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- PDB-5xtd: Cryo-EM structure of human respiratory complex I -

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基本情報

エントリ情報
データベース: PDB / ID: 5xtd
タイトルCryo-EM structure of human respiratory complex I
記述子Acyl carrier protein,mitochondrial
NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit,mitochondrial
(NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein ...) x 3
(NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein ...) x 7
(NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ...) x 12
and more 3 items
キーワードOXIDOREDUCTASE/ELECTRON TRANSPORT / Homo sapiens / Oxidoreductase / Respiratory / OXIDOREDUCTASE-ELECTRON TRANSPORT complex
試料の由来Homo sapiens / ヒト
手法電子顕微鏡 (3.7 Å 分解能 / Particle / 単粒子解析)
データ登録者Gu, J. / Wu, M. / Yang, M.
引用Cell, 2017, 170, 1247-1257.e12

Cell, 2017, 170, 1247-1257.e12 万見文献
Architecture of Human Mitochondrial Respiratory Megacomplex I2III2IV2.
Runyu Guo / Shuai Zong / Meng Wu / Jinke Gu / Maojun Yang

構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2017年6月19日 / 公開: 2017年8月30日
改定日付Data content typeGroupCategoryItemProviderタイプ
1.02017年8月30日Structure modelrepositoryInitial release
1.12017年9月6日Structure modelDatabase referencescitation_citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

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集合体

登録構造単位
A: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
B: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial
C: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial
E: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6
F: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2
G: Acyl carrier protein, mitochondrial
H: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5
I: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7
J: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial
K: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial
L: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
M: NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial
N: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
O: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial
P: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial
Q: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial
S: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1
T: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
U: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3
V: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11
W: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13
X: Acyl carrier protein, mitochondrial
Y: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mitochondrial
Z: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3
a: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial
b: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6
c: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial
d: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10
e: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial
f: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial
g: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2
h: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5
i: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2
j: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
k: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L
l: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
m: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
n: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1
o: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4
p: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9
r: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
s: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
u: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8
v: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7
w: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)964,00675
ポリマ-942,04145
非ポリマ-21,96530
0
#1


タイプ名称対称操作
identity operation1_5551
Buried area (Å2)283330
ΔGint (kcal/M)-1914
Surface area (Å2)291200

-
構成要素

+
NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein ... , 3種, 3分子 AKO

#1: L型ポリペプチドNADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / Complex I-51kD / CI-51kD / NADH dehydrogenase flavoprotein 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51 kDa subunit


分子量: 47323.938 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: P49821, EC: 1.6.5.3, EC: 1.6.99.3

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport (GO: 0042775)
  • mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone (GO: 0006120)
  • mitochondrial respiratory chain complex I assembly (GO: 0032981)
#10: L型ポリペプチドNADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial / Complex I-9kD / CI-9kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9 kDa subunit / Renal carcinoma antigen NY-REN-4


分子量: 3900.312 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: P56181

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport (GO: 0042775)
  • mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone (GO: 0006120)
  • mitochondrial respiratory chain complex I assembly (GO: 0032981)
#14: L型ポリペプチドNADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase 24 kDa subunit


分子量: 23430.881 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: P19404, EC: 1.6.5.3, EC: 1.6.99.3

細胞要素

分子機能

生物学的過程

+
NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein ... , 7種, 7分子 BCLPQTh

#2: L型ポリペプチドNADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial / Complex I-23kD / CI-23kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 23 kDa subunit / TYKY subunit


分子量: 20314.037 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: O00217, EC: 1.6.5.3, EC: 1.6.99.3

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone (GO: 0006120)
  • mitochondrial respiratory chain complex I assembly (GO: 0032981)
  • response to oxidative stress (GO: 0006979)
#3: L型ポリペプチドNADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial / Complex I-20kD / CI-20kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit / PSST subunit


分子量: 17887.928 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: O75251, EC: 1.6.5.3, EC: 1.6.99.3

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone (GO: 0006120)
  • mitochondrial respiratory chain complex I assembly (GO: 0032981)
#11: L型ポリペプチドNADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / Complex I-18 kDa / CI-18 kDa / Complex I-AQDQ / CI-AQDQ / NADH-ubiquinone oxidoreductase 18 kDa subunit


分子量: 13721.598 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: O43181

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#15: L型ポリペプチドNADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial / Complex I-30kD / CI-30kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 30 kDa subunit


分子量: 24432.656 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: O75489, EC: 1.6.5.3, EC: 1.6.99.3

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#16: L型ポリペプチドNADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial / Complex I-49kD / CI-49kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 49 kDa subunit


