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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5wr2 | ||||||
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タイトル | Thermolysin, SFX liganded form with oil-based carrier | ||||||
要素 | Thermolysinテルモリシン | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / X-ray free-electron laser (自由電子レーザー) / Serial femtosecond crystallography / Microcrystal / Structure-based drug design (医薬品設計) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 テルモリシン / metalloendopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus) | ||||||
手法 | X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Kunishima, N. / Naitow, H. / Matsuura, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2017 タイトル: Protein-ligand complex structure from serial femtosecond crystallography using soaked thermolysin microcrystals and comparison with structures from synchrotron radiation 著者: Naitow, H. / Matsuura, Y. / Tono, K. / Joti, Y. / Kameshima, T. / Hatsui, T. / Yabashi, M. / Tanaka, R. / Tanaka, T. / Sugahara, M. / Kobayashi, J. / Nango, E. / Iwata, S. / Kunishima, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5wr2.cif.gz | 83.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5wr2.ent.gz | 61 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5wr2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/5wr2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/5wr2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5wr3C 5wr4C 5wr5C 5wr6C 4ow3S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: 10.11577/1375422 / データの種類: diffraction image data |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34360.336 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 236-551 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus) 遺伝子: nprS, nprM 発現宿主: Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus) 参照: UniProt: P43133, テルモリシン | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-NX6 / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.99 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: batch mode / pH: 6.5 / 詳細: PEG2000MME, MES, CaCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 300 K |
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放射光源 | 由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL3 / 波長: 1.77 Å |
検出器 | タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.77 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→46.8 Å / Num. obs: 23565 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 551.8 % / Biso Wilson estimate: 36.52 Å2 / CC1/2: 0.981 / Net I/σ(I): 7.1 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 83.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / CC1/2: 0.538 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4OW3 解像度: 2→46.8 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / 位相誤差: 16.42
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原子変位パラメータ | Biso mean: 37.61 Å2 | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→46.8 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.09 Å
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