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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5xtd | ||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human respiratory complex I | ||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | OXIDOREDUCTASE/ELECTRON TRANSPORT / Homo sapiens / Oxidoreductase / Respiratory / OXIDOREDUCTASE-ELECTRON TRANSPORT complex | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein insertion into mitochondrial inner membrane / blastocyst hatching / protein lipoylation / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / Protein lipoylation / respiratory gaseous exchange by respiratory system / cellular response to oxygen levels / iron-sulfur cluster assembly complex / response to light intensity / Mitochondrial protein import ...protein insertion into mitochondrial inner membrane / blastocyst hatching / protein lipoylation / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / Protein lipoylation / respiratory gaseous exchange by respiratory system / cellular response to oxygen levels / iron-sulfur cluster assembly complex / response to light intensity / Mitochondrial protein import / mitochondrial large ribosomal subunit binding / gliogenesis / neural precursor cell proliferation / cardiac muscle tissue development / : / [2Fe-2S] cluster assembly / oxygen sensor activity / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / cellular response to glucocorticoid stimulus / ubiquinone-6 biosynthetic process / respiratory chain complex I / cellular respiration / iron-sulfur cluster assembly / azurophil granule membrane / NADH dehydrogenase activity / mitochondrial ribosome / sodium ion transport / mitochondrial translation / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / positive regulation of execution phase of apoptosis / apoptotic mitochondrial changes / RHOG GTPase cycle / endopeptidase activator activity / acyl binding / ubiquinone binding / Complex I biogenesis / acyl carrier activity / cellular response to interferon-beta / quinone binding / electron transport coupled proton transport / neurogenesis / Respiratory electron transport / : / ATP synthesis coupled electron transport / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / ATP metabolic process / cellular response to retinoic acid / extrinsic apoptotic signaling pathway / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / response to cAMP / : / substantia nigra development / ionotropic glutamate receptor binding / respiratory electron transport chain / reactive oxygen species metabolic process / cerebellum development / regulation of mitochondrial membrane potential / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / response to cocaine / synaptic membrane / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / Mitochondrial protein degradation / fatty acid binding / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / apoptotic signaling pathway / sensory perception of sound / regulation of protein phosphorylation / response to nicotine / circadian rhythm / brain development / response to hydrogen peroxide / mitochondrial membrane / aerobic respiration / mitochondrial intermembrane space / negative regulation of cell growth / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / fatty acid biosynthetic process / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of protein catabolic process / NAD binding / FMN binding / nervous system development / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / protease binding / response to ethanol / in utero embryonic development / response to oxidative stress / response to hypoxia / nuclear body / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane / nuclear speck / structural constituent of ribosome / mitochondrial matrix / negative regulation of DNA-templated transcription / neuronal cell body / ubiquitin protein ligase binding / calcium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Gu, J. / Wu, M. / Yang, M. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 5件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2017 タイトル: Architecture of Human Mitochondrial Respiratory Megacomplex IIIIIV. 著者: Runyu Guo / Shuai Zong / Meng Wu / Jinke Gu / Maojun Yang / 要旨: The respiratory megacomplex represents the highest-order assembly of respiratory chain complexes, and it allows mitochondria to respond to energy-requiring conditions. To understand its architecture, ...The respiratory megacomplex represents the highest-order assembly of respiratory chain complexes, and it allows mitochondria to respond to energy-requiring conditions. To understand its architecture, we examined the human respiratory chain megacomplex-IIIIIV (MCIIIIIV) with 140 subunits and a subset of associated cofactors using cryo-electron microscopy. The MCIIIIIV forms a circular structure with the dimeric CIII located in the center, where it is surrounded by two copies each of CI and CIV. Two cytochrome c (Cyt.c) molecules are positioned to accept electrons on the surface of the c state CIII dimer. Analyses indicate that CII could insert into the gaps between CI and CIV to form a closed ring, which we termed the electron transport chain supercomplex. The structure not only reveals the precise assignment of individual subunits of human CI and CIII, but also enables future in-depth analysis of the electron transport chain as a whole. | ||||||||||||||||||
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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PDB形式 | pdb5xtd.ent.gz | 1.2 MB | 表示 | PDB形式 |
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文書・要旨 | 5xtd_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5xtd_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5xtd_validation.xml.gz | 204 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5xtd_validation.cif.gz | 310.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/5xtd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/5xtd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6773MC 6771C 6772C 6774C 6775C 6776C 5xtbC 5xtcC 5xteC 5xthC 5xtiC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein ... , 3種, 3分子 AKO