分子量: 49236.480 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: O75306, EC: 1.6.5.3, EC: 1.6.99.3

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport (GO: 0042775)
  • mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone (GO: 0006120)
  • mitochondrial respiratory chain complex I assembly (GO: 0032981)
  • response to oxidative stress (GO: 0006979)
#18: L型ポリペプチドNADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / Complex I-13kD-A / CI-13kD-A / NADH-ubiquinone oxidoreductase 13 kDa-A subunit


分子量: 10578.848 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: O75380

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#31: L型ポリペプチドNADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5 / Complex I-15 kDa / CI-15 kDa / NADH-ubiquinone oxidoreductase 15 kDa subunit


分子量: 12314.254 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: O43920

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone (GO: 0006120)
  • mitochondrial respiratory chain complex I assembly (GO: 0032981)

+
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ... , 12種, 12分子 EFHIJNSUVWuw

#4: L型ポリペプチドNADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6 / Complex I-B14 / CI-B14 / LYR motif-containing protein 6 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B14 subunit


分子量: 13758.070 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: P56556

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone (GO: 0006120)
  • mitochondrial respiratory chain complex I assembly (GO: 0032981)
  • response to oxidative stress (GO: 0006979)
#5: L型ポリペプチドNADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2 / Complex I-B8 / CI-B8 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B8 subunit


分子量: 9535.905 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: O43678

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone (GO: 0006120)
  • mitochondrial respiratory chain complex I assembly (GO: 0032981)
#7: L型ポリペプチドNADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / Complex I subunit B13 / Complex I-13kD-B / CI-13kD-B / NADH-ubiquinone oxidoreductase 13 kDa-B subunit


分子量: 13119.208 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q16718

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone (GO: 0006120)
  • mitochondrial respiratory chain complex I assembly (GO: 0032981)
#8: L型ポリペプチドNADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7 / Complex I-B14.5a / CI-B14.5a / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit B14.5a


分子量: 12282.051 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: O95182

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone (GO: 0006120)
  • mitochondrial respiratory chain complex I assembly (GO: 0032981)
  • mitochondrial translation (GO: 0032543)
#9: L型ポリペプチドNADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial / Complex I-39kD / CI-39kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 39 kDa subunit


分子量: 38387.594 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q16795

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#13: L型ポリペプチドNADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / 13 kDa differentiation-associated protein / Complex I-B17.2 / CIB17.2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit B17.2


分子量: 16880.068 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q9UI09

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport (GO: 0042775)
  • mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone (GO: 0006120)
  • mitochondrial respiratory chain complex I assembly (GO: 0032981)
  • respiratory gaseous exchange (GO: 0007585)
  • response to oxidative stress (GO: 0006979)
#17: L型ポリペプチドNADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / Complex I-MWFE / CI-MWFE / NADH-ubiquinone oxidoreductase MWFE subunit


分子量: 8084.391 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: O15239

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone (GO: 0006120)
  • mitochondrial respiratory chain complex I assembly (GO: 0032981)
#19: L型ポリペプチドNADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3 / Complex I-B9 / CI-B9 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B9 subunit


分子量: 9156.602 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: O95167

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone (GO: 0006120)
  • mitochondrial respiratory chain complex I assembly (GO: 0032981)
#20: L型ポリペプチドNADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / Complex I-B14.7 / CI-B14.7 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit B14.7


分子量: 14736.853 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q86Y39

細胞要素

生物学的過程

  • mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone (GO: 0006120)
  • mitochondrial respiratory chain complex I assembly (GO: 0032981)
#21: L型ポリペプチドNADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13 / Cell death regulatory protein GRIM-19 / Complex I-B16.6 / CI-B16.6 / Gene associated with retinoic and interferon-induced mortality 19 protein / Gene associated with retinoic and IFN-induced mortality 19 protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase B16.6 subunit


分子量: 16132.570 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q9P0J0

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • apoptotic signaling pathway (GO: 0097190)
  • cellular response to interferon-beta (GO: 0035458)
  • cellular response to retinoic acid (GO: 0071300)
  • extrinsic apoptotic signaling pathway (GO: 0097191)
  • mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone (GO: 0006120)
  • mitochondrial respiratory chain complex I assembly (GO: 0032981)
  • negative regulation of cell growth (GO: 0030308)
  • negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway (GO: 2001243)
  • negative regulation of transcription, DNA-templated (GO: 0045892)
  • positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process (GO: 0043280)
  • positive regulation of peptidase activity (GO: 0010952)
  • positive regulation of protein catabolic process (GO: 0045732)
  • protein import into mitochondrial inner membrane (GO: 0045039)
  • reactive oxygen species metabolic process (GO: 0072593)
#42: L型ポリペプチドNADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8 / Complex I-19kD / CI-19kD / Complex I-PGIV / CI-PGIV / NADH-ubiquinone oxidoreductase 19 kDa subunit


