・ペプチド , 2種, 3分子 GXM

#6: タンパク質・ペプチド Acyl carrier protein, mitochondrial / ACP / CI-SDAP / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9.6 kDa subunit


分子量: 9845.247 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O14561
#12: タンパク質・ペプチド NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial / Complex I-75kD / CI-75kD


分子量: 75471.484 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P28331, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型), NADHデヒドロゲナーゼ

+
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit ... , 11種, 11分子 YZabcdenopv

#22: タンパク質・ペプチド NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mitochondrial / Complex I-AGGG / CI-AGGG / NADH-ubiquinone oxidoreductase AGGG subunit


分子量: 7468.270 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95178
#23: タンパク質・ペプチド NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / Complex I-B12 / CI-B12 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B12 subunit


分子量: 9261.605 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43676
#24: タンパク質・ペプチド NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial / Complex I-SGDH / CI-SGDH / NADH-ubiquinone oxidoreductase SGDH subunit


分子量: 16573.160 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43674
#25: タンパク質・ペプチド NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6 / Complex I-B17 / CI-B17 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B17 subunit


分子量: 15517.228 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95139
#26: タンパク質・ペプチド NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / Complex I-ASHI / CI-ASHI / NADH-ubiquinone oxidoreductase ASHI subunit


分子量: 18267.562 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95169
#27: タンパク質・ペプチド NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / Complex I-PDSW / CI-PDSW / NADH-ubiquinone oxidoreductase PDSW subunit


分子量: 20721.650 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O96000
#28: タンパク質・ペプチド NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial / Complex I-ESSS / CI-ESSS / NADH-ubiquinone oxidoreductase ESSS subunit / Neuronal protein 17.3 / p17.3


分子量: 11494.942 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NX14
#37: タンパク質・ペプチド NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1 / Complex I-MNLL / CI-MNLL / NADH-ubiquinone oxidoreductase MNLL subunit


分子量: 6741.883 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75438
#38: タンパク質・ペプチド NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4 / Complex I-B15 / CI-B15 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B15 subunit


分子量: 15100.399 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95168
#39: タンパク質・ペプチド NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / Complex I-B22 / CI-B22 / LYR motif-containing protein 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B22 subunit


分子量: 21189.141 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y6M9
#43: タンパク質・ペプチド NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / Cell adhesion protein SQM1 / Complex I-B18 / CI-B18 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B18 subunit


分子量: 16435.045 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P17568

+
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit ... , 2種, 2分子 fg

#29: タンパク質・ペプチド NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial / Complex I-KFYI / CI-KFYI / NADH-ubiquinone oxidoreductase KFYI subunit


分子量: 5704.602 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43677
#30: タンパク質・ペプチド NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2 / Complex I-B14.5b / CI-B14.5b / Human lung cancer oncogene 1 protein / HLC-1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit B14.5b


分子量: 14209.521 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95298

+
NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ... , 7種, 7分子 ijklmrs

#32: タンパク質・ペプチド NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2


分子量: 39007.656 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q4GRX1, UniProt: P03891*PLUS, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
#33: タンパク質・ペプチド NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3


分子量: 13147.871 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: B9EE38, UniProt: P03897*PLUS, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
#34: タンパク質・ペプチド NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L


分子量: 10702.086 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: V9JN72, UniProt: P03901*PLUS, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
#35: タンパク質・ペプチド NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5


分子量: 67096.023 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: X5BVZ3, UniProt: P03915*PLUS, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
#36: タンパク質・ペプチド NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6


分子量: 18660.979 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q8HAX7, UniProt: P03923*PLUS, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
#40: タンパク質・ペプチド NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4


分子量: 51689.688 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: B2XJG5, UniProt: P03905*PLUS, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
#41: タンパク質・ペプチド NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1


分子量: 35621.215 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: H9PGF0, UniProt: P03886*PLUS, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)

+
非ポリマー , 8種, 30分子

#45: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / : Fe4S4
#46: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / : C17H21N4O9P / フラビンモノヌクレオチド
#47: 化合物
ChemComp-PLX / (9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,7,10-TRIOXA-2LAMBDA~5~-AZA-6LAMBDA~5~-PHOSPHAOCTACOSANE-6,6,11-TRIOL


分子量: 767.132 Da / 分子数: 9 / : C42H89NO8P
#48: 化合物 ChemComp-8Q1 / S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate / S-dodecanoyl-4'-phosphopantetheine


分子量: 540.651 Da / 分子数: 2 / : C23H45N2O8PS
#49: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / : C21H30N7O17P3
#50: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / : Fe2S2
#51: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 5 / : C81H156O17P2 / Cardiolipin / コメント: リン脂質 *YM
#52: 化合物
ChemComp-PEE / 1,2-Dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE


分子量: 749.073 Da / 分子数: 4 / : C41H83NO8P / Discrete optimized protein energy / コメント: DOPE (リン脂質) *YM

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実験情報

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実験

実験実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human respiratory complex I / タイプ: COMPLEX
Entity ID: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44
由来: NATURAL
分子量: 1 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 1.25 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1EMAN2.1particle selection
2AutoEMation2.0image acquisition
4CTFFIND3.0CTF correction
7Coot0.8.2model fitting
9RELION1.4initial Euler assignment
10RELION1.4final Euler assignment
12RELION1.43D reconstruction
13PHENIX1.11.1model refinement
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C1
3次元再構成分解能: 3.7 Å / 分解能の評価方法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 167761 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

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2016年4月13日: Omokage検索が速くなりました

Omokage検索が速くなりました

  • データアクセスプロセスを見直し、計算時間をこれまでの半分程度に短縮しました。
  • これまで以上に、生体分子の「カタチの類似性」をお楽しみください!

関連情報: Omokage検索

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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