#1: タンパク質 | 分子量: 47323.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: P49821, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase |
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#10: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3900.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P56181 |
#14: タンパク質 | 分子量: 23430.881 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: P19404, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase |
-NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein ... , 7種, 7分子 BCLPQTh
#2: タンパク質 | 分子量: 20314.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: O00217, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase |
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#3: タンパク質 | 分子量: 17887.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: O75251, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase |
#11: タンパク質 | 分子量: 13721.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43181 |
#15: タンパク質 | 分子量: 24432.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: O75489, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase |
#16: タンパク質 | 分子量: 49236.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: O75306, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase |
#18: タンパク質 | 分子量: 10578.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75380 |
#31: タンパク質 | 分子量: 12314.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43920 |
-NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ... , 12種, 12分子 EFHIJNSUVWuw
#4: タンパク質 | 分子量: 13758.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P56556 |
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#5: タンパク質 | 分子量: 9535.905 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43678 |
#7: タンパク質 | 分子量: 13119.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16718 |
#8: タンパク質 | 分子量: 12282.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95182 |
#9: タンパク質 | 分子量: 38387.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16795 |
#13: タンパク質 | 分子量: 16880.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UI09 |
#17: タンパク質 | 分子量: 8084.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15239 |
#19: タンパク質 | 分子量: 9156.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95167 |
#20: タンパク質 | 分子量: 14736.853 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q86Y39 |
#21: タンパク質 | 分子量: 16132.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P0J0 |
#42: タンパク質 | 分子量: 19853.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P51970 |
#44: タンパク質 | 分子量: 37200.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95299 |
-タンパク質 , 2種, 3分子 GXM
#6: タンパク質 | 分子量: 9845.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O14561 #12: タンパク質 | | 分子量: 75471.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: P28331, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase |
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-NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit ... , 11種, 11分子 YZabcdenopv
#22: タンパク質 | 分子量: 7468.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95178 |
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#23: タンパク質 | 分子量: 9261.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43676 |
#24: タンパク質 | 分子量: 16573.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43674 |
#25: タンパク質 | 分子量: 15517.228 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95139 |
#26: タンパク質 | 分子量: 18267.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95169 |
#27: タンパク質 | 分子量: 20721.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O96000 |
#28: タンパク質 | 分子量: 11494.942 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NX14 |
#37: タンパク質 | 分子量: 6741.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75438 |
#38: タンパク質 | 分子量: 15100.399 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95168 |
#39: タンパク質 | 分子量: 21189.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y6M9 |
#43: タンパク質 | 分子量: 16435.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P17568 |
-NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit ... , 2種, 2分子 fg
#29: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5704.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43677 |
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#30: タンパク質 | 分子量: 14209.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95298 |
-NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ... , 7種, 7分子 ijklmrs
#32: タンパク質 | 分子量: 39007.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: Q4GRX1, UniProt: P03891*PLUS, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
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#33: タンパク質 | 分子量: 13147.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: B9EE38, UniProt: P03897*PLUS, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
#34: タンパク質 | 分子量: 10702.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: V9JN72, UniProt: P03901*PLUS, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
#35: タンパク質 | 分子量: 67096.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: X5BVZ3, UniProt: P03915*PLUS, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
#36: タンパク質 | 分子量: 18660.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: Q8HAX7, UniProt: P03923*PLUS, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
#40: タンパク質 | 分子量: 51689.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: B2XJG5, UniProt: P03905*PLUS, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
#41: タンパク質 | 分子量: 35621.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: H9PGF0, UniProt: P03886*PLUS, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
-非ポリマー , 8種, 30分子
#45: 化合物 | ChemComp-SF4 / #46: 化合物 | ChemComp-FMN / | #47: 化合物 | ChemComp-PLX / ( #48: 化合物 | #49: 化合物 | ChemComp-NDP / | #50: 化合物 | #51: 化合物 | ChemComp-CDL / #52: 化合物 | ChemComp-PEE / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human respiratory complex I / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#44 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 1 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 1.25 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 167761 / 対称性のタイプ: POINT |