分子量: 19853.736 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: P51970

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone (GO: 0006120)
  • mitochondrial respiratory chain complex I assembly (GO: 0032981)
#44: L型ポリペプチドNADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial / Complex I-42kD / CI-42kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 42 kDa subunit


分子量: 37200.270 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: O95299

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone (GO: 0006120)
  • mitochondrial respiratory chain complex I assembly (GO: 0032981)

+
L型ポリペプチド , 2種, 3分子 GXM

#6: L型ポリペプチドAcyl carrier protein, mitochondrial / ACP / CI-SDAP / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9.6 kDa subunit


分子量: 9845.247 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: O14561

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#12: L型ポリペプチドNADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial / Complex I-75kD / CI-75kD


分子量: 75471.484 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: P28331, EC: 1.6.5.3, EC: 1.6.99.3

細胞要素

分子機能

生物学的過程

+
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit ... , 11種, 11分子 YZabcdenopv

#22: L型ポリペプチドNADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mitochondrial / Complex I-AGGG / CI-AGGG / NADH-ubiquinone oxidoreductase AGGG subunit


分子量: 7468.270 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: O95178

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone (GO: 0006120)
  • mitochondrial respiratory chain complex I assembly (GO: 0032981)
#23: L型ポリペプチドNADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / Complex I-B12 / CI-B12 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B12 subunit


分子量: 9261.605 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: O43676

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone (GO: 0006120)
  • mitochondrial respiratory chain complex I assembly (GO: 0032981)
#24: L型ポリペプチドNADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial / Complex I-SGDH / CI-SGDH / NADH-ubiquinone oxidoreductase SGDH subunit


分子量: 16573.160 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: O43674

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone (GO: 0006120)
  • mitochondrial respiratory chain complex I assembly (GO: 0032981)
#25: L型ポリペプチドNADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6 / Complex I-B17 / CI-B17 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B17 subunit


分子量: 15517.228 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: O95139

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport (GO: 0042775)
  • mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone (GO: 0006120)
  • mitochondrial respiratory chain complex I assembly (GO: 0032981)
#26: L型ポリペプチドNADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / Complex I-ASHI / CI-ASHI / NADH-ubiquinone oxidoreductase ASHI subunit


分子量: 18267.562 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: O95169

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone (GO: 0006120)
  • mitochondrial respiratory chain complex I assembly (GO: 0032981)
#27: L型ポリペプチドNADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / Complex I-PDSW / CI-PDSW / NADH-ubiquinone oxidoreductase PDSW subunit


分子量: 20721.650 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: O96000

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone (GO: 0006120)
  • mitochondrial respiratory chain complex I assembly (GO: 0032981)
#28: L型ポリペプチドNADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial / Complex I-ESSS / CI-ESSS / NADH-ubiquinone oxidoreductase ESSS subunit / Neuronal protein 17.3 / p17.3


分子量: 11494.942 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q9NX14

細胞要素

生物学的過程

  • mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone (GO: 0006120)
  • mitochondrial respiratory chain complex I assembly (GO: 0032981)
#37: L型ポリペプチドNADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1 / Complex I-MNLL / CI-MNLL / NADH-ubiquinone oxidoreductase MNLL subunit


分子量: 6741.883 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: O75438

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone (GO: 0006120)
  • mitochondrial respiratory chain complex I assembly (GO: 0032981)
#38: L型ポリペプチドNADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4 / Complex I-B15 / CI-B15 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B15 subunit


分子量: 15100.399 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: O95168

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone (GO: 0006120)
  • mitochondrial respiratory chain complex I assembly (GO: 0032981)
  • response to oxidative stress (GO: 0006979)
#39: L型ポリペプチドNADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / Complex I-B22 / CI-B22 / LYR motif-containing protein 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B22 subunit


分子量: 21189.141 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q9Y6M9

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone (GO: 0006120)
  • mitochondrial respiratory chain complex I assembly (GO: 0032981)
  • sensory perception of sound (GO: 0007605)
#43: L型ポリペプチドNADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / Cell adhesion protein SQM1 / Complex I-B18 / CI-B18 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B18 subunit


分子量: 16435.045 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: P17568

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone (GO: 0006120)
  • mitochondrial respiratory chain complex I assembly (GO: 0032981)

+
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit ... , 2種, 2分子 fg

#29: L型ポリペプチドNADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial / Complex I-KFYI / CI-KFYI / NADH-ubiquinone oxidoreductase KFYI subunit


分子量: 5704.602 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: O43677

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone (GO: 0006120)
  • mitochondrial respiratory chain complex I assembly (GO: 0032981)
#30: L型ポリペプチドNADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2 / Complex I-B14.5b / CI-B14.5b / Human lung cancer oncogene 1 protein / HLC-1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit B14.5b


分子量: 14209.521 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: O95298

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone (GO: 0006120)
  • mitochondrial respiratory chain complex I assembly (GO: 0032981)
  • neutrophil degranulation (GO: 0043312)

+
NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ... , 7種, 7分子 ijklmrs

#32: L型ポリペプチドNADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2


分子量: 39007.656 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q4GRX1, EC: 1.6.5.3

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone (GO: 0006120)
#33: L型ポリペプチドNADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3


分子量: 13147.871 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: B9EE38, EC: 1.6.5.3

細胞要素

分子機能

#34: L型ポリペプチドNADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L


分子量: 10702.086 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: V9JN72, EC: 1.6.5.3

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#35: L型ポリペプチドNADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5


分子量: 67096.023 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: X5BVZ3, EC: 1.6.5.3

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#36: L型ポリペプチドNADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6


分子量: 18660.979 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q8HAX7, EC: 1.6.5.3

細胞要素

分子機能

#40: L型ポリペプチドNADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4


分子量: 51689.688 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: B2XJG5, EC: 1.6.5.3

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone (GO: 0006120)
#41: L型ポリペプチドNADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1


分子量: 35621.215 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: H9PGF0, EC: 1.6.5.3

細胞要素

分子機能

+
非ポリマー , 8種, 30分子

#45: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / : Fe4S4
#46: 化合物ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / : C17H21N4O9P
#47: 化合物
ChemComp-PLX / (9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,7,10-TRIOXA-2LAMBDA~5~-AZA-6LAMBDA~5~-PHOSPHAOCTACOSANE-6,6,11-TRIOL


分子量: 767.132 Da / 分子数: 9 / : C42H89NO8P
#48: 化合物ChemComp-8Q1 / S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate / S-dodecanoyl-4'-phosphopantetheine


分子量: 540.651 Da / 分子数: 2 / : C23H45N2O8PS
#49: 化合物ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / : C21H30N7O17P3
#50: 化合物ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / : Fe2S2
#51: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL / リン脂質 *YM


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 5 / : C81H156O17P2
#52: 化合物
ChemComp-PEE / 1,2-Dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE / DOPE (リン脂質) *YM


分子量: 749.073 Da / 分子数: 4 / : C41H83NO8P

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実験情報

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実験

実験手法: ELECTRON MICROSCOPY
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: SINGLE PARTICLE

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試料調製

構成要素名称: Human respiratory complex I / タイプ: COMPLEX
Entity ID: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44
由来: NATURAL
分子量: 1 deg. / 単位: MEGADALTONS / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 1.25 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリImage processing IDImaging IDFitting ID
1EMAN2.1PARTICLE SELECTION1
2AutoEMation2.0IMAGE ACQUISITION1
4CTFFIND3.0CTF CORRECTION1
7COOT0.8.2MODEL FITTING1
9RELION1.4INITIAL EULER ASSIGNMENT1
10RELION1.4FINAL EULER ASSIGNMENT1
12RELION1.4RECONSTRUCTION1
13PHENIX1.11.1MODEL REFINEMENT1
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C1
3次元再構成分解能: 3.7 Å / 分解能の評価方法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 167761 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2017年10月4日: この分野の3人の先駆者が、ノーベル化学賞を受賞しました

この分野の3人の先駆者が、ノーベル化学賞を受賞しました

  • Jacques Dubochet (University of Lausanne, Switzerland)は、電子顕微鏡試料の氷包埋法(いわゆるクライオ電顕法)を開発しました。EMDBやPDBにある電子顕微鏡のエントリの大多数がこの方法を利用しています。
  • Joachim Frank (Columbia University, New York, USA)は、単粒子解析法を開拓しました。EMDBとPDBの電子顕微鏡エントリの大多数がこの解析法によるものです。また、広く利用されている画像解析ソフトェア「Spider」の開発者でもあります。EM Navigatorでもマップデータの画像作成などにSpiderを利用しています。
  • Richard Henderson (MRC Laboratory of Molecular Biology, Cambridge, UK)は電子顕微鏡による生体分子の立体構造解析の始祖です。電子顕微鏡による最初のPDBエントリであるPDB-1brdは、彼によるものです。

外部リンク: The 2017 Nobel Prize in Chemistry - Press Release

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi) / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • 旧バージョンのすべての機能をこちらに移植する予定です
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: 万見 (旧版) / EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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